Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes.

Autor: Yves Clément, Gautier Sarah, Yan Holtz, Felix Homa, Stéphanie Pointet, Sandy Contreras, Benoit Nabholz, François Sabot, Laure Sauné, Morgane Ardisson, Roberto Bacilieri, Guillaume Besnard, Angélique Berger, Céline Cardi, Fabien De Bellis, Olivier Fouet, Cyril Jourda, Bouchaib Khadari, Claire Lanaud, Thierry Leroy, David Pot, Christopher Sauvage, Nora Scarcelli, James Tregear, Yves Vigouroux, Nabila Yahiaoui, Manuel Ruiz, Sylvain Santoni, Jean-Pierre Labouisse, Jean-Louis Pham, Jacques David, Sylvain Glémin

Publikováno v: PLoS Genetics, Vol 13, Iss 5, p e1006799 (2017)

Base composition is highly variable among and within plant genomes, especially at third codon positions, ranging from GC-poor and homogeneous species to GC-rich and highly heterogeneous ones (particularly Monocots). Consequently, synonymous codon usa

Externí odkaz: https://doaj.org/article/edce069e3de2433c97f8464b80235b4b

Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes

Autor: Roberto Bacilieri, Jean Louis Pham, Stéphanie Pointet, Christopher Sauvage, Fabien De Bellis, Guillaume Besnard, Yves Vigouroux, Gautier Sarah, Bouchaib Khadari, Jean-Pierre Labouisse, Céline Cardi, Claire Lanaud, Olivier Fouet, Jacques David, Sandy Contreras, Sylvain Santoni, Morgane Ardisson, Thierry Leroy, Manuel Ruiz, Nabila Yahiaoui, Angélique Berger, Sylvain Glémin, Nora Scarcelli, Benoit Nabholz, Cyril Jourda, James Tregear, Felix Homa, Laure Sauné, Yves Clément, David Pot, François Sabot, Yan Holtz

Publikováno v: PLoS Genetics
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2017, 13 (5), pp.e1006799. ⟨10.1371/journal.pgen.1006799⟩
PLoS Genetics, 2017, 13 (5), pp.e1006799. ⟨10.1371/journal.pgen.1006799⟩
Plos Genetics 5 (13), e1006799. (2017)
PLoS Genetics, Vol 13, Iss 5, p e1006799 (2017)

Base composition is highly variable among and within plant genomes, especially at third codon positions, ranging from GC-poor and homogeneous species to GC-rich and highly heterogeneous ones (particularly Monocots). Consequently, synonymous codon usa

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::ba4f1be2fe7cdc9eb4046e178c137a52
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01608613

Genomic resources and databases

Autor: François Sabot, Nordine El Hassouni, Pierre Larmande, Bertrand Pitollat, Guilhem Sempere, Anestis Gkanogiannis, Christine Tranchant-Dubreuil, Cédric Farcy, Enrique Ortega, Cécile Monat, Stéphanie Pointet, Dominique This, Marilyne Summo, Frédéric De Lamotte, Delphine Larivière, David Couvin, Chantal Hamelin, Sébastien Ravel, Ndomassi Tando, Manuel Ruiz, Gaëtan Droc, Stéphanie Bocs, Jean-François Dufayard, Alexis Dereeper, Sarah Gautier, Mathieu Rouard, Yann Hueber, Valentin Guignon, Guillaume Martin

Publikováno v: Current Plant Biology
Current Plant Biology, 2016, 7-8, pp.6-9. ⟨10.1016/j.cpb.2016.12.002⟩
Current Plant Biology, Elsevier, 2016, 7-8, pp.6-9. ⟨10.1016/j.cpb.2016.12.002⟩
Current Plant Biology (7-8), 6-9. (2016)

International audience; The South Green Web portal (http://www.southgreen.fr/http://www.southgreen.fr/) provides access to a large panel of public databases, analytical workflows and bioinformatics resources dedicated to the genomics of tropical and

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::bcd693ad05d597e9eaa04a635b470693
https://hal.inrae.fr/hal-02631148/file/publis16-agap-030_bocs_south_1.pdf

ECHAP : un projet pour identifier les possibilités de réduction de l’utilisation des fongicides en utilisant l’architecture des couverts

Autor: Corinne Robert, Christian Fournier, Mariem Abichou, Bruno Andrieu, Marie-Odile Bancal, Enrique Barriuso, Carole Bedos, Pierre Benoit, Valerie Bergheaud, Marc Bidon, Bernard Bonicelli, Camille Chambon, Chapuis, R., Eric Cotteux, Da Costa, J., Brigitte Durand, Nathalie Gagnaire, Damien Gaudillat, Christophe Gigot, Guillaume Girardin, David Gouache, Josiane Jean-Jacques, Laure Mamy, Bertrand Ney, Paveley, N., Benjamin Perriot, Samuel Poidevin, Stéphanie Pointet, Valerie Pot-Genty, Christophe Pradal, Richard, C., Sébastien Saint-Jean, Jérôme Salse, Carole Sinfort, Smith, J., Ter Halle, A., Den Berg, E., Anne-Sophie Walker

Publikováno v: 45e Congrès du Groupe Français des Pesticides Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nouveaux enjeux
45e Congrès du Groupe Français des Pesticides Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nouveaux enjeux, May 2015, Versailles, France. 145 p., 2015, Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nouveaux enjeux
45e Congrès du Groupe Français des Pesticides Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nouveaux enjeux, May 2015, Versailles, France. 2 p
45e Congrès du Groupe Français des Pesticides Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nouveaux enjeux, May 2015, Versailles, France. 145 p., 2015
HAL

ECHAP : un projet pour identifier les possibilités de réduction de l’utilisation des fongicides en utilisant l’architecture des couverts. 45e Congrès du Groupe Français des Pesticides Devenir et impact des pesticides : verrous à lever et nou

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::e31dced88ec7ca82ee29961413c8774d
https://hal.science/hal-01394816

Accounting for Gene Tree Uncertainties Improves Gene Trees and Reconciliation Inference

Autor: Thi-Hau Nguyen, Vincent Ranwez, Jean-Philippe Doyon, Vincent Berry, Stéphanie Pointet, Anne-Muriel Arigon Chifolleau

Publikováno v: Lecture Notes in Computer Science ISBN: 9783642331213
WABI

We propose a reconciliation heuristic accounting for gene duplications, losses and horizontal transfers that specifically takes into account the uncertainties in the gene tree. Rearrangements are tried for gene tree edges that are weakly supported, a

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_________::f2df9e0c3bd678b30f329a6a7f3d3446
https://doi.org/10.1007/978-3-642-33122-0_10