All-atom Molecular Dynamics model for mycobacterial plasma membrane

Autor: Karina S. Machado, Scaini Jlr, de Lima Vr, da Silva Pea, Adriano Velasque Werhli, Bordin

Phosphatidyl-myo-inositol mannosides (PIMs) are an essential component of the cell envelope and the most predominant at the inner membrane (IM) ofM. tuberculosis. In this work, we propose an Molecular Dynamics (MD)M. tuberculosisIM model composed of

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::8ecaaf24510774df2d45f6ab51f5f0c3
https://doi.org/10.1101/788299

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Benzohydroxamate and nitrobenzohydroxamate affect membrane order: Correlations between spectroscopic and molecular dynamics to approach tuberculosis.

Autor: Kokuszi LTF; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Paes YM; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Faria ALS; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Alvarado-Huayhuaz J; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Balboni MDC; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos MC; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos SC; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., de Menezes Vicenti JR; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Parize AL; Programa de Pós-Graduação em Química-PPGQ, Departamento de Química, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas-CFM, Universidade Federal de Santa Catarina-UFSC, Campus Universitário Trindade, Caixa Postal 476, Florianópolis, SC 88040-900, Brazil., Werhli AV; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos Machado K; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: karina.machado@furg.br., de Lima VR; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: vanialima@furg.br.

Publikováno v: Biochimica et biophysica acta. Biomembranes [Biochim Biophys Acta Biomembr] 2024 Dec; Vol. 1866 (8), pp. 184378. Date of Electronic Publication: 2024 Aug 19.

Structure and interaction roles in the release profile of chalcone-loaded liposomes.

Autor: Silva NO; Programa de Pós Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Escola de Química e Alimentos- PPGQTA, Universidade Federal do Rio Grande- FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, Rio Grande, RS 96203-900, Brazil., da Silva LS; Programa de Pós Graduação em Ciência e Engenharia de Materiais- PPGCEM, Universidade Federal do Amazonas- UFAM, Campus Universitário Sen. Artur Virgílio Filho (Setor Norte), Av. Gal. Rodrigo Otávio Jordão Ramos, 6200, Coroado, Manaus, AM 69077-000, Brazil., Sanches MP; Programa de Pós-Graduação em Química- PPGQ, Universidade Federal de Santa Catarina- UFSC, Departamento de Química- Centro de Ciências Físicas e Matemáticas- CFM, Campus Universitário Trindade, Caixa Postal 476, Florianópolis, SC 88040-900, Brazil., Dos Santos TR; Programa de Pós Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Escola de Química e Alimentos- PPGQTA, Universidade Federal do Rio Grande- FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, Rio Grande, RS 96203-900, Brazil., Konzgen M; Programa de Pós Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Escola de Química e Alimentos- PPGQTA, Universidade Federal do Rio Grande- FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, Rio Grande, RS 96203-900, Brazil., Parize AL; Programa de Pós-Graduação em Química- PPGQ, Universidade Federal de Santa Catarina- UFSC, Departamento de Química- Centro de Ciências Físicas e Matemáticas- CFM, Campus Universitário Trindade, Caixa Postal 476, Florianópolis, SC 88040-900, Brazil., Sanches EA; Programa de Pós Graduação em Ciência e Engenharia de Materiais- PPGCEM, Universidade Federal do Amazonas- UFAM, Campus Universitário Sen. Artur Virgílio Filho (Setor Norte), Av. Gal. Rodrigo Otávio Jordão Ramos, 6200, Coroado, Manaus, AM 69077-000, Brazil., Darelli GJS; Facultad de Química, Av. Gral Flores 2124, CP 11800, Facultad de Ciencias, Igua 4225, Universidad de la Republica, Montevideo, Uruguay., de Lima VR; Programa de Pós Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Escola de Química e Alimentos- PPGQTA, Universidade Federal do Rio Grande- FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, Rio Grande, RS 96203-900, Brazil. Electronic address: vanialima@furg.br.

Publikováno v: Biophysical chemistry [Biophys Chem] 2023 Jan; Vol. 292, pp. 106930. Date of Electronic Publication: 2022 Nov 10.

Mefloquine synergism with anti-tuberculosis drugs and correlation to membrane effects: Biologic, spectroscopic and molecular dynamics simulations studies.

Autor: Dos Santos MC; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Scaini JLR; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil; Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Lopes MVC; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Av. Athos da Silveira Ramos, 149 - Cidade Universitária, Rio de Janeiro, RJ 21941-909, Brazil., Rodrigues BG; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Silva NO; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Borges CRL; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos SC; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos Machado K; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Werhli AV; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., da Silva PEA; Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Lourenço MCS; Instituto de Pesquisas Clínica Evandro Chagas-IPEC, Av. Brasil, 4365 Manguinhos, Rio de Janeiro, Brazil., da Silva ET; FioCruz-Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Fármacos-Far-Manguinhos, Rua Sizenando Nabuco, 100, Manguinhos, 21041-250 Rio de Janeiro, RJ, Brazil., de Souza MVN; FioCruz-Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Fármacos-Far-Manguinhos, Rua Sizenando Nabuco, 100, Manguinhos, 21041-250 Rio de Janeiro, RJ, Brazil., de Lima VR; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: vanialima@furg.br., Gonçalves RSB; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Av. Athos da Silveira Ramos, 149 - Cidade Universitária, Rio de Janeiro, RJ 21941-909, Brazil. Electronic address: raoni.schroeder@iq.ufrj.br.

Publikováno v: Bioorganic chemistry [Bioorg Chem] 2021 May; Vol. 110, pp. 104786. Date of Electronic Publication: 2021 Mar 02.