Functional analysis of multiple genomic signatures demonstrates that classification algorithms choose phenotype-related genes

Autor: T. Nikolskaya, Tieliu Shi, J. C. Corton, Andrej Bugrim, T. Serebryiskaya, Weida Tong, M. Bessarabova, Richard J. Brennan, Leming Shi, Ruchir R. Shah, Russell S. Thomas, Cesare Furlanello, Youping Deng, Minjun Chen, D. Dosymbekov, Giuseppe Jurman, Zoltan Dezso, Joaquín Dopazo, Weiwei Shi, Yuri Nikolsky, A. Guryanov, M. Dudoladova

Publikováno v: The Pharmacogenomics Journal
PHARMACOGENOMICS JOURNAL
r-CIPF: Repositorio Institucional Producción Científica del Centro de Investigación Principe Felipe (CIPF)
Centro de Investigación Principe Felipe (CIPF)
r-CIPF. Repositorio Institucional Producción Científica del Centro de Investigación Principe Felipe (CIPF)
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Gene expression signatures of toxicity and clinical response benefit both safety assessment and clinical practice; however, difficulties in connecting signature genes with the predicted end points have limited their application. The Microarray Qualit

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::8bd0768b5ea893ef93794d17423a9570
http://europepmc.org/articles/PMC2920075

The MicroArray Quality Control (MAQC)-IIII study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models

Autor: L. SHI, G. CAMPBELL, W. JONES, F. CAMPAGNE, Z. WEN, S. WALKER, Z. SU, T. CHU, F. GOODSAID, L. PUSZTAI, J. SHAUGHNESSY, A. OBERTHUER, R. THOMAS, R. PAULES, M. FIELDEN, B. BARLOGIE, W. CHEN, P. DU, M. FISCHER, C. FURLANELLO, B. GALLAS, X. GE, D. MEGHERBI, W. SYMMANS, M. WANG, J. ZHANG, H. BITTER, B. BRORS, P. BUSHEL, M. BYLESJO, M. CHEN, J. CHENG, J. CHOU, T. DAVISON, M. DELORENZI, Y. DENG, V. DEVANARAYAN, D. DIX, J. DOPAZO, K. DORFF, F. ELLOUMI, J. FAN, S. FAN, X. FAN, H. FANG, N. GONZALUDO, K. HESS, H. HONG, J. HUAN, R. IRIZARRY, R. JUDSON, D. JURAEVA, S. LABABIDI, C. LAMBERT, L. LI, Y. LI, Z. LI, S. LIN, G. LIU, E. LOBENHOFER, J. LUO, W. LUO, M. MCCALL, Y. NIKOLSKY, G. PENNELLO, R. PERKINS, R. PHILIP, V. POPOVICI, N. PRICE, F. QIAN, A. SCHERER, T. SHI, W. SHI, J. SUNG, D. THIERRY-MIEG, J. THIERRY-MIEG, V. THODIMA, J. TRYGG, L. VISHNUVAJJALA, S. WANG, J. WU, Y. WU, Q. XIE, W. YOUSEF, L. ZHANG, X. ZHANG, S. ZHONG, Y. ZHOU, S. ZHU, D. ARASAPPAN, W. BAO, A. LUCAS, F. BERTHOLD, R. BRENNAN, A. BUNESS, J. CATALANO, C. CHANG, R. CHEN, Y. CHENG, J. CUI, W. CZIKA, F. DEMICHELIS, X. DENG, D. DOSYMBEKOV, R. EILS, Y. FENG, J. FOSTEL, S. FULMER-SMENTEK, J. FUSCOE, L. GATTO, W. GE, D. GOLDSTEIN, L. GUO, D. HALBERT, J. HAN, S. HARRIS, C. HATZIS, D. HERMAN, J. HUANG, R. JENSEN, R. JIANG, C. JOHNSON, G. JURMAN, Y. KAHLERT, S. KHUDER, M. KOHL, J. LI, M. LI, Q. LI, S. LI, J. LIU, Y. LIU, Z. LIU, L. MENG, M. MADERA, F. MARTINEZ-MURILLO, I. MEDINA, J. MEEHAN, K. MICLAUS, R. MOFFITT, D. MONTANER, P. MUKHERJEE, G. MULLIGAN, P. NEVILLE, T. NIKOLSKAYA, B. NING, G. PAGE, J. PARKER, R. PARRY, X. PENG, R. PETERSON, J. PHAN, B. QUANZ, Y. REN, S. RICCADONNA, A. ROTER, F. SAMUELSON, M. SCHUMACHER, J. SHAMBAUGH, Q. SHI, R. SHIPPY, S. SI, A. SMALTER, C. SOTIRIOU, M. SOUKUP, F. STAEDTLER, G. STEINER, T. STOKES, Q. SUN, P. TAN, R. TANG, Z. TEZAK, B. THORN, M. TSYGANOVA, Y. TURPAZ, S. VEGA, R. VISINTAINER, J. VON FRESE, C. WANG, E. WANG, J. WANG, W. WANG, F. WESTERMANN, J. WILLEY, M. WOODS, S. WU, N. XIAO, J. XU, L. XU, L. YANG, X. ZENG, M. ZHANG, C. ZHAO, R. PURI, U. SCHERF, W. TONG, R. WOLFINGER, MAQC Consortium

Publikováno v: NATURE BIOTECHNOLOGY
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Centro de Investigación Principe Felipe (CIPF)

Gene expression data from microarrays are being applied to predict preclinical and clinical endpoints, but the reliability of these predictions has not been established. In the MAQC-II project, 36 independent teams analyzed six microarray data sets t

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