Structural Analysis of RNA by Small-Angle X-ray Scattering.

Autor:	Théobald-Dietrich A; Architecture et Réactivité de l'ARN, UPR 9002, IBMC, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., de Wijn R; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Rollet K; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Bluhm A; Architecture et Réactivité de l'ARN, UPR 9002, IBMC, CNRS, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Rudinger-Thirion J; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Paulus C; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Lorber B; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Thureau A; Synchrotron SOLEIL, Saint-Aubin, Gif-sur-Yvette, France., Frugier M; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France., Sauter C; Architecture et Réactivité de l'ARN - CNRS UPR 9002, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, Université de Strasbourg, Strasbourg, France. c.sauter@ibmc-cnrs.unistra.fr.
Jazyk:	angličtina
Zdroj:	Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) [Methods Mol Biol] 2020; Vol. 2113, pp. 189-215.
DOI:	10.1007/978-1-0716-0278-2_14
Abstrakt:	Over the past two decades small-angle X-ray scattering (SAXS) has become a popular method to characterize solutions of biomolecules including ribonucleic acid (RNA). In an integrative structural approach, SAXS is complementary to crystallography, NMR, and electron microscopy and provides information about RNA architecture and dynamics. This chapter highlights the practical advantages of combining size-exclusion chromatography and SAXS at synchrotron facilities. It is illustrated by practical case studies of samples ranging from single hairpins and tRNA to a large IRES. The emphasis is also put on sample preparation which is a critical step of SAXS analysis and on optimized protocols for in vitro RNA synthesis ensuring the production of mg amount of pure and homogeneous molecules.
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