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From genomes to metabolism reconstruction: companion collections of databases to study symbiotic interactions between insects and their bacterial symbionts
Autor: Baa-Puyoulet, Patrice, Parisot, Nicolas, Peignier, Sergio, Calevro, Federica, Charles, Hubert
Publikováno v: 12. Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA)
12. Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), May 2022, Nice, France
13ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA)
13ème Réunion du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA), 2020, Nice (virtuel), France
International audience
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::b370a293cd2107da603fea3f076d8c03
https://hal.inrae.fr/hal-03810352
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Optimisation d'approches combinées de métabolomique pour l'étude des effets métaboliques hépatiques induits par l'exposition à l'acide perfluorooctanoîque
Autor: Villaret cazadamont, Joran
L'acide perfluorooctanoïque (PFOA), qui est une substance d'origine humaine, est un des représentants principaux de la famille des composés per/polyfluoro-alkylés (PFAS). Ce composé est utilisé depuis les années 1950 dans de nombreuses applica
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::6f421bd5ae9b315bbdda84c0be2b66e3
https://oatao.univ-toulouse.fr/28468/
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Le pluralisme des voies d’écologisation de la gestion des biomasses résiduaires en agriculture : analyse à partir des réseaux métaboliques et étude de cas dans la vallée de la Drôme
Autor: Gabriel, Andréa-Wiktor
Publikováno v: Sciences agricoles. Université Paris-Saclay, 2021. Français. ⟨NNT : 2021UPASB017⟩
Residual biomass (RB) (e.g. livestock effluents, crop residues, green and urban waste) plays a key role in agriculture. The modernization of agriculture since the 19th century has profoundly transformed their metabolism, leading to soil impoverishmen
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::18e84f1d9839b921c21cd5c48f6e02ed
https://pastel.archives-ouvertes.fr/tel-03223081
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Models and algorithms for investigating and exploiting the metabolism of microorganisms
Autor: Ziska, Irene
Publikováno v: Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), 2020. English. ⟨NNT : ⟩
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), 2020. English
In this thesis, I worked on two different constraint-based approaches to study the metabolism of microorganisms. The first method identifies knockouts that increase the production of a target chemical in a microorganism in the scenario where the prod
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::99371198b261551db211fa9114619213
https://theses.hal.science/tel-03131655/file/Ziska_Thesis.pdf
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Dissertation/ Thesis
Mathematical modelling of the impacts of environment using metabolic networks and game theory
Autor: Pusa, Taneli
Le sujet général de cette thèse est la modélisation mathématique des systèmes biologiques. Le principal modèle étudié est le réseau métabolique: une collection d'objets - métabolites, réactions biochimiques, enzymes et gènes - et les re
Externí odkaz: http://www.theses.fr/2019LYSE1011/document
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Modélisation mathématique des impacts de l'environnement à l'aide de réseaux métaboliques et de la théorie des jeux
Autor: Pusa, Taneli
Publikováno v: Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lyon; Università degli studi La Sapienza (Rome), 2019. English. ⟨NNT : 2019LYSE1011⟩
The overall subject of this thesis is mathematical modelling of biological systems. The main model under study is the metabolic network: a collection of objects — metabolites, biochemical reactions, enzymes, and genes — and the relations amongst
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=od_______212::29e8e9f873b23b8a4a1cf116c89201a0
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02096971
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Dissertation/ Thesis
Réduction dynamique de réseaux métaboliques par la théorie des perturbations singulières : application aux microalgues
Autor: López Zazueta, Claudia
Les lipides des microalgues et les glucides de cyanobactéries peuvent être transformés en biodiesel et en bioéthanol, respectivement. L'amélioration de la production de ces molécules doit prendre en compte les entrées périodiques (principalem
Externí odkaz: http://www.theses.fr/2018AZUR4108/document
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Dériver des associations de gène pour des modèles métaboliques
Autor: Issa, Razanne, Sherman, David James
Publikováno v: [Research Report] RR-9246, Inria Bordeaux Sud-Ouest. 2018
We define a formal procedure for inferring gene-protein-reaction (GPR) relations from complete metabolic models, using a logical representation of knowledge and a small set of inference rules. We show that different use cases of metabolic models requ
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=dedup_wf_001::31f10ead15e17b4fba340d12ff710c09
http://hdl.handle.net/20.500.12278/108765
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Dissertation/ Thesis
Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems
Autor: Frioux, Clémence
La biologie des systèmes intègre données et connaissances par des méthodes bioinformatiques, afin de mieux appréhender la physiologie des organismes. Une problématique est l’applicabilité de ces techniques aux organismes non modèles, au cen
Externí odkaz: http://www.theses.fr/2018REN1S058/document
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