Výsledky vyhledávání - "site de fixation"

Genomic and epigenomic immunity in common bean: the unusual features of NB-LRR gene family

Autor: Ariane Gratias, Vincent Thareau, Manon M.S. Richard, Valérie Geffroy, Scott A. Jackson, Sandrine Balzergue, Johann Joets, Kyung Do Kim

Publikováno v: DNA Research
DNA Research, Oxford University Press (OUP), 2018, 25 (2), pp.161-172. ⟨10.1093/dnares/dsx046⟩
DNA Research: An International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes
DNA Research 2 (25), 161-172. (2018)

International audience; In plants, a key class of genes comprising most of disease resistance (R) genes encodes Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NL) proteins. Access to common bean (Phaseolus vulgaris) genome sequence provides unparalleled ins

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::be8766edb10bcfca1cad8501b4e43e60
https://hal.inrae.fr/hal-02621168

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Comparison of the targets obtained by a scoring matrix and by a regular expression. Application to the search for LXR binding sites

Autor: Antoine-Lorquin, Aymeric, Lagarrigue, Sandrine, Lecerf, Frédéric, Nicolas, Jacques, Belleannée, Catherine

Publikováno v: JOBIM 2015-16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques
JOBIM 2015-16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
Jobim 2015. 2015; 16. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Clermont-Ferrand, FRA, 2015-07-06-, 22

In bioinformatics, it is a common task to search for new instances of a pattern built from a set of reference sequences. For the simplest and most frequent cases, patterns are represented in two ways : regular expression or scoring matrix. In the fir

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::7d81a4b75217540f9108dcf0fc9b183c
https://inria.hal.science/hal-01197050/file/JOBIM2015_Rsat_LXRE_FINALE.pdf

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Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR

Autor: Antoine-Lorquin, Aymeric, Lagarrigue, Sandrine, Lecerf, Frédéric, Nicolas, Jacques, Belleannée, Catherine

National audience; In bioinformatics, it is a common task to search for new instances of a pattern built from a set of reference sequences. For the simplest and most frequent cases, patterns are represented in two ways : regular expression or scoring

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::af36df56ec57120950a3e7f06eabbee9
https://hal.inria.fr/hal-01197050/document

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Dissertation/ Thesis

Développement de méthodes de fouille de données basées sur les modèles de Markov cachés du second ordre pour l'identification d'hétérogénéités dans les génomes bactériens

Autor: Eng, Catherine

Les modèles de Markov d’ordre 2 (HMM2) sont des modèles stochastiques qui ont démontré leur efficacité dans l’exploration de séquences génomiques. Cette thèse explore l’intérêt de modèles de différents types (M1M2, M2M2, M2M0) ainsi

Externí odkaz: http://www.theses.fr/2010NAN10041/document

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Data Mining methods based on second-order Hidden Markov Models to identify heterogeneities into bacteria genomes

Autor: Eng, Catherine

Publikováno v: Médecine humaine et pathologie. Université Henri Poincaré-Nancy 1, 2010. Français. ⟨NNT : 2010NAN10041⟩

Second-order Hidden Markov Models (HMM2) are stochastic processes with a high efficiency in exploring bacterial genome sequences. Different types of HMM2 (M1M2, M2M2, M2M0) combined to combinatorial methods were developed in a new approach to discrim

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::f32f191da3d005f82ff18ceddf522a09
https://hal.univ-lorraine.fr/tel-01746308

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Dissertation/ Thesis

Recherche des sites de régulation de la transcription dans des génomes bactériens

Autor: Touzain, Fabrice

Nombre de programmes ont été développés pour identifier des sites de fixation de facteurs de transcription. La plupart ne sont pas capables d’inférer des motifs composés de deux mots en autorisant une variation de leur espacement, caractéris

Externí odkaz: http://www.theses.fr/2007NAN10097

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The activity of barley alpha-amylase on starch granules is enhanced by fusion of a starch binding domain from Aspergillus niger glucoamylase

Autor: David B. Archer, Véronique Planchot, Birte Kramhøft, Gary Williamson, Caroline S.M. Furniss, Nathalie Juge, Jane Nøhr, Marie Françoise Le Gal-Coëffet, Birte Svensson

Publikováno v: Biochimica et Biophysica Acta Proteins and Proteomics
Biochimica et Biophysica Acta Proteins and Proteomics, Elsevier, 2006, 1764 (2), pp.275-284. ⟨10.1016/j.bbapap.2005.11.008⟩

High affinity for starch granules of certain amylolytic enzymes is mediated by a separate starch binding domain (SBD). In Aspergillus niger glucoamylase (GA-I), a 70 amino acid O -glycosylated peptide linker connects SBD with the catalytic domain. A

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::95c368827592734e7c0f621e9a9e822e
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16403494

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SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative

Autor: Touzain, Fabrice, Schbath, Sophie, Debled-Rennesson, Isabelle, Aigle, Bertrand, Leblond, Pierre, Kucherov, Gregory

Publikováno v: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques-JOBIM'05
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques-JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425
6. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques-JOBIM
6. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques-JOBIM, Jul 2005, Lyon, France

Notre objectif est la recherche des sites de fixation des sous-unités σ de l'ARN polymérase dans des génomes bactériens, sites généralement composés de deux « boîtes » dites -35 et -10 en référence au point d'initiation de la transcripti

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::12a7df5514079a618bd31a02f9a0d81d
https://hal.inria.fr/inria-00000191/file/SIGffRid_jobim05_ssCls_080705.pdf

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