Nextflow : un outil efficace pour l’amélioration de la stabilité numérique des calculs en analyse génomique

Autor: Cedrik Magis, Emilio Palumbo, Cedric Notredame, Paolo Di Tommaso, Evan Floden

Publikováno v: Biologie Aujourd'hui. 211:233-237

La reproduction des analyses bio-informatiques de routine est difficile en raison d’une combinaison de facteurs difficiles a controler. Nextflow est un gestionnaire de flux (workflow manager ) qui utilise la technologie des conteneurs pour assurer

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::d25b32ab21706a34816161be558a5381
https://doi.org/10.1051/jbio/2017029

Stabilité numérique d'une formulation mixte pour les coques

Autor: Hanen Ferchichi, Saloua Mani Aouadi

Publikováno v: Comptes Rendus Mathematique. 346:1103-1108

Resume On etudie la stabilite numerique d'une formulation mixte face au verrouillage membranaire des coques minces. On presente des resultats numeriques qui mettent en evidence le deverrouillage par cette formulation pour des coques particulieres. Po

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::6bf34b8eeaf7e3c0dcc6d0a7c03fe388
https://doi.org/10.1016/j.crma.2008.09.007

Calculs pour les matrices denses : coût de communication et stabilité numérique

Autor: Khabou, Amal

Publikováno v: Other [cs.OH]. Université Paris Sud-Paris XI, 2013. English. ⟨NNT : 2013PA112011⟩

This dissertation focuses on a widely used linear algebra kernel to solve linear systems, that is the LU decomposition. Usually, to perform such a computation one uses the Gaussian elimination with partial pivoting (GEPP). The backward stability of G

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::d6e619d0c7856c8c4fab51f6394cebe1
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00833356

Stabilité numérique de l'algorithme de Levinson

Autor: Pierre Comon, Evariste Kazamarande

Publikováno v: ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis. 29:123-170

Les proprietes de stabilite numerique de l'algorithme de Levinson-Durbin (LD) ont ete le sufet de beaucoup de controverses. Pour reconcilier les points de vue devergents, il faut en realite prendre en compte le conditionnement du systeme lineaire Toe

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::ffbfb6530c4df17c64e632baec383294
https://doi.org/10.1051/m2an/1995290201231

[Nextflow, an efficient tool to improve computation numerical stability in genomic analysis].

Autor: Tommaso PD; Comparative Bioinformatics Group, Bioinformatics and Genomics Programme, Center for Genomic Regulation (CRG), Dr Aiguader, 88, 08003 Barcelona, Spain - Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain., Floden EW; Comparative Bioinformatics Group, Bioinformatics and Genomics Programme, Center for Genomic Regulation (CRG), Dr Aiguader, 88, 08003 Barcelona, Spain - Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain., Magis C; Comparative Bioinformatics Group, Bioinformatics and Genomics Programme, Center for Genomic Regulation (CRG), Dr Aiguader, 88, 08003 Barcelona, Spain - Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain., Palumbo E; Comparative Bioinformatics Group, Bioinformatics and Genomics Programme, Center for Genomic Regulation (CRG), Dr Aiguader, 88, 08003 Barcelona, Spain - Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain., Notredame C; Comparative Bioinformatics Group, Bioinformatics and Genomics Programme, Center for Genomic Regulation (CRG), Dr Aiguader, 88, 08003 Barcelona, Spain - Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Spain.

Publikováno v: Biologie aujourd'hui [Biol Aujourdhui] 2017; Vol. 211 (3), pp. 233-237. Date of Electronic Publication: 2018 Feb 07.