Zobrazeno 1 - 10
of 42
pro vyhledávání: '"Russo, John D."'
Autor:
Russo, John D., Zuckerman, Daniel M.
Synthetic molecular dynamics (synMD) trajectories from learned generative models have been proposed as a useful addition to the biomolecular simulation toolbox. The computational expense of explicitly integrating the equations of motion in molecular
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2204.04343
Markov state models (MSMs) have been broadly adopted for analyzing molecular dynamics trajectories, but the approximate nature of the models that results from coarse-graining into discrete states is a long-known limitation. We show theoretically that
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2105.13402
Autor:
Zuckerman, Daniel M., Russo, John D.
Despite the importance of non-equilibrium statistical mechanics in modern physics and related fields, the topic is often omitted from undergraduate and core-graduate curricula. Key aspects of non-equilibrium physics, however, can be understood with a
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2010.14991
We present two algorithms by which a set of short, unbiased trajectories can be iteratively reweighted to obtain various observables. The first algorithm estimates the stationary (steady state) distribution of a system by iteratively reweighting the
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2006.09451
Autor:
Bogetti, Anthony T., Leung, Jeremy M. G., Russo, John D., Zhang, She, Thompson, Jeff P., Saglam, Ali S., Ray, Dhiman, Mostofian, Barmak, Pratt, AJ, Abraham, Rhea C., Harrison, Page O., Dudek, Max, Torrillo, Paul A., DeGrave, Alex J., Adhikari, Upendra, Faeder, James R., Andricioaei, Ioan, Adelman, Joshua L., Zwier, Matthew C., LeBard, David N., Zuckerman, Daniel M., Chong, Lillian T.
Publikováno v:
Living J Comput Mol Sci
The weighted ensemble (WE) strategy has been demonstrated to be highly efficient in generating pathways and rate constants for rare events such as protein folding and protein binding using atomistic molecular dynamics simulations. Here we present two
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::bdfd685c8c012e2e0b0024815fb97246
https://europepmc.org/articles/PMC10191340/
https://europepmc.org/articles/PMC10191340/
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.