Zobrazeno 1 - 10
of 145
pro vyhledávání: '"Ohlebusch Enno"'
The suffix array is arguably one of the most important data structures in sequence analysis and consequently there is a multitude of suffix sorting algorithms. However, to this date the GSACA algorithm introduced in 2015 is the only known non-recursi
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2206.12222
This paper introduces the de Bruijn graph edge minimization problem, which is related to the compression of de Bruijn graphs: find the order-k de Bruijn graph with minimum edge count among all orders. We describe an efficient algorithm that solves th
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1911.00044
Publikováno v:
In Information and Computation May 2022 285 Part B
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Beller, Timo, Ohlebusch, Enno
Recently, Marcus et al. (Bioinformatics 2014) proposed to use a compressed de Bruijn graph to describe the relationship between the genomes of many individuals/strains of the same or closely related species. They devised an $O(n \log g)$ time algorit
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1602.03333
Autor:
Dede Kadir, Ohlebusch Enno
Publikováno v:
Open Computer Science, Vol 10, Iss 1, Pp 82-96 (2020)
Marcus et al. (Bioinformatics 2014) proposed to use a compressed de Bruijn graph as a description of a pan-genome, comprising the genomes of many individuals/strains of the same or closely related species. Subsequent work improved the construction of
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/0159213ca2d640b8ada2d0be7b299629
Autor:
Gog, Simon, Ohlebusch, Enno
The suffix tree is a very important data structure in string processing, but it suffers from a huge space consumption. In large-scale applications, compressed suffix trees (CSTs) are therefore used instead. A CST consists of three (compressed) compon
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1012.4263
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Publikováno v:
Bioinformatics; May2023, Vol. 39 Issue 5, p1-8, 8p