Multiple Introductions Followed by Ongoing Community Spread of SARS-CoV-2 at One of the Largest Metropolitan Areas of Northeast Brazil.

Autor: Paiva MHS; Núcleo de Ciências da Vida, Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Centro Acadêmico do Agreste-Rodovia BR-104, km 59-Nova Caruaru, Caruaru 55002-970, Brazil.; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Guedes DRD; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Docena C; Núcleo de Plataformas Tecnológicas (NPT), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Bezerra MF; Departamento de Microbiologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Dezordi FZ; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil.; Núcleo de Bioinformática (NBI), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Machado LC; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Krokovsky L; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Helvecio E; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., da Silva AF; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil.; Núcleo de Bioinformática (NBI), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Vasconcelos LRS; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Rezende AM; Departamento de Microbiologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil.; Núcleo de Bioinformática (NBI), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., da Silva SJR; Laboratório de Virologia e Terapia Experimental (LAVITE), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Sales KGDS; Departamento de Imunologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., de Sá BSLF; Departamento de Microbiologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., da Cruz DL; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Cavalcanti CE; Laboratório de Virologia e Terapia Experimental (LAVITE), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Neto AM; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., da Silva CTA; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Mendes RPG; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., da Silva MAL; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Gräf T; Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador 40296-710, Brazil., Resende PC; Laboratory of Respiratory Viruses and Measles, Oswaldo Cruz Institute (IOC), Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ), Rio de Janeiro 21040-900, Brazil., Bello G; Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil., Barros MDS; Departamento de Imunologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., do Nascimento WRC; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil.; Departamento de Medicina Tropical, Centro de Ciências Médicas, Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Recife 50670-901, Brazil., Arcoverde RML; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Bezerra LCA; Secretaria de Saúde de Pernambuco (SES-PE), Secretaria Executiva de Vigilância em Saúde (SEVS-PE), Recife 50751-530, Brazil., Filho SPB; Departamento de Parasitologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Ayres CFJ; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil., Wallau GL; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil.; Núcleo de Bioinformática (NBI), Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife 50670-420, Brazil.
Jazyk: angličtina
Zdroj: Viruses [Viruses] 2020 Dec 09; Vol. 12 (12). Date of Electronic Publication: 2020 Dec 09.
DOI: 10.3390/v12121414
Abstrakt: Multiple epicenters of the SARS-CoV-2 pandemic have emerged since the first pneumonia cases in Wuhan, China, such as Italy, USA, and Brazil. Brazil is the third-most affected country worldwide, but genomic sequences of SARS-CoV-2 strains are mostly restricted to states from the Southeast region. Pernambuco state, located in the Northeast region, is the sixth most affected Brazilian state, but very few genomic sequences from the strains circulating in this region are available. We sequenced 101 strains of SARS-CoV-2 from patients presenting Covid-19 symptoms that reside in Pernambuco. Phylogenetic reconstructions revealed that all genomes belong to the B lineage and most of the samples (88%) were classified as lineage B.1.1. We detected multiple viral introductions from abroad (likely from Europe) as well as six local B.1.1 clades composed by Pernambuco only strains. Local clades comprise sequences from the capital city (Recife) and other country-side cities, corroborating the community spread between different municipalities of the state. These findings demonstrate that different from Southeastern Brazilian states where the epidemics were majorly driven by one dominant lineage (B.1.1.28 or B.1.1.33), the early epidemic phase at the Pernambuco state was driven by multiple B.1.1 lineages seeded through both national and international traveling.
Databáze: MEDLINE
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