Genomic epidemiology reveals the impact of national and international restrictions measures on the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil.

Autor: Giovanetti M; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Slavov SN; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Fonseca V; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (CGLAB/SVS-MS) Brasília, Distrito Federal, Brazil.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa., Wilkinson E; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa., Tegally H; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa., Patané JSL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Viala VL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., San JE; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa., Rodrigues ES; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil., Santos EV; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil., Aburjaile F; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Xavier J; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Fritsch H; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Adelino TER; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Pereira F; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., Leal A; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., de Melo Iani FC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., de Carvalho Pereira G; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Vazquez C; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Mercedes Estigarribia Sanabria G; Universidad Nacional del Caaguazú, Instituto Regional de Investigación en Salud.; Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo.; Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social., de Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., Demarchi L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Croda J; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul., Dos Santos Bezerra R; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil., de Lima LPO; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Martins AJ; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Dos Santos Barros CR; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Marqueze EC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., de Souza Todao Bernardino J; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Moretti DB; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Brassaloti RA; University of São Paulo, Centro de Genômica Funcional da ESALQ, Piracicaba, SP, Brazil., de Lello Rocha Campos Cassano R; University of São Paulo, Centro de Genômica Funcional da ESALQ, Piracicaba, SP, Brazil., Mariani PDSC; NGS Soluções Genômicas, Piracicaba, SP, Brazil., Kitajima JP; Mendelics Análise Genômica., Santos B; Mendelics Análise Genômica., Proto-Siqueira R; Instituto de Biologia Molecular, Laboratório Antonello, Rio Grande do Sul, Brazil., Cantarelli VV; Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA), Universidade Feevale, Grupo Exame Laboratórios, Rio Grande do Sul, Brazil., Tosta S; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., Nardy VB; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., de Oliveira da Silva LR; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., Kelly Astete Gómez M; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., Lima JG; Laboratorio Central de Saude Publica da Bahia-LACEN-BA, Salvador, Bahia, Brazil., Ribeiro AA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Guimarães NR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundac ão Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Watanabe LT; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., Da Silva LB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., da Silva Ferreira R; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., da Penha MPF; Vigilância em Saúde do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Brazil., Ortega MJ; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., de la Fuente AG; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Villalba S; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Torales J; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Gamarra ML; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Aquino C; Laboratorio Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Martínez Figueredo GP; Universidad Nacional del Caaguazú, Instituto Regional de Investigación en Salud.; Laboratorio de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo.; Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social., Fava WS; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul., Motta-Castro ARC; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul., Venturini J; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul., de Oliveira SMDVL; Universidade Federal de Mato Grosso do Sul., Gonçalves CCM; Secretaria de Saúde do Estado do Mato Grosso do Sul., do Carmo Debur Rossa M; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR)., Becker GN; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR)., Presibella MM; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR)., Marques NQ; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR)., Riediger IN; Laboratório Central do Estado do Paraná (Lacen/PR)., Raboni S; Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná, Curitiba, PR., Coelho GM; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR., Cataneo AHD; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR., Zanluca C; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR., Dos Santos CND; Laboratório de Virologia Molecular - Instituto Carlos Chagas/Fiocruz PR, Curitiba, PR., Assato PA; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil., da Costa FADS; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil., Poleti MD; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Lesbon JCC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Mattos EC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Banho CA; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto., Sacchetto L; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto., Moraes MM; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto., Grotto RMT; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil.; Molecular Biology Laboratory, Applied Biotechnology Laboratory, Clinical Hospital of the Botucatu Medical School, Brazil., Souza-Neto JA; São Paulo State University (UNESP), School of Agricultural Sciences, Department of Bioprocesses and Biotechnology, Botucatu, Brazil., Nogueira ML; Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto., Fukumasu H; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of Sao Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Coutinho LL; University of São Paulo, Centro de Genômica Funcional da ESALQ, Piracicaba, SP, Brazil., Calado RT; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil., Neto RM; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., de Filippis AMB; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., da Cunha RV; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Freitas C; Coordenação Geral de Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde (CGLAB/SVS-MS) Brasília, Distrito Federal, Brazil., Peterka CRL; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilaçncia em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Fátima Rangel Fernandes C; Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveisa/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Araújo WN; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., do Carmo Said RF; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Almiron M; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Albuquerque E Melo CFC; Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil., Lourenço J; Department of Zoology, Peter Medawar Building, University of Oxford, Oxford, UK.; Biosystems and Integrative Sciences Institute, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal., de Oliveira T; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, College of Health Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University; Stellenbosch, South Africa.; Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA), Durban, South Africa.; Department of Global Health, University of Washington, Seattle, WA, USA., Holmes EC; Sydney Institute for Infectious Diseases, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, NSW, Australia., Haddad R; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Sampaio SC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Elias MC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Kashima S; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil., de Alcantara LCJ; Laboratório de Flavivírus, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Covas DT; University of São Paulo, Ribeirão Preto Medical School, Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brazil.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil.

Publikováno v: MedRxiv : the preprint server for health sciences [medRxiv] 2022 Mar 28. Date of Electronic Publication: 2022 Mar 28.