Zobrazeno 1 - 10
of 73
pro vyhledávání: '"coaxial stacking"'
Autor:
Daniel P. Aalberts
Publikováno v:
Entropy, Vol 13, Iss 11, Pp 1958-1966 (2011)
The free energy of an RNA fold is a combination of favorable base pairing and stacking interactions competing with entropic costs of forming loops. Here we show how loop entropy, surprisingly, can promote tertiary order. A general formula for the fre
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/01bf81f1b76d48e9b0f23f6c23e24a14
Publikováno v:
F1000Research
We present forgi, a Python library to analyze the tertiary structure of RNA secondary structure elements. Our representation of an RNA molecule is centered on secondary structure elements (stems, bulges and loops). By fitting a cylinder to the helix
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::6fbd31faa32b83c6e8389ead3a6790f8
https://hdl.handle.net/11353/10.1144103
https://hdl.handle.net/11353/10.1144103
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Daniel P. Aalberts
Publikováno v:
Entropy (Basel, Switzerland)
Entropy
Volume 13
Issue 11
Pages: 1958-1966
Entropy, Vol 13, Iss 11, Pp 1958-1966 (2011)
Entropy
Volume 13
Issue 11
Pages: 1958-1966
Entropy, Vol 13, Iss 11, Pp 1958-1966 (2011)
The free energy of an RNA fold is a combination of favorable base pairing and stacking interactions competing with entropic costs of forming loops. Here we show how loop entropy, surprisingly, can promote tertiary order. A general formula for the fre
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::b601419b492a099aa9e49a8d4c7e51d4
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26379416
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26379416
Autor:
Thomas E. Ouldridge, Andrew J. Turberfield, Katherine E. Dunn, Frits Dannenberg, Jonathan Bath, Marta Kwiatkowska
We present a modelling framework, and basic model parameterization, for the study of DNA origami folding at the level of DNA domains. Our approach is explicitly kinetic and does not assume a specific folding pathway. The binding of each staple is ass
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::aaf619e1dfd0c4ca7dfe12fd99b47280
Publikováno v:
The Journal of chemical physics. 140(23)
We present a new, nucleotide-level model for RNA, oxRNA, based on the coarse-graining methodology recently developed for the oxDNA model of DNA. The model is designed to reproduce structural, mechanical and thermodynamic properties of RNA, and the co
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::c039f9ede95003aa040070f99a3aba63
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24952569
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24952569
Autor:
Ard A. Louis, Joseph M. Schaeffer, Petr Šulc, Thomas E. Ouldridge, Jonathan P. K. Doye, Bernard Yurke, Niranjan Srinivas, Erik Winfree
Publikováno v:
Nucleic Acids Research
Dynamic DNA nanotechnology often uses toehold-mediated strand displacement for controlling reaction kinetics. Although the dependence of strand displacement kinetics on toehold length has been experimentally characterized and phenomenologically model
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::9c0c43a9bb05c07b2d87eefbcc75a18a
http://hdl.handle.net/10044/1/54976
http://hdl.handle.net/10044/1/54976