Similarity corpus on microbial transcriptional regulation

Autor: Oscar Lithgow-Serrano, Socorro Gama-Castro, Cecilia Ishida-Gutiérrez, Citlalli Mejía-Almonte, Víctor H. Tierrafría, Sara Martínez-Luna, Alberto Santos-Zavaleta, David Velázquez-Ramírez, Julio Collado-Vides

Publikováno v: Journal of Biomedical Semantics, Vol 10, Iss 1, Pp 1-14 (2019)

Abstract Background The ability to express the same meaning in different ways is a well-known property of natural language. This amazing property is the source of major difficulties in natural language processing. Given the constant increase in publi

Externí odkaz: https://doaj.org/article/f133b23bf096497ca7efcbaa05005aec

The EcoCyc Database in 2021

Autor: Ingrid M. Keseler, Socorro Gama-Castro, Amanda Mackie, Richard Billington, César Bonavides-Martínez, Ron Caspi, Anamika Kothari, Markus Krummenacker, Peter E. Midford, Luis Muñiz-Rascado, Wai Kit Ong, Suzanne Paley, Alberto Santos-Zavaleta, Pallavi Subhraveti, Víctor H. Tierrafría, Alan J. Wolfe, Julio Collado-Vides, Ian T. Paulsen, Peter D. Karp

Publikováno v: Frontiers in Microbiology, Vol 12 (2021)

The EcoCyc model-organism database collects and summarizes experimental data for Escherichia coli K-12. EcoCyc is regularly updated by the manual curation of individual database entries, such as genes, proteins, and metabolic pathways, and by the pro

Externí odkaz: https://doaj.org/article/3e5385087dd74fe2b99b461d7b140fcf

A unified resource for transcriptional regulation in Escherichia coli K-12 incorporating high-throughput-generated binding data into RegulonDB version 10.0

Autor: Alberto Santos-Zavaleta, Mishael Sánchez-Pérez, Heladia Salgado, David A. Velázquez-Ramírez, Socorro Gama-Castro, Víctor H. Tierrafría, Stephen J. W. Busby, Patricia Aquino, Xin Fang, Bernhard O. Palsson, James E. Galagan, Julio Collado-Vides

Publikováno v: BMC Biology, Vol 16, Iss 1, Pp 1-12 (2018)

Abstract Background Our understanding of the regulation of gene expression has benefited from the availability of high-throughput technologies that interrogate the whole genome for the binding of specific transcription factors and gene expression pro

Externí odkaz: https://doaj.org/article/62842013a20a414b8d96469a17759c51

RegulonDB v12.0: a comprehensive resource of transcriptional regulation in E. coli K-12.

Autor: Salgado H; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Gama-Castro S; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Lara P; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Mejia-Almonte C; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Alarcón-Carranza G; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., López-Almazo AG; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Betancourt-Figueroa F; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Peña-Loredo P; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Alquicira-Hernández S; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Ledezma-Tejeida D; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Arizmendi-Zagal L; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Mendez-Hernandez F; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Diaz-Gomez AK; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Ochoa-Praxedis E; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Muñiz-Rascado LJ; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., García-Sotelo JS; Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano, Universidad Nacional Autónoma de México, Querétaro 76230, Querétaro, Mexico., Flores-Gallegos FA; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Gómez L; Instituto Nacional de Medicina Genómica, Periférico Sur 4809, Arenal Tepepan, Tlalpan, 14610 Ciudad de México, Mexico.; Escuela de Medicina, Tecnológico de Monterrey, Campus Ciudad de México, CDMX 14380, Meéxico., Bonavides-Martínez C; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Del Moral-Chávez VM; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Hernández-Alvarez AJ; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico., Santos-Zavaleta A; Instituto de Energías Renovables, Universidad Nacional Autónoma de México, Temixco, Morelos 62580, Meéxico., Capella-Gutierrez S; Barcelona Supercomputing Center (BSC), Plaça Eusebi Güell, 1-3, 08034, Barcelona, Spain., Gelpi JL; Department of Biochemistry and Molecular Biomedicine. Univ. of Barcelona. Av. Diagonal 643, 08028, Barcelona, Spain.; Centre for Genomic Regulation (CRG), Universitat Pompeu Fabra(UPF), Dr. Aiguader 88, Barcelona, 08003, Barcelona, Spain., Collado-Vides J; Centro de Ciencias Genómicas, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos 62210, Mexico.; Centre for Genomic Regulation (CRG), Universitat Pompeu Fabra(UPF), Dr. Aiguader 88, Barcelona, 08003, Barcelona, Spain.; Department of Biomedical Engineering, Boston University, 44 Cummington Mall. Boston, MA 02215, USA.

Publikováno v: Nucleic acids research [Nucleic Acids Res] 2024 Jan 05; Vol. 52 (D1), pp. D255-D264.

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