Zobrazeno 1 - 10
of 9 934
pro vyhledávání: '"de Bruijn graphs"'
Autor:
Nigrelli, Riccardo
De Bruijn graphs are essential for sequencing data analysis and must be efficiently constructed and stored for large-scale population studies. They also need to be dynamic to allow updates such as adding or removing edges and nodes. Existing dynamic
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2406.12339
The rapid expansion of genomic sequence data calls for new methods to achieve robust sequence representations. Existing techniques often neglect intricate structural details, emphasizing mainly contextual information. To address this, we developed k-
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2312.03865
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Rahman, Amatur1 (AUTHOR) amatur003@gmail.com, Dufresne, Yoann2,3 (AUTHOR), Medvedev, Paul1,4,5 (AUTHOR)
Publikováno v:
Algorithms for Molecular Biology. 5/26/2024, Vol. 19 Issue 1, p1-11. 11p.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Petyuk, Anthony V.
A graph $G=(V,E)$ is word-representable if there exists a word $w$ over the alphabet $V$ such that letters $x$ and $y$ alternate in $w$ if and only if $xy\in E$. Word-representable graphs generalize several important classes of graphs such as $3$-col
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2210.14762
Publikováno v:
Algorithms for Molecular Biology, Vol 19, Iss 1, Pp 1-11 (2024)
Abstract A colored de Bruijn graph (also called a set of k-mer sets), is a set of k-mers with every k-mer assigned a set of colors. Colored de Bruijn graphs are used in a variety of applications, including variant calling, genome assembly, and databa
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/752476abc619485db84d6a7a6b54552b
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Aligning a sequence to a walk in a labeled graph is a problem of fundamental importance to Computational Biology. For finding a walk in an arbitrary graph with $|E|$ edges that exactly matches a pattern of length $m$, a lower bound based on the Stron
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2201.12454