Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020

Autor: Alm E., Broberg E.K., Connor T., Hodcroft E.B., Komissarov A.B., Maurer-Stroh S., Melidou A., Neher R.A., O'Toole A., Pereyaslov D., Beerenwinkel N., Posada-Cespedes S., Jablonski K.P., Ferreira P.F., Topolsky I., Avsic-Zupanc T., Korva M., Poljak M., Zakotnik S., Zorec T.M., Bragstad K., Hungnes O., Stene-Johansen K., Reusken C., Meijer A., Vennema H., Ruiz-Roldan L., Bracho M.A., Garcia-Gonzalez N., Chiner-Oms A., Cancino-Munoz I., Comas I., Goig G.A., Torres-Puente M., Lopez M.G., Martinez-Priego L., D'Auria G., Ruiz-Hueso P., Ferrus-Abad L., de Marco G., Galan-Vendrell I., Carbo-Ramirez S., Ruiz-Rodriguez P., Coscolla M., Polackova K., Kramna L., Cinek O., Richter J., Krashias G., Tryfonos C., Bashiardes S., Koptides D., Christodoulou C., Bartolini B., Gruber C.E., Di Caro A., Castilletti C., Stefani F., Rimoldi S.G., Romeri F., Salerno F., Polesello S., Nagy A., Jirincova H., Vecerova J., Novakova L., Cordey S., Murtskhvaladze M., Kotaria N., Schar T., Beisel C., Vugrek O., Rokic F., Trgovec-Greif L., Jurak I., Rukavina T., Sucic N., Schonning K., Karst S.M., Kirkegaard R.H., Michaelsen T.Y., Sorensen E.A., Knutson S., Brandt J., Le-Quy V., Sorensen T., Petersen C., Pedersen M.S., Larsen S.L., Skov M.N., Rasmussen M., Fonager J., Fomsgaard A., Maksyutov R.A., Gavrilova E.V., Pyankov O.V., Bodnev S.A., Tregubchak T.V., Shvalov A.N., Antonets D.V., Resende P.C., Goya S., Perrin A., Lee R.T., Yadahalli S., Han A.X., Russell C.A., Schmutz S., Zaheri M., Kufner V., Huber M., Trkola A., Antwerpen M., Walter M.C., van der Werf S., Gambaro F., Behillil S., Enouf V., Donati F., Ustinova M., Rovite V., Klovins J., Savicka O., Wienecke-Baldacchino A.K., Ragimbeau C., Fournier G., Mossong J., Aberle S.W., Haukland M., Enkirch T., Advani A., Karlberg M.L., Lindsjo O.K., Broddesson S., Slavikova M., Lickova M., Klempa B., Staronova E., Ticha E., Szemes T., Rusnakova D., Stadler T., Quer J., Anton A., Andres C., Pinana M., Garcia-Cehic D., Pumarola T., Izopet J., Gioula G., Exindari M., Papa A., Chatzidimitriou D., Metallidis S., Pappa S., Macek M., Geryk J., Broz P., Briksi A., Hubacek P., Drevinek P., Zajac M., Kvapil P., Holub M., Kvapilova K., Novotny A., Kasny M., Klempt P., Vapalahti O., Smura T., Sironen T., Selhorst P., Anthony C., Arien K., Simon-Loriere E., Rabalski L., Bienkowska-Szewczyk K., Borges V., Isidro J., Gomes J.P., Guiomar R., Pechirra P., Costa I., Duarte S., Vieira L., Pyrc K., Zuckerman N.S., Turdikulova S., Abdullaev A., Dalimova D., Abdurakhimov A., Tagliabracci A., Alessandrini F., Melchionda F., Onofri V., Turchi C., Bagnarelli P., Menzo S., Caucci S., Di Sante L., Popa A., Genger J.-W., Agerer B., Lercher A., Endler L., Smyth M., Penz T., Schuster M., Senekowitsch M., Laine J., Bock C., Bergthaler A., Shevtsov A., Kalendar R., Ramanculov Y., Graf A., Muenchhoff M., Keppler O.T., Krebs S., Blum H., Marcello A., Licastro D., D'Agaro P., Laubscher F., Vidanovic D., Tesovic B., Volkening J., Clementi N., Mancini N., Rupnik M., Mahnic A., Walker A., Houwaart T., Wienemann T., Vasconcelos M.K., Strelow D., Jensen B.-E.O., Senff T., Hulse L., Adams O., Andree M., Hauka S., Feldt T., Keitel V., Kindgen-Milles D., Timm J., Pfeffer K., Dilthey A.T., Moore C., Ozdarendeli A., Pavel S.T.I., Yetiskin H., Aydin G., Holyavkin C., Uygut M.A., Cevik C., Shchetinin A., Gushchin V., Dinler-Doganay G., Doganay L., Kizilboga-Akgun T., Karacan I., Pancer K., Maes P., Marti-Carreras J., Wawina-Bokalanga T., Vanmechelen B., Thurmer A., Wedde M., Durrwald R., von Kleist M., Drechsel O., Wolff T., Fuchs S., Kmiecinski R., Michel J., Nitsche A., Casas I., Caballero M.I., Zaballos A., Jimenez P., Jimenez M., Fernandez S.M., Fernandez S.V., de la Plaza I.C., Fadeev A., Ivanova A., Sergeeva M., Stefanelli P., Estee Torok M., Hall G., da Silva Filipe A., Turtle L., Afifi S., McCluggage K., Beer R., Ledesma J., Maksimovic J., Spellman K., Hamilton W.L., Marchbank A., Southgate J.A., Underwood A., Taylor B., Yeats C., Abudahab K., Gemmell M.R., Eccles R., Lucaci A., Nelson C.A., Rainbow L., Whitehead M., Gregory R., Haldenby S., Paterson S., Hughes M.A., Curran M.D., Baker D., Tucker R., Green L.R., Feltwell T., Halstead F.D., Wyles M., Jahun A.S., Ahmad S.S.Y., Georgana I., Goodfellow I., Yakovleva A., Meredith L.W., Gavriil A., Awan A.R., Fisher C., Edgeworth J., Lynch J., Moore N., Williams R., Kidd S.P., Cortes N., Brunker K., McCrone J.T., Quick J., Duckworth N., Walsh S., Sloan T., Ludden C., George R.P., Eltringham G., Brown J.R., Aranday-Cortes E., Shepherd J.G., Hughes J., Li K.K., Williams T.C., Johnson N., Jesudason N., Mair D., Thomson E., Shah R., Parr Y.A., Carmichael S., Robertson D.L., Nomikou K., Broos A., Niebel M., Smollett K., Tong L., Miah S., Wittner A., Phillips N., Payne B., Dewar R., Holmes A., Bolt F., Price J.R., Mookerjee S., Sethi D.K., Potter W., Stanley R., Prakash R., Dervisevic S., Graham J.C., Nelson A., Smith D., Young G.R., Yew W.C., Todd J.A., Trebes A., Andersson M., Bull M., Watkins J., Birchley A., Gatica-Wilcox B., Gilbert L., Kumziene-Summerhayes S., Rey S., Chauhan A., Butcher E., Bicknell K., Elliott S., Glaysher S., Lackenby A., Bibby D., Platt S., Mohamed H., Machin N.W., Mbisa J.L., Evans J., Perry M., Pacchiarini N., Corden S., Adams A.G., Gaskin A., Coombs J., Graham L.J., Cottrell S., Morgan M., Gifford L., Kolyva A., Rudder S.J., Trotter A.J., Mather A.E., Aydin A., Page A.J., Kay G.L., de Oliveira Martins L., Yasir M., Alikhan N.-F., Thomson N.M., Gilroy R., Kingsley R.A., O'Grady J., Gutierrez A.V., Diaz M., Viet T.L., Tedim A.P., Adriaenssens E.M., Patrick Mcclure C., Sang F., Clark G., Howson-Wells H.C., Debebe J., Ball J., Chappell J., Khakh M., Carlile M., Loose M., Lister M.M., Holmes N., Tsoleridis T., Fleming V.M., Wright V., Smith W., Gallagher M.D., Parker M., Partridge D.G., Evans C., Baker P., Essex S., Liggett S., Keeley A.J., Bashton M., Rooke S., Dervisavic S., Meader E.J., Lopez C.E.B., Angyal A., Kristiansen M., Tutill H.J., Findlay J., Mestek-Boukhibar L., Forrest L., Dyal P., Williams R.J., Panchbhaya Y., Williams C.A., Roy S., Pandey S., Stockton J., Loman N.J., Poplawski R., Nicholls S., Rowe W.P.M., Khokhar F., Pinckert M.L., Hosmillo M., Chaudhry Y., Caller L.G., Davidson R.K., Griffith L., Rambaut A., Jackson B., Colquhoun R., Hill V., Nichols J., Asamaphan P., Darby A., Jackson K.A., Iturriza-Gomara M., Vamos E.E., Green A., Aanensen D., Bonsall D., Buck D., Macintyre-Cockett G., de Cesare M., Pybus O., Golubchik T., Scarlett G., Loveson K.F., Robson S.C., Beckett A., Lindsey B., Groves D.C., Parsons P.J., McHugh M.P., Barnes J.D., Manso C.F., Grammatopoulos D., Menger K.E., Harrison E., Gunson R., Peacock S.J., Gonzalez G., Carr M., Mihaela L., Popovici O., Brytting M., Bresner C., Fuller W., Workman T., Mentis A.F., Kossyvakis A., Karamitros T., Pogka V., Kalliaropoulos A., Horefti E., Kontou A., Martinez-Gonzalez B., Labropoulou V., Voulgari-Kokota A., Evangelidou M., Bizta P., Belimezi M., Lambrechts L., Doymaz M.Z., Yazici M.K., Cetin N.S., Karaaslan E., Kallio-Kokko H., Virtanen J., Suvanto M., Nguyen P.T., Ellonen P., Hannula S., Kangas H., Sreenu V.B., Burian K., Terhes G., Gombos K., Gyenesei A., Urban P., Herczeg R., Jakab F., Kemenesi G., Toth G.E., Somogyi B., Zana B., Zeghbib S., Kuczmog A., Foldes F., Lanszki Z., Madai M., Papp H., Pereszlenyi C.I., Babinszky G.C., Dudas G., Csoma E., Abou Tayoun A.N., Alsheikh-Ali A.A., Loney T., Nowotny N., Abdul-Wahab O., Gonzalez-Candelas F., Andersen M.H., Taylor S.

Publikováno v: Alm, Erik Broberg, Eeva K. Connor, Thomas Hodcroft, Emma Komissarov, Andrey B. Maurer-Stroh, Sebastian Melidou, Angeliki Neher, Richard O'Toole, Áine Pereyaslov, Dmitriy Beerenwinkel, Niko Posada-Céspedes, Susana Philipp. Kim Jablonski Falé Ferreira, Pedro Topolsky, Iván Nowotny, Norbert Abdul-Wahab, Osama González Candelas, Fernando Andersen, Martín H Taylor, Sarah 2020 Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 Eurosurveillance 25 32 1 8
RODERIC. Repositorio Institucional de la Universitat de Valéncia
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Euro surveillance, 25(32):2001410. Centre Europeen pour la Surveillance Epidemiologique du SIDA
Eurosurveillance
Eurosurveillance : European communicable disease bulletin
Alm, E, Broberg, E K, Connor, T, Hodcroft, E B, Komissarov, A B, Maurer-Stroh, S, Melidou, A, Neher, R A, O’Toole, Á, Pereyaslov, D & The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group 2020, ' Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 ', Eurosurveillance, vol. 25, no. 32, 2001410 . https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410
RODERIC: Repositorio Institucional de la Universitat de Valéncia
Eurosurveillance, 25 (32)
Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin
Eurosurveillance, 2020, 25 (32), pp.2001410. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410⟩
Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2020, 25 (32), pp.2001410. ⟨10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410⟩
Euro surveillance 25 (2020): 2001410. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410
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Vugrek O.; Rokic F.; Trgovec-Greif L.; Jurak I.; Rukavina T.; Sucic N.; Schonning K.; Karst S.M.; Kirkegaard R.H.; Michaelsen T.Y.; Sorensen E.A.; Knutson S.; Brandt J.; Le-Quy V.; Sorensen T.; Petersen C.; Pedersen M.S.; Larsen S.L.; Skov M.N.; Rasmussen M.; Fonager J.; Fomsgaard A.; Maksyutov R.A.; Gavrilova E.V.; Pyankov O.V.; Bodnev S.A.; Tregubchak T.V.; Shvalov A.N.; Antonets D.V.; Resende P.C.; Goya S.; Perrin A.; Lee R.T.; Yadahalli S.; Han A.X.; Russell C.A.; Schmutz S.; Zaheri M.; Kufner V.; Huber M.; Trkola A.; Antwerpen M.; Walter M.C.; van der Werf S.; Gambaro F.; Behillil S.; Enouf V.; Donati F.; Ustinova M.; Rovite V.; Klovins J.; Savicka O.; Wienecke-Baldacchino A.K.; Ragimbeau C.; Fournier G.; Mossong J.; Aberle S.W.; Haukland M.; Enkirch T.; Advani A.; Karlberg M.L.; Lindsjo O.K.; Broddesson S.; Slavikova M.; Lickova M.; Klempa B.; Staronova E.; Ticha E.; Szemes T.; Rusnakova D.; Stadler T.; Quer J.; Anton A.; Andres C.; Pinana M.; Garcia-Cehic D.; Pumarola T.; Izopet J.; Gioula G.; Exindari M.; Papa A.; Chatzidimitriou D.; Metallidis S.; Pappa S.; Macek M.; Geryk J.; Broz P.; Briksi A.; Hubacek P.; Drevinek P.; Zajac M.; Kvapil P.; Holub M.; Kvapilova K.; Novotny A.; Kasny M.; Klempt P.; Vapalahti O.; Smura T.; Sironen T.; Selhorst P.; Anthony C.; Arien K.; Simon-Loriere E.; Rabalski L.; Bienkowska-Szewczyk K.; Borges V.; Isidro J.; Gomes J.P.; Guiomar R.; Pechirra P.; Costa I.; Duarte S.; Vieira L.; Pyrc K.; Zuckerman N.S.; Turdikulova S.; Abdullaev A.; Dalimova D.; Abdurakhimov A.; Tagliabracci A.; Alessandrini F.; Melchionda F.; Onofri V.; Turchi C.; Bagnarelli P.; Menzo S.; Caucci S.; Di Sante L.; Popa A.; Genger J.-W.; Agerer B.; Lercher A.; Endler L.; Smyth M.; Penz T.; Schuster M.; Senekowitsch M.; Laine J.; Bock C.; Bergthaler A.; Shevtsov A.; Kalendar R.; Ramanculov Y.; Graf A.; Muenchhoff M.; Keppler O.T.; Krebs S.; Blum H.; Marcello A.; Licastro D.; D'Agaro P.; Laubscher F.; Vidanovic D.; Tesovic B.; Volkening J.; Clementi N.; Mancini N.; Rupnik M.; Mahnic A.; Walker A.; Houwaart T.; Wienemann T.; Vasconcelos M.K.; Strelow D.; Jensen B.-E.O.; Senff T.; Hulse L.; Adams O.; Andree M.; Hauka S.; Feldt T.; Keitel V.; Kindgen-Milles D.; Timm J.; Pfeffer K.; Dilthey A.T.; Moore C.; Ozdarendeli A.; Pavel S.T.I.; Yetiskin H.; Aydin G.; Holyavkin C.; Uygut M.A.; Cevik C.; Shchetinin A.; Gushchin V.; Dinler-Doganay G.; Doganay L.; Kizilboga-Akgun T.; Karacan I.; Pancer K.; Maes P.; Marti-Carreras J.; Wawina-Bokalanga T.; Vanmechelen B.; Thurmer A.; Wedde M.; Durrwald R.; von Kleist M.; Drechsel O.; Wolff T.; Fuchs S.; Kmiecinski R.; Michel J.; Nitsche A.; Casas I.; Caballero M.I.; Zaballos A.; Jimenez P.; Jimenez M.; Fernandez S.M.; Fernandez S.V.; de la Plaza I.C.; Fadeev A.; Ivanova A.; Sergeeva M.; Stefanelli P.; Estee Torok M.; Hall G.; da Silva Filipe A.; Turtle L.; Afifi S.; McCluggage K.; Beer R.; Ledesma J.; Maksimovic J.; Spellman K.; Hamilton W.L.; Marchbank A.; Southgate J.A.; Underwood A.; Taylor B.; Yeats C.; Abudahab K.; Gemmell M.R.; Eccles R.; Lucaci A.; Nelson C.A.; Rainbow L.; Whitehead M.; Gregory R.; Haldenby S.; Paterson S.; Hughes M.A.; Curran M.D.; Baker D.; Tucker R.; Green L.R.; Feltwell T.; Halstead F.D.; Wyles M.; Jahun A.S.; Ahmad S.S.Y.; Georgana I.; Goodfellow I.; Yakovleva A.; Meredith L.W.; Gavriil A.; Awan A.R.; Fisher C.; Edgeworth J.; Lynch J.; Moore N.; Williams R.; Kidd S.P.; Cortes N.; Brunker K.; McCrone J.T.; Quick J.; Duckworth N.; Walsh S.; Sloan T.; Ludden C.; George R.P.; Eltringham G.; Brown J.R.; Aranday-Cortes E.; Shepherd J.G.; Hughes J.; Li K.K.; Williams T.C.; Johnson N.; Jesudason N.; Mair D.; Thomson E.; Shah R.; Parr Y.A.; Carmichael S.; Robertson D.L.; Nomikou K.; Broos A.; Niebel M.; Smollett K.; Tong L.; Miah S.; Wittner A.; Phillips N.; Payne B.; Dewar R.; Holmes A.; Bolt F.; Price J.R.; Mookerjee S.; Sethi D.K.; Potter W.; Stanley R.; Prakash R.; Dervisevic S.; Graham J.C.; Nelson A.; Smith D.; Young G.R.; Yew W.C.; Todd J.A.; Trebes A.; Andersson M.; Bull M.; Watkins J.; Birchley A.; Gatica-Wilcox B.; Gilbert L.; Kumziene-Summerhayes S.; Rey S.; Chauhan A.; Butcher E.; Bicknell K.; Elliott S.; Glaysher S.; Lackenby A.; Bibby D.; Platt S.; Mohamed H.; Machin N.W.; Mbisa J.L.; Evans J.; Perry M.; Pacchiarini N.; Corden S.; Adams A.G.; Gaskin A.; Coombs J.; Graham L.J.; Cottrell S.; Morgan M.; Gifford L.; Kolyva A.; Rudder S.J.; Trotter A.J.; Mather A.E.; Aydin A.; Page A.J.; Kay G.L.; de Oliveira Martins L.; Yasir M.; Alikhan N.-F.; Thomson N.M.; Gilroy R.; Kingsley R.A.; O'Grady J.; Gutierrez A.V.; Diaz M.; Viet T.L.; Tedim A.P.; Adriaenssens E.M.; Patrick Mcclure C.; Moore C.; Sang F.; Clark G.; Howson-Wells H.C.; Debebe J.; Ball J.; Chappell J.; Khakh M.; Carlile M.; Loose M.; Lister M.M.; Holmes N.; Tsoleridis T.; Fleming V.M.; Wright V.; Smith W.; Gallagher M.D.; Parker M.; Partridge D.G.; Evans C.; Baker P.; Essex S.; Liggett S.; Keeley A.J.; Bashton M.; Rooke S.; Dervisavic S.; Meader E.J.; Lopez C.E.B.; Angyal A.; Kristiansen M.; Tutill H.J.; Findlay J.; Mestek-Boukhibar L.; Forrest L.; Dyal P.; Williams R.J.; Panchbhaya Y.; Williams C.A.; Roy S.; Pandey S.; Stockton J.; Loman N.J.; Poplawski R.; Nicholls S.; Rowe W.P.M.; Khokhar F.; Pinckert M.L.; Hosmillo M.; Chaudhry Y.; Caller L.G.; Davidson R.K.; Griffith L.; Rambaut A.; Jackson B.; Colquhoun R.; Hill V.; Nichols J.; Asamaphan P.; Darby A.; Jackson K.A.; Iturriza-Gomara M.; Vamos E.E.; Green A.; Aanensen D.; Bonsall D.; Buck D.; Macintyre-Cockett G.; de Cesare M.; Pybus O.; Golubchik T.; Scarlett G.; Loveson K.F.; Robson S.C.; Beckett A.; Lindsey B.; Groves D.C.; Parsons P.J.; McHugh M.P.; Barnes J.D.; Manso C.F.; Grammatopoulos D.; Menger K.E.; Harrison E.; Gunson R.; Peacock S.J.; Gonzalez G.; Carr M.; Mihaela L.; Popovici O.; Brytting M.; Bresner C.; Fuller W.; Workman T.; Mentis A.F.; Kossyvakis A.; Karamitros T.; Pogka V.; Kalliaropoulos A.; Horefti E.; Kontou A.; Martinez-Gonzalez B.; Labropoulou V.; Voulgari-Kokota A.; Evangelidou M.; Bizta P.; Belimezi M.; Lambrechts L.; Doymaz M.Z.; Yazici M.K.; Cetin N.S.; Karaaslan E.; Kallio-Kokko H.; Virtanen J.; Suvanto M.; Nguyen P.T.; Ellonen P.; Hannula S.; Kangas H.; Sreenu V.B.; Burian K.; Terhes G.; Gombos K.; Gyenesei A.; Urban P.; Herczeg R.; Jakab F.; Kemenesi G.; Toth G.E.; Somogyi B.; Zana B.; Zeghbib S.; Kuczmog A.; Foldes F.; Lanszki Z.; Madai M.; Papp H.; Nagy A.; Pereszlenyi C.I.; Babinszky G.C.; Dudas G.; Csoma E.; Abou Tayoun A.N.; Alsheikh-Ali A.A.; Loney T.; Nowotny N.; Abdul-Wahab O.; Gonzalez-Candelas F.; Andersen M.H.; Taylor S./titolo:Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020/doi:10.2807%2F1560-7917.ES.2020.25.32.2001410/rivista:Euro surveillance/anno:2020/pagina_da:2001410/pagina_a:/intervallo_pagine:2001410/volume:25
The WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group, Robson, S, Scarlett, G, Loveson, K & Beckett, A H 2020, ' Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020 ', Eurosurveillance, vol. 25, no. 32 . https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410

8 páginas, 3 figuras
We show the distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three genomic nomencl

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