Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil.

Autor: Giovanetti M; Laboratório de Flavivirus, Fundacao Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Department of Science and Technology for Humans and the Environment, University of Campus Bio-Medico di Roma, Rome, Italy., Slavov SN; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Fonseca V; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Wilkinson E; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Tegally H; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Patané JSL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Viala VL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., San EJ; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Rodrigues ES; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Santos EV; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Aburjaile F; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Xavier J; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Fritsch H; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Adelino TER; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Pereira F; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Leal A; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Iani FCM; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., de Carvalho Pereira G; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Vazquez C; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Sanabria GME; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Instituto Regional de Investigación em Salud, Universidad Nacional del Caaguazú, Caaguazú, Paraguay.; Laboratório de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo, Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, Asunción, Paraguay., Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Demarchi L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul (LACEN-MS), Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Croda J; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Dos Santos Bezerra R; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Paola Oliveira de Lima L; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Martins AJ; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Renata Dos Santos Barros C; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Marqueze EC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., de Souza Todao Bernardino J; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Moretti DB; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Brassaloti RA; Centro de Genômica Funcional da ESALQ, University of São Paulo, Piracicaba, São Paulo, Brazil., de Lello Rocha Campos Cassano R; Centro de Genômica Funcional da ESALQ, University of São Paulo, Piracicaba, São Paulo, Brazil., Mariani PDSC; NGS Soluções Genômicas, Piracicaba, São Paulo, Brazil., Kitajima JP; Mendelics Análise Genômica, São Paulo, Brazil., Santos B; Mendelics Análise Genômica, São Paulo, Brazil., Proto-Siqueira R; Instituto de Biologia Molecular, Laboratório Antonello, Rio Grande do Sul, Brazil., Cantarelli VV; Universidade Federal de Ciencias da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA), Universidade Feevale, Grupo Exame Laboratórios, Rio Grande do Sul, Brazil., Tosta S; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Nardy VB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Reboredo de Oliveira da Silva L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Gómez MKA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Lima JG; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Ribeiro AA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Guimarães NR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Watanabe LT; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Barbosa Da Silva L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., da Silva Ferreira R; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., da Penha MPF; Vigilancia em Saúde do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Ortega MJ; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., de la Fuente AG; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Villalba S; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Torales J; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Gamarra ML; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Aquino C; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Figueredo GPM; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Instituto Regional de Investigación em Salud, Universidad Nacional del Caaguazú, Caaguazú, Paraguay.; Laboratório de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo, Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, Asunción, Paraguay., Fava WS; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Motta-Castro ARC; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Venturini J; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., do Vale Leone de Oliveira SM; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Gonçalves CCM; Secretaria de Saude do Estado do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., do Carmo Debur Rossa M; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Becker GN; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Giacomini MP; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Marques NQ; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Riediger IN; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Raboni S; Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná, Curitiba, Paraná, Brazil., Mattoso G; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Cataneo AD; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Zanluca C; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Duarte Dos Santos CN; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Assato PA; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil., Allan da Silva da Costa F; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil., Poleti MD; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Lesbon JCC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Mattos EC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Banho CA; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Sacchetto L; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Moraes MM; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Grotto RMT; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil.; Molecular Biology Laboratory, Applied Biotechnology Laboratory, Clinical Hospital of the Botucatu Medical School, São Paulo, Brazil., Souza-Neto JA; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil., Nogueira ML; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Fukumasu H; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Coutinho LL; Centro de Genômica Funcional da ESALQ, University of São Paulo, Piracicaba, São Paulo, Brazil., Calado RT; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Neto RM; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Bispo de Filippis AM; Laboratório de Flavivirus, Fundacao Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Venancio da Cunha R; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Freitas C; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, (CGLAB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., Peterka CRL; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Fátima Rangel Fernandes C; Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveisa/Secretaria de Vigilancia em Saude, Ministerio da Saude, Brasılia, Distrito Federal, Brazil., Navegantes W; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., do Carmo Said RF; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., Campelo de A E Melo CF; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., Almiron M; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., Lourenço J; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Biosystems and Integrative Sciences Institute, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal., de Oliveira T; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA), Durban, South Africa.; Department of Global Health, University of Washington, Seattle, WA, USA., Holmes EC; Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, New South Wales, Australia., Haddad R; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Sampaio SC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil. aroli.coccuzzo@butantan.gov.br., Elias MC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil. arolina.eliassabbaga@butantan.gov.br., Kashima S; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil. skashima@hemocentro.fmrp.usp.br., Junior de Alcantara LC; Laboratório de Flavivirus, Fundacao Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br., Covas DT; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil. dimas.covas@butantan.gov.br.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil. dimas.covas@butantan.gov.br.

Publikováno v: Nature microbiology [Nat Microbiol] 2022 Sep; Vol. 7 (9), pp. 1490-1500. Date of Electronic Publication: 2022 Aug 18.