Clinical and phylogenetic influenza dynamics for the 2019-20 season in the global influenza hospital surveillance network (GIHSN) - Pilot study

Autor: Quéromès G, Frobert E, Burtseva E, Draganescu A, Koul PA, Komissarov A, Laguna-Torres VA, Leblanc J, López-Labrador FX, Medic S, Mironenko A, Otieno NA, Ruiz-Palacios GM, Md T, Ngs Team-Lyon, Gihsn Collaborators, Josset L, Lina B

Publikováno v: JOURNAL OF CLINICAL VIROLOGY
r-FISABIO. Repositorio Institucional de Producción Científica
instname

BACKGROUND: The Global Influenza Hospital Surveillance Network (GIHSN) has operated with the aim of investigating epidemiological and clinical factors related to severe influenza-related hospitalisations. STUDY DESIGN: A common GIHSN core protocol fo

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=RECOLECTA___::ccbdde9c388eccb5de94bd7916c16232
https://fundanet.fisabio.san.gva.es/publicaciones/ProdCientif/PublicacionFrw.aspx?id=13634

Detection and prevalence of SARS-CoV-2 co-infections during the Omicron variant circulation in France.

Autor: Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Univ Lyon, Inserm,U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France., Simon B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Destras G; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Univ Lyon, Inserm,U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France., Chalvignac R; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Semanas Q; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Oblette A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Quéromès G; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Univ Lyon, Inserm,U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France., Fanget R; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Regue H; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Univ Lyon, Inserm,U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France., Valette M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France., Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Univ Lyon, Inserm,U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France., Josset L; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France. laurence.josset@chu-lyon.fr.; GenEPII sequencing platform, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, F-69004, Lyon, France. laurence.josset@chu-lyon.fr.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Univ Lyon, Inserm,U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007, Lyon, France. laurence.josset@chu-lyon.fr.

Publikováno v: Nature communications [Nat Commun] 2022 Oct 23; Vol. 13 (1), pp. 6316. Date of Electronic Publication: 2022 Oct 23.

Publisher Correction: Clinical and laboratory characteristics of symptomatic healthcare workers with suspected COVID-19: a prospective cohort study.

Autor: Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Brengel-Pesce K; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France., Gaymard A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Quéromès G; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Guibert N; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France., Frobert E; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Bouscambert M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Trabaud MA; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France., Allantaz-Frager F; Open Innovation and Partnerships (OIP), bioMérieux S.A., 69280, Marcy l'Etoile, France., Oriol G; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France., Cheynet V; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France., d'Aubarede C; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France., Massardier-Pilonchery A; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France., Buisson M; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France., Lupo J; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France., Pozzetto B; GIMAP EA 3064 (Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes), Université Jean Monnet, Lyon University, Saint-Etienne, France.; Laboratory of Infectious Agents and Hygiene, University Hospital of Saint-Etienne, Saint-Etienne, France., Poignard P; Institut de Biologie Structurale, CEA, CNRS and Centre Hospitalier Universitaire Grenoble Alpes, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France., Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Fassier JB; Université Claude Bernard Lyon1, Ifsttar, UMRESTTE, UMR T_9405, Lyon University, 8 Avenue Rockefeller, Lyon, France.; Occupational Health and Medicine Department, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France., Morfin F; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Laboratoire associé au Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France., Trouillet-Assant S; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPath, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France. sophie.assant@chu-lyon.fr.; Joint Research Unit Hospices Civils de Lyon-bioMérieux, Lyon Sud Hospital, Pierre-Bénite, France. sophie.assant@chu-lyon.fr.

Publikováno v: Scientific reports [Sci Rep] 2021 Sep 23; Vol. 11 (1), pp. 19317. Date of Electronic Publication: 2021 Sep 23.

The Combination of Bromelain and Acetylcysteine (BromAc) Synergistically Inactivates SARS-CoV-2.

Autor: Akhter J; Department of Surgery, St. George Hospital, Sydney, NSW 2217, Australia.; Mucpharm Pty Ltd., Sydney, NSW 2217, Australia., Quéromès G; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France., Pillai K; Mucpharm Pty Ltd., Sydney, NSW 2217, Australia., Kepenekian V; Department of Surgery, St. George Hospital, Sydney, NSW 2217, Australia.; Hospices Civils de Lyon, EMR 3738 (CICLY), Lyon 1 Université, F-69921 Lyon, France., Badar S; Department of Surgery, St. George Hospital, Sydney, NSW 2217, Australia.; St. George & Sutherland Clinical School, University of New South Wales, Sydney, NSW 2217, Australia., Mekkawy AH; Department of Surgery, St. George Hospital, Sydney, NSW 2217, Australia.; Mucpharm Pty Ltd., Sydney, NSW 2217, Australia.; St. George & Sutherland Clinical School, University of New South Wales, Sydney, NSW 2217, Australia., Frobert E; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France.; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France., Valle SJ; Department of Surgery, St. George Hospital, Sydney, NSW 2217, Australia.; Mucpharm Pty Ltd., Sydney, NSW 2217, Australia.; St. George & Sutherland Clinical School, University of New South Wales, Sydney, NSW 2217, Australia., Morris DL; Department of Surgery, St. George Hospital, Sydney, NSW 2217, Australia.; Mucpharm Pty Ltd., Sydney, NSW 2217, Australia.; St. George & Sutherland Clinical School, University of New South Wales, Sydney, NSW 2217, Australia.

Publikováno v: Viruses [Viruses] 2021 Mar 06; Vol. 13 (3). Date of Electronic Publication: 2021 Mar 06.

Comparison of Nucleic Acid Extraction Methods for a Viral Metagenomics Analysis of Respiratory Viruses.

Autor: Sabatier M; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France.; Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France., Bal A; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France.; Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France., Destras G; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France.; Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France., Regue H; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France., Quéromès G; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France., Cheynet V; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon - bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, F-69310 Pierre-Bénite, France., Lina B; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France.; Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France., Bardel C; Université Lyon 1, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, CNRS UMR5558, F-69100 Villeurbanne, France., Brengel-Pesce K; Laboratoire Commun de Recherche Hospices Civils de Lyon - bioMérieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, F-69310 Pierre-Bénite, France., Navratil V; PRABI, Rhône Alpes Bioinformatics Center, UCBL, Université Claude Bernard Lyon 1, F-69000 Lyon, France.; European Virus Bioinformatics Center, Leutragraben 1, D-07743 Jena, Germany., Josset L; Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France.; CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Team VirPatH, Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, F-69007 Lyon, France.; Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, F-69004 Lyon, France.

Publikováno v: Microorganisms [Microorganisms] 2020 Oct 06; Vol. 8 (10). Date of Electronic Publication: 2020 Oct 06.