COVID-19 diagnosis by RT-qPCR in alternative specimens.

Autor:	Gonçalves CCA; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Barroso SPC; Hospital Naval Marcílio Dias, Instituto de Pesquisas Biomédicas, Laboratório de Biologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Herlinger AL; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Galliez RM; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Almeida TB; Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira, Departamento de Biotecnologia Marinha, Arraial do Cabo, RJ, Brasil., Boullosa LT; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Nascimento ERDS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Almeida JM; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., da Costa RMDSC; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.; Hospital Naval Marcílio Dias, Instituto de Pesquisas Biomédicas, Laboratório de Biologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., da Paixão TM; Hospital Naval Marcílio Dias, Divisão de Doenças Infecto-Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Couceiro JNDSS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Frauches TS; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto, Maricá, RJ, Brasil., de Souza WR Jr; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto, Maricá, RJ, Brasil., Costa AR; LACEN - Laboratório Central Dr Francisco Rimolo Neto, Maricá, RJ, Brasil., Faffe DS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biofísica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Leitão IC; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biofísica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., da Silva BO; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Centro de Ciências da Saúde, Decania, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Lira GS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., de Almeida ILC; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Ferreira ODC Jr; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Castiñeiras TMPP; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Faculdade de Medicina, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Mariani D; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil., Tanuri A; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Biologia, Departamento de Genética, Laboratório de Virologia Molecular, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Memorias do Instituto Oswaldo Cruz [Mem Inst Oswaldo Cruz] 2021 Aug 13; Vol. 116, pp. e210085. Date of Electronic Publication: 2021 Aug 13 (Print Publication: 2021).
DOI:	10.1590/0074-02760210085
Abstrakt:	Background: The high demand for adequate material for the gold standard reverse transcription real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR)-based diagnosis imposed by the Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, combined with the inherent contamination risks for healthcare workers during nasopharyngeal swab (NP) sample collection and the discomfort it causes patients, brought the need to identify alternative specimens suitable for the diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Objectives: The aim of this work was to compare saliva and gingival fluid swabs to NP swabs as specimens for RT-qPCR-based SARS-CoV-2 diagnosis. Methods: We compared gingival fluid swabs (n = 158) and saliva (n = 207) to the rayon-tipped NP swabs obtained from mild-symptomatic and asymptomatic subjects as specimens for RT-qPCR for SARS-CoV-2 detection. Findings: When compared to NP swabs, gingival fluid swabs had a concordance rate of 15.4% among positive samples, zero among inconclusive, and 100% among negative ones. For saliva samples, the concordance rate was 67.6% among positive samples, 42.9% among inconclusive, and 96.8% among negative ones. However, the concordance rate between saliva and NP swabs was higher (96.9%) within samples with lower cycle threshold (Ct) values (Ct > 10 ≤ 25). Main Conclusions: Our data suggests that whereas gingival fluid swabs are not substitutes for NP swabs, saliva might be considered whenever NP swabs are not available or recommended.
Databáze:	MEDLINE
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