Host genetics and COVID-19 severity: increasing the accuracy of latest severity scores by Boolean quantum features

Autor: Gabriele Martelloni, Alessio Turchi, Chiara Fallerini, Andrea Degl’Innocenti, Margherita Baldassarri, Simona Olmi, Simone Furini, Alessandra Renieri, GEN-COVID Multicenter study, Francesca Mari, Sergio Daga, Ilaria Meloni, Mirella Bruttini, Susanna Croci, Mirjam Lista, Debora Maffeo, Elena Pasquinelli, Giulia Brunelli, Kristina Zguro, Viola Bianca Serio, Enrica Antolini, Simona Letizia Basso, Samantha Minetto, Giulia Rollo, Martina Rozza, Angela Rina, Rossella Tita, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Francesca Ariani, Francesca Montagnani, Mario Tumbarello, Ilaria Rancan, Massimiliano Fabbiani, Elena Bargagli, Laura Bergantini, Miriana d’Alessandro, Paolo Cameli, David Bennett, Federico Anedda, Simona Marcantonio, Sabino Scolletta, Federico Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Susanna Guerrini, Edoardo Conticini, Luca Cantarini, Bruno Frediani, Danilo Tacconi, Chiara Spertilli Raffaelli, Arianna Emiliozzi, Marco Feri, Alice Donati, Raffaele Scala, Luca Guidelli, Genni Spargi, Marta Corridi, Cesira Nencioni, Leonardo Croci, Gian Piero Caldarelli, Davide Romani, Paolo Piacentini, Maria Bandini, Elena Desanctis, Silvia Cappelli, Anna Canaccini, Agnese Verzuri, Valentina Anemoli, Manola Pisani, Agostino Ognibene, Maria Lorubbio, Alessandro Pancrazzi, Massimo Vaghi, Antonella D’Arminio Monforte, Federica Gaia Miraglia, Mario U. Mondelli, Stefania Mantovani, Raffaele Bruno, Marco Vecchia, Marcello Maffezzoni, Enrico Martinelli, Massimo Girardis, Stefano Busani, Sophie Venturelli, Andrea Cossarizza, Andrea Antinori, Alessandra Vergori, Stefano Rusconi, Matteo Siano, Arianna Gabrieli, Agostino Riva, Daniela Francisci, Elisabetta Schiaroli, Carlo Pallotto, Saverio Giuseppe Parisi, Monica Basso, Sandro Panese, Stefano Baratti, Pier Giorgio Scotton, Francesca Andretta, Mario Giobbia, Renzo Scaggiante, Francesca Gatti, Francesco Castelli, Eugenia Quiros-Roldan, Melania Degli Antoni, Isabella Zanella, Matteo della Monica, Carmelo Piscopo, Mario Capasso, Roberta Russo, Immacolata Andolfo, Achille Iolascon, Giuseppe Fiorentino, Massimo Carella, Marco Castori, Giuseppe Merla, Gabriella Maria Squeo, Filippo Aucella, Pamela Raggi, Rita Perna, Matteo Bassetti, Antonio Di Biagio, Maurizio Sanguinetti, Luca Masucci, Alessandra Guarnaccia, Serafina Valente, Alex Di Florio, Marco Mandalà, Alessia Giorli, Lorenzo Salerni, Patrizia Zucchi, Pierpaolo Parravicini, Elisabetta Menatti, Tullio Trotta, Ferdinando Giannattasio, Gabriella Coiro, Fabio Lena, Gianluca Lacerenza, Cristina Mussini, Luisa Tavecchia, Lia Crotti, Gianfranco Parati, Roberto Menè, Maurizio Sanarico, Marco Gori, Francesco Raimondi, Alessandra Stella, Filippo Biscarini, Tiziana Bachetti, Maria Teresa La Rovere, Maurizio Bussotti, Serena Ludovisi, Katia Capitani, Simona Dei, Sabrina Ravaglia, Annarita Giliberti, Giulia Gori, Rosangela Artuso, Elena Andreucci, Angelica Pagliazzi, Erika Fiorentini, Antonio Perrella, Francesco Bianchi, Paola Bergomi, Emanuele Catena, Riccardo Colombo, Sauro Luchi, Giovanna Morelli, Paola Petrocelli, Sarah Iacopini, Sara Modica, Silvia Baroni, Giulia Micheli, Marco Falcone, Donato Urso, Giusy Tiseo, Tommaso Matucci, Davide Grassi, Claudio Ferri, Franco Marinangeli, Francesco Brancati, Antonella Vincenti, Valentina Borgo, Stefania Lombardi, Mirco Lenzi, Massimo Antonio Di Pietro, Francesca Vichi, Benedetta Romanin, Letizia Attala, Cecilia Costa, Andrea Gabbuti, Alessio Bellucci, Marta Colaneri, Patrizia Casprini, Cristoforo Pomara, Massimiliano Esposito, Roberto Leoncini, Michele Cirianni, Lucrezia Galasso, Marco Antonio Bellini, Chiara Gabbi, Nicola Picchiotti

Publikováno v: Frontiers in Genetics, Vol 15 (2024)

The impact of common and rare variants in COVID-19 host genetics has been widely studied. In particular, in Fallerini et al. (Human genetics, 2022, 141, 147–173), common and rare variants were used to define an interpretable machine learning model

Externí odkaz: https://doaj.org/article/2ccef210408b4a0bb20150b784f90208

Association of Toll-like receptor 7 variants with life-threatening COVID-19 disease in males: findings from a nested case-control study

Autor: Chiara Fallerini, Sergio Daga, Stefania Mantovani, Elisa Benetti, Nicola Picchiotti, Daniela Francisci, Francesco Paciosi, Elisabetta Schiaroli, Margherita Baldassarri, Francesca Fava, Maria Palmieri, Serena Ludovisi, Francesco Castelli, Eugenia Quiros-Roldan, Massimo Vaghi, Stefano Rusconi, Matteo Siano, Maria Bandini, Ottavia Spiga, Katia Capitani, Simone Furini, Francesca Mari, GEN-COVID Multicenter Study, Alessandra Renieri, Mario U Mondelli, Elisa Frullanti

Publikováno v: eLife, Vol 10 (2021)

Background: Recently, loss-of-function variants in TLR7 were identified in two families in which COVID-19 segregates like an X-linked recessive disorder environmentally conditioned by SARS-CoV-2. We investigated whether the two families represent the

Externí odkaz: https://doaj.org/article/aef3d8ed1dba4f11895dca58e52e7e30

Durability of Integrase STrand Inhibitor (InSTI)-based regimen in geriatric people living with HIV in the GEPPO cohort.

Autor: Emanuele Focà, Andrea Calcagno, Stefano Calza, Stefano Renzetti, Annacarla Chiesa, Matteo Siano, Giuseppe De Socio, Stefania Piconi, Giancarlo Orofino, Giordano Madeddu, Anna Maria Cattelan, Silvia Nozza, Micol Ferrara, Jovana Milic, Benedetto Maurizio Celesia, Francesco Castelli, Giovanni Guaraldi

Publikováno v: PLoS ONE, Vol 16, Iss 10, p e0258533 (2021)

ObjectiveTo investigate the durability of the first integrase inhibitor-based regimen in a HIV geriatric multicentric prospective cohort and to explore the reasons of regimen discontinuation.DesignThis is an analysis conducted on the Geriatric Patien

Externí odkaz: https://doaj.org/article/cf2c013763544ceeaba0c66b5fab75cb

Ultra-rare RTEL1 gene variants associate with acute severity of COVID-19 and evolution to pulmonary fibrosis as a specific long COVID disorder

Autor: Bergantini, Laura, Baldassarri, Margherita, D'Alessandro, Miriana, Brunelli, Giulia, Fabbri, Gaia, Zguro, Kristina, Degl'Innocenti, Andrea, Fallerini, Chiara, Bargagli, Elena, Renieri, Alessandra GEN-COVID Multicenter study: Francesca Mari, Sergio, Daga, Ilaria, Meloni, Mirella, Bruttini, Susanna, Croci, Mirjam, Lista, Debora, Maffeo, Elena, Pasquinelli, Viola Bianca Serio, Enrica, Antolini, Simona Letizia Basso, Samantha, Minetto, Rossella, Tita, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Francesca, Ariani, Francesca, Montagnani, Mario, Tumbarello, Ilaria, Rancan, Massimiliano, Fabbiani, Paolo, Cameli, David, Bennett, Federico, Anedda, Simona, Marcantonio, Sabino, Scolletta, Federico, Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Susanna, Guerrini, Edoardo, Conticini, Luca, Cantarini, Bruno, Frediani, Danilo, Tacconi, Chiara Spertilli Raffaelli, Arianna, Emiliozzi, Marco, Feri, Alice, Donati, Raffaele, Scala, Luca, Guidelli, Genni, Spargi, Marta, Corridi, Cesira, Nencioni, Leonardo, Croci, Gian Piero Caldarelli, Davide, Romani, Paolo, Piacentini, Maria, Bandini, Elena, Desanctis, Silvia, Cappelli, Anna, Canaccini, Agnese, Verzuri, Valentina, Anemoli, Manola, Pisani, Agostino, Ognibene, Maria, Lorubbio, Alessandro, Pancrazzi, Massimo, Vaghi, Antonella, D 'Arminio Monforte, Federica Gaia Miraglia, Mario, U Mondelli, Stefania, Mantovani, Raffaele, Bruno, Marco, Vecchia, Marcello, Maffezzoni, Enrico, Martinelli, Massimo, Girardis, Stefano, Busani, Sophie, Venturelli, Andrea, Cossarizza, Andrea, Antinori, Alessandra, Vergori, Stefano, Rusconi, Matteo, Siano, Arianna, Gabrieli, Agostino, Riva, Daniela, Francisci, Elisabetta, Schiaroli, Carlo, Pallotto, Saverio Giuseppe Parisi, Monica, Basso, Sandro, Panese, Stefano, Baratti, Pier Giorgio Scotton, Francesca, Andretta, Mario, Giobbia, Renzo, Scaggiante, Francesca, Gatti, Francesco, Castelli, Eugenia, Quiros-Roldan, Melania Degli Antoni, Isabella, Zanella, Matteo Della Monica, Carmelo, Piscopo, Mario, Capasso, Roberta, Russo, Immacolata, Andolfo, Achille, Iolascon, Giuseppe, Fiorentino, Massimo, Carella, Marco, Castori, Giuseppe, Merla, Gabriella Maria Squeo, Filippo, Aucella, Pamela, Raggi, Rita, Perna, Matteo, Bassetti, Antonio Di Biagio, Maurizio, Sanguinetti, Luca, Masucci, Alessandra, Guarnaccia, Serafina, Valente, Alex Di Florio, Marco, Mandalà, Alessia, Giorli, Lorenzo, Salerni, Patrizia, Zucchi, Pierpaolo, Parravicini, Elisabetta, Menatti, Tullio, Trotta, Ferdinando, Giannattasio, Gabriella, Coiro, Fabio, Lena, Gianluca, Lacerenza, Cristina, Mussini, Luisa, Tavecchia, Lia, Crotti, Gianfranco, Parati, Roberto, Menè, Maurizio, Sanarico, Marco, Gori, Francesco, Raimondi, Alessandra, Stella, Filippo, Biscarini, Tiziana, Bachetti, Maria Teresa La Rovere, Maurizio, Bussotti, Serena, Ludovisi, Katia, Capitani, Simona, Dei, Sabrina, Ravaglia, Annarita, Giliberti, Giulia, Gori, Rosangela, Artuso, Elena, Andreucci, Angelica, Pagliazzi, Erika, Fiorentini, Antonio, Perrella, Francesco, Bianchi, Paola, Bergomi, Emanuele, Catena, Riccardo, Colombo, Sauro, Luchi, Giovanna, Morelli, Paola, Petrocelli, Sarah, Iacopini, Sara, Modica, Silvia, Baroni, Micheli, Giulia, Marco, Falcone, Donato, Urso, Giusy, Tiseo, Tommaso, Matucci, Grassi, Davide, Ferri, Claudio, Marinangeli, Franco, Brancati, Francesco, Antonella, Vincenti, Valentina, Borgo, Lombardi, Stefania, Mirco, Lenzi, Massimo Antonio Di Pietro, Francesca, Vichi, Benedetta, Romanin, Letizia, Attala, Cecilia, Costa, Andrea, Gabbuti, Alessio, Bellucci, Marta, Colaneri, Patrizia, Casprini, Cristoforo, Pomara, Massimiliano, Esposito, Roberto, Leoncini, Michele, Cirianni, Lucrezia, Galasso, Marco Antonio Bellini, Chiara, Gabbi, Nicola, Picchiotti, Simone, Furini

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=od______3983::5dd228768234ef7387ffc805c36114d8
https://hdl.handle.net/11697/208479

An explainable model of host genetic interactions linked to COVID-19 severity

Autor: Onoja, Anthony, Picchiotti, Nicola, Fallerini, Chiara, Baldassarri, Margherita, Fava, Francesca, Colombo, Francesca, Chiaromonte, Francesca, Renieri, Alessandra, Furini, Simone, Raimondi, Francesco GEN-COVID Multicenter Study: Francesca Mari, Sergio, Daga, Elisa, Benetti, Mirella, Bruttini, Maria, Palmieri, Susanna, Croci, Sara, Amitrano, Ilaria, Meloni, Elisa, Frullanti, Gabriella, Doddato, Mirjam, Lista, Giada, Beligni, Floriana, Valentino, Kristina, Zguro, Rossella, Tita, Annarita, Giliberti, Maria Antonietta Mencarelli, Caterina Lo Rizzo, Anna Maria Pinto, Francesca, Ariani, Laura Di Sarno, Francesca, Montagnani, Mario, Tumbarello, Ilaria, Rancan, Massimiliano, Fabbiani, Barbara, Rossetti, Laura, Bergantini, Miriana, D'Alessandro, Paolo, Cameli, David, Bennett, Federico, Anedda, Simona, Marcantonio, Sabino, Scolletta, Federico, Franchi, Maria Antonietta Mazzei, Susanna, Guerrini, Edoardo, Conticini, Luca, Cantarini, Bruno, Frediani, Danilo, Tacconi, Chiara Spertilli Raffaelli, Marco, Feri, Alice, Donati, Raffaele, Scala, Luca, Guidelli, Genni, Spargi, Marta, Corridi, Cesira, Nencioni, Leonardo, Croci, Gian Piero Caldarelli, Davide, Romani, Paolo, Piacentini, Maria, Bandini, Elena, Desanctis, Silvia, Cappelli, Anna, Canaccini, Agnese, Verzuri, Valentina, Anemoli, Manola, Pisani, Agostino, Ognibene, Alessandro, Pancrazzi, Maria, Lorubbio, Massimo, Vaghi, Antonella D'Arminio Monforte, Federica Gaia Miraglia, Raffaele, Bruno, Marco, Vecchia, Massimo, Girardis, Sophie, Venturelli, Stefano, Busani, Andrea, Cossarizza, Andrea, Antinori, Alessandra, Vergori, Arianna, Emiliozzi, Stefano, Rusconi, Matteo, Siano, Arianna, Gabrieli, Agostino, Riva, Daniela, Francisci, Elisabetta, Schiaroli, Francesco, Paciosi, Andrea, Tommasi, Umberto, Zuccon, Lucia, Vietri, Pier Giorgio Scotton, Francesca, Andretta, Sandro, Panese, Stefano, Baratti, Renzo, Scaggiante, Francesca, Gatti, Saverio Giuseppe Parisi, Francesco, Castelli, Eugenia, Quiros-Roldan, Melania Degli Antoni, Isabella, Zanella, Matteo Della Monica, Carmelo, Piscopo, Mario, Capasso, Roberta, Russo, Immacolata, Andolfo, Achille, Iolascon, Giuseppe, Fiorentino, Massimo, Carella, Marco, Castori, Filippo, Aucella, Pamela, Raggi, Rita, Perna, Matteo, Bassetti, Antonio Di Biagio, Maurizio, Sanguinetti, Luca, Masucci, Alessandra, Guarnaccia, Serafina, Valente, Oreste De Vivo, Elena, Bargagli, Marco, Mandalà, Alessia, Giorli, Lorenzo, Salerni, Patrizia, Zucchi, Pierpaolo, Parravicini, Elisabetta, Menatti, Tullio, Trotta, Ferdinando, Giannattasio, Gabriella, Coiro, Fabio, Lena, Gianluca, Lacerenza, Domenico, A Coviello, Cristina, Mussini, Enrico, Martinelli, Luisa, Tavecchia, Mary Ann Belli, Lia, Crotti, Gianfranco, Parati, Maurizio, Sanarico, Filippo, Biscarini, Alessandra, Stella, Marco, Rizzi, Franco, Maggiolo, Diego, Ripamonti, Claudia, Suardi, Tiziana, Bachetti, Maria Teresa La Rovere, Simona, Sarzi-Braga, Maurizio, Bussotti, Katia, Capitani, Simona, Dei, Sabrina, Ravaglia, Rosangela, Artuso, Elena, Andreucci, Giulia, Gori, Angelica, Pagliazzi, Erika, Fiorentini, Antonio, Perrella, Francesco, Bianchi, Paola, Bergomi, Emanuele, Catena, Riccardo, Colombo, Sauro, Luchi, Giovanna, Morelli, Paola, Petrocelli, Sarah, Iacopini, Sara, Modica, Silvia, Baroni, Francesco Vladimiro Segala, Francesco, Menichetti, Marco, Falcone, Giusy, Tiseo, Chiara, Barbieri, Tommaso, Matucci, Grassi, Davide, Ferri, Claudio, Marinangeli, Franco, Brancati, Francesco, Antonella, Vincenti, Valentina, Borgo, Lombardi, Stefania, Mirco, Lenzi, Massimo Antonio Di Pietro, Francesca, Vichi, Benedetta, Romanin, Letizia, Attala, Cecilia, Costa, Andrea, Gabbuti, Roberto, Menè, Marta, Colaneri, Patrizia, Casprini, Giuseppe, Merla, Gabriella Maria Squeo, Marcello, Maffezzoni, Stefania, Mantovani, Mario, U Mondelli, Serena, Ludovisi

We employed a multifaceted computational strategy to identify the genetic factors contributing to increased risk of severe COVID-19 infection from a Whole Exome Sequencing (WES) dataset of a cohort of 2000 Italian patients. We coupled a stratified k-

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::2785dbda78c5541d1fb377b9bd0c8a4e
https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-1062190/v2