Hi-C as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours

Autor: Louise Harewood, Kamal Kishore, Matthew D. Eldridge, Steven Wingett, Danita Pearson, Stefan Schoenfelder, V. Peter Collins, Peter Fraser

Publikováno v: Genome Biology, Vol 18, Iss 1, Pp 1-11 (2017)

Abstract Chromosomal rearrangements occur constitutionally in the general population and somatically in the majority of cancers. Detection of balanced rearrangements, such as reciprocal translocations and inversions, is troublesome, which is particul

Externí odkaz: https://doaj.org/article/6927c847dd604636bfaaaa54b97b4973

Origins and functional consequences of somatic mitochondrial DNA mutations in human cancer

Autor: Young Seok Ju, Ludmil B Alexandrov, Moritz Gerstung, Inigo Martincorena, Serena Nik-Zainal, Manasa Ramakrishna, Helen R Davies, Elli Papaemmanuil, Gunes Gundem, Adam Shlien, Niccolo Bolli, Sam Behjati, Patrick S Tarpey, Jyoti Nangalia, Charles E Massie, Adam P Butler, Jon W Teague, George S Vassiliou, Anthony R Green, Ming-Qing Du, Ashwin Unnikrishnan, John E Pimanda, Bin Tean Teh, Nikhil Munshi, Mel Greaves, Paresh Vyas, Adel K El-Naggar, Tom Santarius, V Peter Collins, Richard Grundy, Jack A Taylor, D Neil Hayes, David Malkin, ICGC Breast Cancer Group, ICGC Chronic Myeloid Disorders Group, ICGC Prostate Cancer Group, Christopher S Foster, Anne Y Warren, Hayley C Whitaker, Daniel Brewer, Rosalind Eeles, Colin Cooper, David Neal, Tapio Visakorpi, William B Isaacs, G Steven Bova, Adrienne M Flanagan, P Andrew Futreal, Andy G Lynch, Patrick F Chinnery, Ultan McDermott, Michael R Stratton, Peter J Campbell

Publikováno v: eLife, Vol 3 (2014)

Recent sequencing studies have extensively explored the somatic alterations present in the nuclear genomes of cancers. Although mitochondria control energy metabolism and apoptosis, the origins and impact of cancer-associated mutations in mtDNA are u

Externí odkaz: https://doaj.org/article/a97bb2e0fa0f4eb19b17cd3f405b0385

HIGH GRADE GLIOMAS

Autor: A. Leonard, J. Wolff, R. Sengupta, J. Marassa, D. Piwnica-Worms, J. Rubin, I. Pollack, R. Jakacki, L. Butterfield, H. Okada, J. Fangusaro, K. E. Warren, C. Mullins, P. Jurgen, S. Julia, C. C. Friedrich, S. Keir, J. Saling, M. Roskoski, H. Friedman, D. Bigner, C. Moertel, M. Olin, T. Dahlheimer, M. Gustafson, D. Sumstad, D. McKenna, W. Low, D. Nascene, A. Dietz, J. Ohlfest, D. Sturm, H. Witt, V. Hovestadt, D. A. K. Quan, D. T. W. Jones, C. Konermann, E. Pfaff, A. Korshunov, M. Rizhova, T. Milde, O. Witt, M. Zapatka, V. P. Collins, M. Kool, G. Reifenberger, P. Lichter, A. M. Lindroth, C. Plass, N. Jabado, S. M. Pfister, B. Pizer, A. Salehzadeh, A. Brodbelt, C. Mallucci, M. Brassesco, J. Pezuk, A. Morales, J. de Oliveira, G. Roberto, K. Umezawa, E. Valera, E. Rego, C. Scrideli, L. Tone, S. J. E. Veringa, D. G. Van Vuurden, P. Wesseling, W. P. Vandertop, D. P. Noske, T. Wurdinger, G. J. L. Kaspers, E. Hulleman, K. Wright, A. Broniscer, A. Bendel, D. Bowers, J. Crawford, P. Fisher, T. Hassall, G. Armstrong, J. Baker, I. Qaddoumi, G. Robinson, C. Wetmore, P. Klimo, F. Boop, A. Onar-Thomas, D. Ellison, A. Gajjar, O. Cruz, C. de Torres, M. Sunol, E. Rodriguez, L. Alonso, A. Parareda, T. Cardesa, H. Salvador, V. Celis, A. Guillen, G. Garcia, J. Muchart, C. Trampal, M. L. Martin, M. Rebollo, J. Mora, A. Piotrowski, A. Kowalska, P. Coyle, S. Smith, H. Rogers, D. Macarthur, R. Grundy, D. Puccetti, S. Salamat, T. Kennedy, N. Patel, K. Bradley, K. Casey, B. Iskandar, Y. Nakano, K. Okada, Y. Osugi, K. Yamasaki, H. Fujisaki, H. Fukushima, T. Inoue, Y. Matsusaka, H. Sakamoto, J. Hara, S. De Vleeschouwer, H. Ardon, F. Van Calenbergh, R. Sciot, G. Wilms, J. Van Loon, J. Goffin, S. Van Gool, D. Rusinak, P. Knight, K. Onel, D. Wargowski, A. Stettner, A. Al-Ghafari, W. Punjaruk, B. Coyle, I. Kerr, E. Xipell, M. Rodriguez, M. Gonzalez-Huarriz, M. T. Tunon, I. Zazpe, S. Tejada-Solis, R. Diez-Valle, J. Fueyo, C. Gomez-Manzano, M. M. Alonso, D. Pastakia, C. McCully, R. Murphy, J. Bacher, M. Thomas, E. Steffen-Smith, K. Saleem, S. Waldbridge, B. Widemann, K. Warren, E. Miele, F. Buttarelli, A. Arcella, F. Begalli, A. Po, C. Baldi, G. Carissimo, M. Antonelli, V. Donofrio, I. Morra, P. Nozza, A. Gulino, F. Giangaspero, E. Ferretti, I. Elens, F. Pauwels, S. Fritzell, S. Eberstal, E. Sanden, E. Visse, A. Darabi, P. Siesjo, P. McDonald, J. Wrogemann, S. Krawitz, M. Del Bigio, D. Eisenstat, R. Kwiecien, T. Pietsch, A. Faldum, R.-D. Kortmann, M. Warmuth-Metz, S. Rutkowski, I. Slavc, C. M. Kramm, U. Uparkar, R. Geyer, R. Ermoian, R. Ellenbogen, S. Leary, J. Triscott, K. Hu, A. Fotovati, S. Yip, R. Kast, B. Toyota, S. Dunn, M. Hegde, A. Corder, K. Chow, M. Mukherjee, A. Ashoori, V. Brawley, H. Heslop, S. Gottschalk, E. Yvon, N. Ahmed, T.-T. Wong, F.-Y. Yang, M. Lu, H.-F. Liang, H.-E. Wang, R.-S. Liu, M.-C. Teng, C.-C. Yen, S. Agnihotri, C. Ternamian, C. Jones, G. Zadeh, J. Rutka, C. Hawkins, I. Filipek, M. Drogosiewicz, M. Perek-Polnik, E. Swieszkowska, B. D. Baginska, E. Jurkiewicz, D. Perek, A. Kuehn, F. Falkenstein, A. Gnekow, C. Kramm, M. D. Brooks, E. Jackson, R. D. Mitra, J. B. Rubin, X.-Y. Liu, J. Schwartzentruber, A. M. Fontebasso, D.-A. K. Quang, S. Albrecht, Z. Dong, P. Siegel, A. Von Diemling, D. Faury, U. Tabori, J. Majewski, R. Lulla, M. Echevarria, T. Alden, A. DiPatri, T. Tomita, S. Goldman, T. Lin, T. E. Merchant, M. Kocak, A. P. Panandiker, G. T. Armstrong, G. H. Gielen, A. z. Muehlen, C. Hubert, Y. Ding, C. Toledo, P. Paddison, J. Olson, M. Nandhabalan, L. Bjerke, D. Bax, D. Carvalho, I. Bajrami, A. Ashworth, C. Lord, D. Hargrave, R. Reis, P. Workman, S. Little, S. Popov, A. Jury, A. Burford, L. Doey, S. Al-Sarraj, J. Jurgensmeier, L. Chen, I. Kozarewa, S. Baker, L. Perryman, G. Box, F. Raynaud, S. Eccles, M. Viana-Pereira, M. Pereira, T. Forshew, R. Tatevossian, D. Sheer, J. Pimental, M. Pires, C. Sarkar, P. Jha, I. R. P. Patrick, K. Somasundaram, P. Pathak, M. C. Sharma, V. Suri, A. Suri, N. Gerges, T. Haque, A. Nantel, C. Lee, J. Chen, C. Venugopal, A. Singhal, C. Dunham, J. Kerr, M. Verreault, H. Wakimoto, A. Jayanthan, A. Narendran, S. Singh, G. Giraud, S. Holm, B. Gustavsson, R. Kizyma, Z. Kizyma, L. Dvornyak, B. Kotsay, S. Epari, P. Sharma, M. Gurav, T. Gupta, P. Shetty, A. Moiyadi, S. Kane, R. Jalali

Publikováno v: Oxford Medicine

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::9ae5a9ed30b5425d923422a9805b264f
https://doi.org/10.1093/neuonc/nos102

Cell Biology and Signaling

Autor: M. Agarwal, R. Nitta, S. Dovat, G. Li, H. Arita, Y. Narita, S. Fukushima, K. Tateishi, Y. Matsushita, A. Yoshida, Y. Miyakita, M. Ohno, V. P. Collins, N. Kawahara, S. Shibui, K. Ichimura, S. A. Kahn, S. Gholamin, M.-P. Junier, H. Chneiweiss, I. Weissman, S. Mitra, S. Cheshier, T. Avril, A. Hamlat, P.-J. Le Reste, J. Mosser, V. Quillien, C. Carrato, A. Munoz-Marmol, L. Serrano, L. Pijuan, C. Hostalot, S. l. Villa, A. Ariza, O. Etxaniz, C. Balana, E. T. Benveniste, Y. Zheng, B. McFarland, D. Drygin, S. Bellis, M. Bredel, D. Lotsch, C. Engelmaier, S. Allerstorfer, M. Grusch, J. Pichler, S. Weis, J. Hainfellner, C. Marosi, S. Spiegl-Kreinecker, W. Berger, A. Bronisz, M. O. Nowicki, Y. Wang, K. Ansari, E. A. Chiocca, J. Godlewski, K. Brown, M. Kwatra, T. Bui, S. Zhu, D. Kozono, J. Li, D. Kushwaha, B. Carter, C. Chen, J. Schulte, M. Srikanth, S. Das, J. Zhang, J. Lathia, L. Yin, J. Rich, E. Olson, J. Kessler, A. Chenn, A. Cherry, B. Haas, Y. H. Lin, S.-E. Ong, N. Stella, C. P. Cifarelli, R. J. Griffin, D. Cong, W. Zhu, Y. Shi, P. Clark, J. Kuo, S. Hu, D. Sun, M. Bookland, N. Darbinian, A. Dey, M. Robitaille, M. Remke, D. Faury, C. Maier, A. Malhotra, N. Jabado, M. Taylor, S. Angers, A. Kenney, X. Ren, H. Zhou, M. Schur, A. Baweja, M. Singh, A. Erdreich-Epstein, J. Fu, D. Koul, J. Yao, N. Saito, S. Zheng, R. Verhaak, Z. Lu, W. K. A. Yung, G. Gomez, S. Volinia, C. Croce, C. Brennan, W. Cavenee, F. Furnari, S. G. Lopez, D. Qu, C. Petritsch, M. Gonzalez-Huarriz, G. Aldave, D. Ravi, A. Rubio, R. Diez-Valle, M. Marigil, P. Jauregi, B. Vera, A. A. d. l. Rocha, S. Tejada-Solis, M. M. Alonso, U. Gopal, J. Isaacs, M. Gruber-Olipitz, S. Dabral, S. Ramkissoon, A. Kung, E. Pak, J. Chung, M. Theisen, Y. Sun, V. Monrose, Y. Franchetti, D. Shulman, N. Redjal, B. Tabak, R. Beroukhim, J. Zhao, S. Buonamici, K. Ligon, J. Kelleher, R. Segal, D. Canton, P. Diaz, J. Scott, K. Hara, T. Kageji, Y. Mizobuchi, K. Kitazato, T. Okazaki, T. Fujihara, K. Nakajima, H. Mure, K. Kuwayama, T. Hara, S. Nagahiro, L. Hill, H. Botfield, K. Hossain-Ibrahim, A. Logan, G. Cruickshank, Y. Liu, M. Gilbert, N. Kyprianou, V. Rangnekar, C. Horbinski, Y. Hu, C. Vo, Z. Li, C. Ke, N. Ru, K. R. Hess, M. E. Linskey, Y.-a. H. Zhou, F. Hu, K. Vinnakota, S. Wolf, H. Kettenmann, P. J. Jackson, J. D. Larson, D. A. Beckmann, B. S. Moriarity, D. A. Largaespada, S. Jalali, S. Agnihotri, S. Singh, K. Burrell, S. Croul, G. Zadeh, S.-H. Kang, M. O. Yu, N.-H. Song, K.-J. Park, S.-G. Chi, Y.-G. Chung, S. K. Kim, J. W. Kim, J. Y. Kim, J. E. Kim, S. H. Choi, T. M. Kim, S.-H. Lee, S.-K. Kim, S.-H. Park, I. H. Kim, C.-K. Park, H.-W. Jung, M. Koldobskiy, I. Ahmed, G. Ho, A. Snowman, E. Raabe, C. Eberhart, S. Snyder, I. Gugel, A. Bornemann, G. Pantazis, S. Mack, D. Shih, N. Sabha, M. Tatagiba, B. Krischek, A. Schulte, K. Liffers, A. Kathagen, S. Riethdorf, M. Westphal, K. Lamszus, J. S. Lee, J. Xiao, P. Patel, J. Schade, J. Wang, B. Deneen, H.-R. Song, L. Leiss, C. Gjerde, H. Saed, A. Rahman, M. Lellahi, P. O. Enger, R. Leung, O. Gil, L. Lei, P. Canoll, S. Sun, D. Lee, A. S. W. Ho, J. K. S. Pu, X.-q. Zhang, N. P. Lee, P. J. R. Dat, G. K. K. Leung, D. Loetsch, E. Steiner, K. Holzmann, C. Pirker, J. Hlavaty, H. Petznek, B. Hegedus, T. Garay, T. Mohr, W. Sommergruber, W. J. Lukiw, B. M. Jones, Y. Zhao, S. Bhattacharjee, F. Culicchia, N. Magnus, D. Garnier, B. Meehan, S. McGraw, M. Hashemi, T. H. Lee, C. Milsom, N. Gerges, J. Trasler, R. Pawlinski, N. Mackman, J. Rak, Z. Maherally, A. Thorne, Q. An, E. Barbu, H. Fillmore, G. Pilkington, S. L. Tan, S. Tan, S. Choi, C. Potts, D. A. Ford, Z. Nahle, A. M. Kenney, L. Matlaf, S. Khan, A. Zider, E. Singer, C. Cobbs, L. Soroceanu, B. C. McFarland, S. W. Hong, R. Rajbhandari, G. B. Twitty, G. K. Gray, H. Yu, E. N. Benveniste, S. E. Nozell, M. Minata, S. Kim, P. Mao, J. Kaushal, I. Nakano, T. Mizowaki, T. Sasayama, K. Tanaka, K. Mizukawa, M. Nishihara, S. Nakamizo, H. Tanaka, M. Kohta, K. Hosoda, E. Kohmura, S. Moeckel, K. Meyer, P. Leukel, U. Bogdahn, M. J. Riehmenschneider, A. K. Bosserhoff, R. Spang, P. Hau, A. Mukasa, A. Watanabe, H. Ogiwara, H. Aburatani, J. Mukherjee, S. Obha, W. See, R. Pieper, R. Otsuka, D. Kung, T. Sinha, G. Meares, S. Nozell, M. Ott, U. Litzenburger, K. Rauschenbach, L. Bunse, S. Pusch, K. Ochs, F. Sahm, C. Opitz, A. von Deimling, W. Wick, M. Platten, P. Peruzzi, R. Read, T. Fenton, J. Wykosky, S. Vandenberg, I. Babic, A. Iwanami, H. Yang, P. Mischel, J. Thomas, M. W. Ronellenfitsch, A. L. Thiepold, P. N. Harter, M. Mittelbronn, J. P. Steinbach, Y. Rybakova, A. Kalen, E. Sarsour, P. Goswami, J. Silber, G. Harinath, B. Aldaz, A. W. M. Fabius, S. Turcan, T. A. Chan, J. T. Huse, A. M. Sonabend, M. Bansal, P. Guarnieri, C. Soderquist, J. Yun, B. Kennedy, J. Sisti, S. Bruce, R. Bruce, R. Shakya, T. Ludwig, S. Rosenfeld, P. A. Sims, J. N. Bruce, A. Califano, M.-T. Stockhausen, K. Kristoffersen, L. S. Olsen, H. S. Poulsen, B. Stringer, B. Day, G. Barry, M. Piper, P. Jamieson, K. Ensbey, Z. Bruce, L. Richards, A. Boyd, A. Sufit, T. Burleson, J. P. Le, A. K. Keating, T. Sundstrom, J. K. Varughese, P. Harter, L. Prestegarden, K. Petersen, F. Azuaje, C. Tepper, E. Ingham, L. Even, S. Johnson, K. O. Skaftnesmo, M. Lund-Johansen, R. Bjerkvig, K. Ferrara, F. Thorsen, H. Takeshima, S. Yamashita, K. Yokogami, S. Mizuguchi, H. Nakamura, J. Kuratsu, T. Fukushima, K. Morishita, Y. Tang, D. Vaka, S. Chen, A. Ponnuswami, Y.-J. Cho, M. Monje, T. Nakamura, D. Cahill, K. Tiemann, H. Hedman, S. P. Niclou, M. Timmer, R. Tjiong, G. Rohn, R. Goldbrunner, P. Stavrinou, M. Perrech, M. Tokita, S. Mikheev, D. Sellers, A. Mikheev, Y. Kosai, R. Rostomily, I. Tritschler, K. Seystahl, J. J. Schroeder, M. Weller, A. Wade, A. E. Robinson, J. J. Phillips, Y. Gong, Y. Ma, Z. Cheng, R. Thompson, Q.-W. Fan, C. Cheng, W. Gustafson, E. Charron, P. Zipper, R. Wong, J. Chen, J. Lau, C. Knobbe-Thosen, N. Jura, G. Reifenberger, K. Shokat, W. Weiss, S. Wu, J. Hu, T. Taylor, G. R. Villa, P. S. Mischel, S. L. Gonias, D. Yamashita, T. Kondo, H. Takahashi, A. Inoue, S. Kohno, H. Harada, S. Ohue, T. Ohnishi, P. Li, J. Ng, L. Yuelling, F. Du, T. Curran, Z.-j. Yang, D. Zhu, R. C. Castellino, E. G. Van Meir, G. Begum, Q. Wang, S.-S. Yang, S.-H. Lin, K. Kahle

Publikováno v: Neuro-Oncology. 12:iv7-iv25

The phylogenetically-conserved vertebrate transcription factor, NFIB, is an orchestrator of glial differentiation in the developing mammalian central nervous system. We found NFIB expression to be reduced in glioblastoma (GBM), the commonest and most

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::c144cb46e36ff215bbfdcd415fdcc237
https://doi.org/10.1093/neuonc/noq116.s2

MONOCLONAL ANTIBODIES TO GLIAL FIBRILLARY ACIDIC PROTEIN

Autor: V. P. Collins, R. Moser

Publikováno v: Acta Pathologica Microbiologica Scandinavica Series A :Pathology. :269-279

Mouse hybridomas producing antibodies to glial fibrillary acidic protein (GFAP) have been cloned and their immunoglobulins characterized biochemically, immunochemically and immunocytochemically. Immunoaffinity columns were prepared using cyanogen bro

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::7a44722f27d6d1974263208f946986dc
https://doi.org/10.1111/j.1699-0463.1983.tb02757.x