Web-based volume slicer for 3D electron-microscopy data from EMDB.

Autor: Salavert-Torres J; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom; Present address: Universitat Politècnica de València, DISCA, Edificio 1G - Lab 3S-15, Camino de Vera S/N, 46022 València, Spain. Electronic address: josator@gap.upv.es., Iudin A; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom. Electronic address: andrii@ebi.ac.uk., Lagerstedt I; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom. Electronic address: ingvar@ebi.ac.uk., Sanz-García E; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom. Electronic address: eduardo@ebi.ac.uk., Kleywegt GJ; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom. Electronic address: gerard@ebi.ac.uk., Patwardhan A; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Wellcome Genome Campus, Hinxton CB10 1SD, United Kingdom. Electronic address: ardan@ebi.ac.uk.

Publikováno v: Journal of structural biology [J Struct Biol] 2016 May; Vol. 194 (2), pp. 164-70. Date of Electronic Publication: 2016 Feb 10.

PDBe: improved accessibility of macromolecular structure data from PDB and EMDB.

Autor: Velankar S; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK sameer@ebi.ac.uk., van Ginkel G; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Alhroub Y; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Battle GM; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Berrisford JM; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Conroy MJ; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Dana JM; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Gore SP; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Gutmanas A; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Haslam P; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Hendrickx PM; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Lagerstedt I; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Mir S; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Fernandez Montecelo MA; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Mukhopadhyay A; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Oldfield TJ; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Patwardhan A; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Sanz-García E; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Sen S; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Slowley RA; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Wainwright ME; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Deshpande MS; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Iudin A; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Sahni G; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Salavert Torres J; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Hirshberg M; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Mak L; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Nadzirin N; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Armstrong DR; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Clark AR; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Smart OS; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Korir PK; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK., Kleywegt GJ; Protein Data Bank in Europe, European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1SD, UK gerard@ebi.ac.uk.

Publikováno v: Nucleic acids research [Nucleic Acids Res] 2016 Jan 04; Vol. 44 (D1), pp. D385-95. Date of Electronic Publication: 2015 Oct 17.

Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array.

Autor: Tárraga J; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Arnau V; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Martínez H; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Moreno R; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Cazorla D; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Salavert-Torres J; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Blanquer-Espert I; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain., Dopazo J; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de Valènci, Medina I; Department of Computational Genomics, Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), Functional Genomics Node, (INB) at CIPF 46012, Departamento de Informática, Universidad de Valencia, 46100 Valencia, Departamento de Ingeniería y Ciencia de Computadores, Universitat Jaume I, 12071 Castellón de la Plana, Instituto de Investigación en Informática de Albacete, Universidad de Castilla-La Mancha, Campus Universitario, 02071 Albacete, Universitat Politècnica de València, Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular, 46022 Valencia, Grupo de Investigación Biomédica de Imagen (GIBI 2^30), La Fe Polytechnic University Hospital, 46022 Valencia and Bioinformatics of Rare Diseases (BIER), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), Valencia, Spain.

Publikováno v: Bioinformatics (Oxford, England) [Bioinformatics] 2014 Dec 01; Vol. 30 (23), pp. 3396-8. Date of Electronic Publication: 2014 Aug 20.

Quantitative analysis of protein dynamics using a deep learning technique combined with experimental cryo-EM density data and MD simulations.

Autor: Shigeyuki Matsumoto¹ matsumoto.shigeyuki.4z@kyoto-u.ac.jp, Shoichi Ishida², Kei Terayama^2,3, Yasuhshi Okuno^1,3 okuno.yasushi.4c@kyoto-u.ac.jp

Publikováno v: Biophysics & Physicobiology. 2023, Vol. 20 Issue 2, p1-11. 11p.

SEM3De: image restoration for FIB-SEM.

Autor: Serir, Rayane Hamdane¹, Deliot, Aurelie², Kizilyaprak, Caroline³, Daraspe, Jean³, Walczak, Christine¹, Canini, Françoise², Leleu, Amandine², Marco, Sergio², Ronzon, Frederic², Messaoudi, Cedric¹ cedric.messaoudi@curie.fr

Publikováno v: Bioinformatics Advances. 2023, Vol. 3 Issue 1, p1-4. 4p.