Zobrazeno 1 - 10
of 127
pro vyhledávání: '"Telles, Guilherme P."'
DNA technologies have evolved significantly in the past years enabling the sequencing of a large number of genomes in a short time. Nevertheless, the underlying computational problem is hard, and many technical factors and limitations complicate obta
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2411.09114
Autor:
Louza, Felipe A., Mantaci, Sabrina, Manzini, Giovanni, Sciortino, Marinella, Telles, Guilherme P.
In this paper we propose a variant of the induced suffix sorting algorithm by Nong (TOIS, 2013) that computes simultaneously the Lyndon array and the suffix array of a text in $O(n)$ time using $\sigma + O(1)$ words of working space, where $n$ is the
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1905.12987
The Burrows-Wheeler transform (BWT) is a well studied text transformation widely used in data compression and text indexing. The BWT of two strings can also provide similarity measures between them, based on the observation that the more their symbol
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1903.10583
We propose an external memory algorithm for the computation of the BWT and LCP array for a collection of sequences. Our algorithm takes the amount of available memory as an input parameter, and tries to make the best use of it by splitting the input
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1805.06821
Publikováno v:
Journal of Discrete Algorithms, 50 (2018), 2-9
In this paper we present an algorithm to compute the Lyndon array of a string $T$ of length $n$ as a byproduct of the inversion of the Burrows-Wheeler transform of $T$. Our algorithm runs in linear time using only a stack in addition to the data stru
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1710.10105
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Publikováno v:
Journal of Discrete Algorithms, 42 (2017) 14-22
In this article we extend the elegant in-place Burrows-Wheeler transform (BWT) algorithm proposed by Crochemore et al. (Crochemore et al., 2015). Our extension is twofold: we first show how to compute simultaneously the longest common prefix (LCP) ar
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1611.08198
Autor:
Granato, Daniela C., Neves, Leandro X., Trino, Luciana D., Carnielli, Carolina M., Lopes, Ariane F.B., Yokoo, Sami, Pauletti, Bianca A., Domingues, Romênia R., Sá, Jamile O., Persinoti, Gabriella, Paixão, Douglas A.A., Rivera, César, de Sá Patroni, Fabio M., Tommazetto, Geizecler, Santos-Silva, Alan R., Lopes, Márcio A., de Castro, Gilberto, Jr, Brandão, Thaís B., Prado-Ribeiro, Ana Carolina, Squina, Fabio M., Telles, Guilherme P., Paes Leme, Adriana F.
Publikováno v:
In BBA - Proteins and Proteomics August 2021 1869(8)
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.