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Phosphokinases related to drug resistance in two cohorts from the cancer genome atlas (TCGA): uterine carcinoma and testicular cancer.
Autor: Oliveira BR; Programa de Pós-Gradução em Ciências Fisiológicas, Universidade Federal do Rio Grande/FURG, Instituto de Ciências Biológicas, Laboratório de Biologia Molecular, Av. Itália, Km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Marques MB; Programa de Pós-Gradução em Ciências Fisiológicas, Universidade Federal do Rio Grande/FURG, Instituto de Ciências Biológicas, Laboratório de Biologia Molecular, Av. Itália, Km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Werhli AV; Universidade Federal do Rio Grande/FURG, Centro de Ciência da Computação (C3), Laboratório de Biologia Computacional, Rodovia, RS-734, s/n, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Marins LF; Programa de Pós-Gradução em Ciências Fisiológicas, Universidade Federal do Rio Grande/FURG, Instituto de Ciências Biológicas, Laboratório de Biologia Molecular, Av. Itália, Km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil.
Publikováno v: Anais da Academia Brasileira de Ciencias [An Acad Bras Cienc] 2024 Sep 09; Vol. 96 (suppl 1), pp. e20231365. Date of Electronic Publication: 2024 Sep 09 (Print Publication: 2024).
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Benzohydroxamate and nitrobenzohydroxamate affect membrane order: Correlations between spectroscopic and molecular dynamics to approach tuberculosis.
Autor: Kokuszi LTF; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Paes YM; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Faria ALS; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Alvarado-Huayhuaz J; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Balboni MDC; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos MC; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos SC; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., de Menezes Vicenti JR; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Parize AL; Programa de Pós-Graduação em Química-PPGQ, Departamento de Química, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas-CFM, Universidade Federal de Santa Catarina-UFSC, Campus Universitário Trindade, Caixa Postal 476, Florianópolis, SC 88040-900, Brazil., Werhli AV; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos Machado K; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: karina.machado@furg.br., de Lima VR; Grupo de Investigação em Interações Moleculares em Membranas, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental (PPGQTA), Escola de Química e Alimentos (EQA), 96203-900 Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: vanialima@furg.br.
Publikováno v: Biochimica et biophysica acta. Biomembranes [Biochim Biophys Acta Biomembr] 2024 Dec; Vol. 1866 (8), pp. 184378. Date of Electronic Publication: 2024 Aug 19.
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Phylogenetic analysis, computer modeling and catalytic prediction of an Amazonian soil β-glucosidase against a soybean saponin.
Autor: Hernandez AI; Laboratory of Molecular Biology, Institute of Biological Sciences (ICB), Federal University of Rio Grande (FURG), Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos Azevedo R; Laboratory of Molecular Biology, Institute of Biological Sciences (ICB), Federal University of Rio Grande (FURG), Rio Grande, RS, Brazil., Werhli AV; Center of Computational Science (C3), Federal University of Rio Grande (FURG), Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos Machado K; Center of Computational Science (C3), Federal University of Rio Grande (FURG), Rio Grande, RS, Brazil., Nornberg BF; Laboratory of Molecular Biology, Institute of Biological Sciences (ICB), Federal University of Rio Grande (FURG), Rio Grande, RS, Brazil., F Marins L; Laboratory of Molecular Biology, Institute of Biological Sciences (ICB), Federal University of Rio Grande (FURG), Rio Grande, RS, Brazil.
Publikováno v: Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro [Integr Biol (Camb)] 2022 Dec 30; Vol. 14 (8-12), pp. 204-211.
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Chemoprotection mediated by açaí berry (Euterpe oleracea) in white shrimp Litopenaeus vannamei exposed to the cyanotoxin saxitoxin analyzed by in vivo assays and docking modeling.
Autor: Ramos PB; Laboratory of Functional Biochemistry of Aquatic Organisms (BIFOA), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Colombo GM; Graduate Program in Aquiculture, Institute of Oceanography (IO), Federal University of Rio Grande - FURG, Rio Grande, RS, Brazil; Laboratory of Functional Biochemistry of Aquatic Organisms (BIFOA), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Schmitz MJ; Graduate Program in Aquiculture, Institute of Oceanography (IO), Federal University of Rio Grande - FURG, Rio Grande, RS, Brazil; Laboratory of Functional Biochemistry of Aquatic Organisms (BIFOA), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Simião CS; Graduate Program in Aquiculture, Institute of Oceanography (IO), Federal University of Rio Grande - FURG, Rio Grande, RS, Brazil; Laboratory of Functional Biochemistry of Aquatic Organisms (BIFOA), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Machado KDS; Center of Computational Science (C3), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Werhli AV; Center of Computational Science (C3), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Costa LDF; Cyanobacteria and Ficotoxin Laboratory, FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Yunes JS; Cyanobacteria and Ficotoxin Laboratory, FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Prentice C; Graduate Program in Aquiculture, Institute of Oceanography (IO), Federal University of Rio Grande - FURG, Rio Grande, RS, Brazil; School of Food Chemistry (EQA), FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Wasielesky W; Graduate Program in Aquiculture, Institute of Oceanography (IO), Federal University of Rio Grande - FURG, Rio Grande, RS, Brazil; Laboratory of Carcinoculture, FURG, Rio Grande, RS, Brazil., Monserrat JM; Graduate Program in Aquiculture, Institute of Oceanography (IO), Federal University of Rio Grande - FURG, Rio Grande, RS, Brazil; Laboratory of Functional Biochemistry of Aquatic Organisms (BIFOA), FURG, Rio Grande, RS, Brazil; Institute of Biological Sciences (ICB), FURG, Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: monserrat_jm@furg.br.
Publikováno v: Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) [Aquat Toxicol] 2022 May; Vol. 246, pp. 106148. Date of Electronic Publication: 2022 Mar 22.
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E-Volve: understanding the impact of mutations in SARS-CoV-2 variants spike protein on antibodies and ACE2 affinity through patterns of chemical interactions at protein interfaces.
Autor: Dos Santos VP; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Rodrigues A; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Dutra G; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Bastos L; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Mariano D; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Mendonça JG; Laboratory of Quantum and Computational Chemistry, Center of Exact and Natural Sciences, Department of Chemistry, Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, PB, Brazil., Lobo YJG; Laboratory of Molecular Modeling and Bioinformatics, Campus Sete Lagoas, Department of Exact and Biological Sciences, Universidade Federal de São João del-Rei, Sete Lagoas, MG, Brazil., Mendes E; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Maia G; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil., Machado KDS; Computational Biology Laboratory (ComBi-Lab), Center for Computational Sciences-C3, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, RS, Brazil., Werhli AV; Computational Biology Laboratory (ComBi-Lab), Center for Computational Sciences-C3, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, RS, Brazil., Rocha G; Laboratory of Quantum and Computational Chemistry, Center of Exact and Natural Sciences, Department of Chemistry, Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, PB, Brazil., de Lima LHF; Laboratory of Molecular Modeling and Bioinformatics, Campus Sete Lagoas, Department of Exact and Biological Sciences, Universidade Federal de São João del-Rei, Sete Lagoas, MG, Brazil., de Melo-Minardi R; Laboratory of Bioinformatics and Systems, Institute of Exact Sciences, Department of Computer Science, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG, Brazil.
Publikováno v: PeerJ [PeerJ] 2022 Mar 22; Vol. 10, pp. e13099. Date of Electronic Publication: 2022 Mar 22 (Print Publication: 2022).
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A higher flexibility at the SARS-CoV-2 main protease active site compared to SARS-CoV and its potentialities for new inhibitor virtual screening targeting multi-conformers.
Autor: Rocha REO; Laboratory of Molecular Modeling and Drug Design, Department of Biochemistry and Imunology, Institute of Biological Sciences, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.; Laboratory of Structural Biology, Department of Molecular Biology, Universität Salzburg, Salzburg, Austria., Chaves EJF; Laboratory of Computational and Quantum Chemistry, Department of Chemistry, Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Fischer PHC; Laboratory of Molecular Modeling and Bioinformatics, Department of Exact and Biological Sciences, Universidade Federal de São João Del Rei, Sete Lagoas, Brazil., Costa LSC; Comp. Modeling Coordination, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil., Grillo IB; Laboratory of Computational and Quantum Chemistry, Department of Chemistry, Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, Brazil., da Cruz LEG; Laboratory of Computational and Quantum Chemistry, Department of Chemistry, Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Guedes FC; Structural Bioinformatic Laboratory, Institute of Technological Sciences, Universidade Federal de Itajubá, Itabira, Brazil., da Silveira CH; Structural Bioinformatic Laboratory, Institute of Technological Sciences, Universidade Federal de Itajubá, Itabira, Brazil., Scotti MT; Graduate Program in Natural and Synthetic Bioactive Products; Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, Brazil., Camargo AD; Computational Biology Laboratory, Center for computational sciences, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Brazil., Machado KS; Computational Biology Laboratory, Center for computational sciences, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Brazil., Werhli AV; Computational Biology Laboratory, Center for computational sciences, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Brazil., Ferreira RS; Laboratory of Molecular Modeling and Drug Design, Department of Biochemistry and Imunology, Institute of Biological Sciences, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil., Rocha GB; Laboratory of Computational and Quantum Chemistry, Department of Chemistry, Universidade Federal da Paraíba, João Pessoa, Brazil., de Lima LHF; Laboratory of Molecular Modeling and Bioinformatics, Department of Exact and Biological Sciences, Universidade Federal de São João Del Rei, Sete Lagoas, Brazil.
Publikováno v: Journal of biomolecular structure & dynamics [J Biomol Struct Dyn] 2022; Vol. 40 (19), pp. 9214-9234. Date of Electronic Publication: 2021 May 10.
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Whole-genome sequencing as a tool for studying the microevolution of drug-resistant serial Mycobacterium tuberculosis isolates.
Autor: de Lourdes do Carmo Guimarães Diniz J; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil. Electronic address: jaciara_1988@hotmail.com., von Groll A; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Unis G; Hospital Sanatório Partenon, Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul (HSP SES/RS), Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil., Dalla-Costa ER; Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil., Rosa Rossetti ML; Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular, Universidade Luterana do Brasil, Porto Alegre, Brazil., Vianna JS; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Ramos DF; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Reis AJ; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Bartolomeu Halicki PC; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Rheingantz Scaini JL; Combi-Lab - Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais C3, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Castillos de Ibrahim das Neves Y; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Phelan J; London School of Hygiene and Tropical Medicine, Keppel Street, London, WC1E 7HT, United Kingdom., Gomes AR; London School of Hygiene and Tropical Medicine, Keppel Street, London, WC1E 7HT, United Kingdom., Campino S; London School of Hygiene and Tropical Medicine, Keppel Street, London, WC1E 7HT, United Kingdom., Machado KDS; Combi-Lab - Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais C3, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Werhli AV; Combi-Lab - Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais C3, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil., Pain A; Pathogen Genomics Laboratory, BESE Division, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Thuwal, Saudi Arabia; Research Center for Zoonosis Control, Global Institution for Collaborative Research and Education (GI-CoRE), Hokkaido University, Sapporo, Japan., Clark TG; London School of Hygiene and Tropical Medicine, Keppel Street, London, WC1E 7HT, United Kingdom., Perdigão J; Research Institute for Medicines - iMed.ULisboa, Faculdade de Farmácia, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal., Viveiros M; Unidade de Microbiologia Médica, Global Health and Tropical Medicine, GHTM, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, IHMT, Universidade Nova de Lisboa, UNL, Lisboa, Portugal., Portugal I; Research Institute for Medicines - iMed.ULisboa, Faculdade de Farmácia, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal., Almeida Silva PE; Núcleo de Pesquisa em Microbiologia Médica, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil.
Publikováno v: Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) [Tuberculosis (Edinb)] 2021 Dec; Vol. 131, pp. 102137. Date of Electronic Publication: 2021 Oct 04.
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Mefloquine synergism with anti-tuberculosis drugs and correlation to membrane effects: Biologic, spectroscopic and molecular dynamics simulations studies.
Autor: Dos Santos MC; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Scaini JLR; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil; Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Lopes MVC; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Av. Athos da Silveira Ramos, 149 - Cidade Universitária, Rio de Janeiro, RJ 21941-909, Brazil., Rodrigues BG; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Silva NO; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Borges CRL; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos SC; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Dos Santos Machado K; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Werhli AV; COMBI-Lab, Grupo de Biologia Computacional, Centro de Ciências Computacionais, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., da Silva PEA; Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil., Lourenço MCS; Instituto de Pesquisas Clínica Evandro Chagas-IPEC, Av. Brasil, 4365 Manguinhos, Rio de Janeiro, Brazil., da Silva ET; FioCruz-Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Fármacos-Far-Manguinhos, Rua Sizenando Nabuco, 100, Manguinhos, 21041-250 Rio de Janeiro, RJ, Brazil., de Souza MVN; FioCruz-Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Fármacos-Far-Manguinhos, Rua Sizenando Nabuco, 100, Manguinhos, 21041-250 Rio de Janeiro, RJ, Brazil., de Lima VR; Grupo de Investigação de Interações Moleculares em Membranas, Escola de Química e Alimentos, Programa de Pós-Graduação em Química Tecnológica e Ambiental, Universidade Federal do Rio Grande - FURG, Av. Itália, km 8, Campus Carreiros, 96203-900, Rio Grande, RS, Brazil. Electronic address: vanialima@furg.br., Gonçalves RSB; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Av. Athos da Silveira Ramos, 149 - Cidade Universitária, Rio de Janeiro, RJ 21941-909, Brazil. Electronic address: raoni.schroeder@iq.ufrj.br.
Publikováno v: Bioorganic chemistry [Bioorg Chem] 2021 May; Vol. 110, pp. 104786. Date of Electronic Publication: 2021 Mar 02.
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Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods.
Autor: Karamveer1 (AUTHOR), Uzun, Yasin1,2,3 (AUTHOR) yuzun@pennstatehealth.psu.edu
Publikováno v: Bioinformatics & Biology Insights. 11/4/2024, p1-18. 18p.
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Refining computational inference of gene regulatory networks: integrating knockout data within a multi-task framework.
Autor: Cui, Wentao1,2 (AUTHOR), Long, Qingqing1 (AUTHOR), Xiao, Meng1,2 (AUTHOR), Wang, Xuezhi1,2 (AUTHOR), Feng, Guihai2,3 (AUTHOR), Li, Xin2,3 (AUTHOR), Wang, Pengfei1,2 (AUTHOR) pfwang@cnic.cn, Zhou, Yuanchun1,2 (AUTHOR)
Publikováno v: Briefings in Bioinformatics. Sep2024, Vol. 25 Issue 5, p1-10. 10p.
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