The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update

Autor: Abueg, L.A.L., Afgan, E., Allart, O., Awan, A.H., Bacon, W.A., Baker, D., Bassetti, M., Batut, B., Bernt, M., Blankenberg, D., Bombarely, A., Bretaudeau, A., Bromhead, C.J., Burke, M.L., Capon, P.K., Čech, M., Chavero-Díez, M., Chilton, J.M., Collins, T.J., Coppens, F., Coraor, N., Cuccuru, G., Cumbo, F., Davis, J., De Geest, P.F., de Koning, W., Demko, M., DeSanto, A., Domínguez Begines, J.M., Doyle, M.A., Droesbeke, B., Erxleben-Eggenhofer, A., Föll, M.C., Formenti, G., Fouilloux, A., Gangazhe, R., Genthon, T., Goecks, J., Gonzalez Beltran, A.N., Goonasekera, N.A., Goué, N., Griffin, T.J., Grüning, B.A., Guerler, A., Gundersen, S., Gustafsson, O.J.R., Hall, C., Harrop, T.W., Hecht, H., Heidari, A., Heisner, T., Heyl, F., Hiltemann, S., Hotz, H.-R., Hyde, C.J., Jagtap, P.D., Jakiela, J., Johnson, J.E., Joshi, J., Jossé, M., Jum'ah, Khaled, Kalaš, M., Kamieniecka, Katarzyna, Kayikcioglu, T., Konkol, M., Kostrykin, L., Kucher, N., Kumar, A., Kuntz, M., Lariviere, D., Lazarus, R., Le Bras, Y., Le Corguillé, G., Lee, J., Leo, S., Liborio, L., Libouban, R., López Tabernero, D., Lopez-Delisle, L., Los, L.S., Mahmoud, A., Makunin, I., Marin, P., Mehta, S., Mok, W., Moreno, P.A., Morier-Genoud, F., Mosher, S., Müller, T., Nasr, E., Nekrutenko, A., Nelson, T.M., Oba, A.J., Ostrovsky, A., Polunina, P.V., Poterlowicz, Krzysztof, Price, E.J., Price, G.R., Rasche, H., Raubenolt, B., Royaux, C., Sargent, L., Savage, M.T., Savchenko, V., Savchenko, D., Schatz, M.C., Seguineau, P., Serrano-Solano, B., Soranzo, N., Srikakulam, S.K., Suderman, K., Syme, A.E., Tangaro, M.A., Tedds, J.A., Tekman, M., Thang, W.C.M., Thanki, A.S., Uhl, M., van den Beek, M., Varshney, D., Vessio, J., Videm, P., Von Kuster, G., Watson, G.R., Whitaker-Allen, N., Winter, U., Wolstencroft, M., Zambelli, F., Zierep, P., Zoabi, R.

Yes
Galaxy (https://galaxyproject.org) is deployed globally, predominantly through free-to-use services, supporting user-driven research that broadens in scope each year. Users are attracted to public Galaxy services by platform stability, tool

Externí odkaz: http://hdl.handle.net/10454/19930

From 3D to 5D tracking: SMX ASIC-based Double-Sided Micro-Strip detectors for comprehensive space, time, and energy measurements

Autor: Teklishyn, M., Rodríguez, A. Rodríguez, Agarwal, K., Bajdel, M., Sánchez, L. M. Collazo, Frankenfeld, U., Heuser, J. M., Lehnert, J., Mehta, S., Garcés, D. Rodríguez, Zaldívar, D. A. Ramírez, Schmidt, C. J., Schmidt, H. R., Toia, A.

We present the recent development of a lightweight detector capable of accurate spatial, timing, and amplitude resolution of charged particles. The technology is based on double-sided double-metal p+\,--\,n\,--\,n+ micro-strip silicon sensors, ultra-

Externí odkaz: http://arxiv.org/abs/2311.02140

Modeling Homophily in Dynamic Networks with Application to HIV Molecular Surveillance

Autor: DeGruttola, V., Nakazawa, M., Liu, J., Tu, X., Little, S., Mehta, S.

This paper describes a novel approach to modeling homphily, i.e. the tendency of nodes that share (or differ in) certain attributes to be linked; we consider dynamic networks in which nodes can be added over time but not removed. Our application is t

Externí odkaz: http://arxiv.org/abs/2201.04231

Predictors of anastomotic leak and conduit necrosis after oesophagectomy: Results from the oesophago-gastric anastomosis audit (OGAA)

Autor: Halle-Smith, J.M., Kamarajah, S.K., Evans, R.P.T., Nepogodiev, D., Hodson, J., Bundred, J.R., Gockel, I., Gossage, J.A., Isik, A., Kauppila, J.H., Kidane, B., Mahendran, H.A., Negoi, I., Okonta, K.E., Sayyed, R., van Hillegersberg, R., Vohra, R.S., Wijnhoven, B.P.L., Singh, P., Griffiths, E.A., Alderson, D., Bundred, J., Gossage, J., Jefferies, B., McKay, S., Mohamed, I., Siaw- Acheampong, K., Vohra, R., Wanigasooriya, K., Whitehouse, T., Gjata, A., Moreno, J.I., Takeda, F.R., Guevara Castro, R., Bekele, A., Harustiak, T., Kechagias, A., Bagajevas, A., Kennedy, A., Da Roit, A., Azagra, J.S., Mejía-Fernández, L., El Kafsi, J., Sayyed, R.H., Sousa, M., Sampaio, A.S., Blanco, R., Wallner, B., Schneider, P.M., Hsu, P.K., Gananadha, S., Wills, V., Devadas, M., Duong, C., Talbot, M., Hii, M.W., Jacobs, R., Andreollo, N.A., Johnston, B., Darling, G., Isaza-Restrepo, A., Rosero, G., Arias- Amézquita, F., Raptis, D., Gaedcke, J., Reim, D., Izbicki, J., Egberts, J.H., Dikinis, S., Kjaer, D.W., Larsen, M.H., Achiam, M.P., Saarnio, J., Theodorou, D., Liakakos, T., Korkolis, D.P., Robb, W.B., Collins, C., Murphy, T., Reynolds, J., Tonini, V., Migliore, M., Bonavina, L., Valmasoni, M., Bardini, R., Weindelmayer, J., Terashima, M., White, R.E., Alghunaim, E., Elhadi, M., Leon-Takahashi, A.M., Medina-Franco, H., Lau, P.C., Heisterkamp, J., Rosman, C., Beban, G., Babor, R., Gordon, A., Rossaak, J.I., Pal, K.M.I., Qureshi, A.U., Naqi, S.A., Syed, A.A., Barbosa, J., Vicente, C.S., Leite, J., Freire, J., Casaca, R., Costa, R.C.T., Scurtu, R.R., Mogoanta, S.S., Bolca, C., Constantinoiu, S., Sekhniaidze, D., Bjelović, M., So, J.B.Y., Gačevski, G., Loureiro, C., Pera, M., Bianchi, A., Moreno Gijón, M., Martín Fernández, J., Trugeda Carrera, M.S., Vallve-Bernal, M., Cítores Pascual, M.A., Elmahi, S., Halldestam, I., Hedberg, J., Mönig, S., Gutknecht, S., Tez, M., Guner, A., Tirnaksiz, M.B., Colak, E., Sevinç, B., Hindmarsh, A., Khan, I., Khoo, D., Byrom, R., Gokhale, J., Wilkerson, P., Jain, P., Chan, D., Robertson, K., Iftikhar, S., Skipworth, R., Forshaw, M., Higgs, S., Nijjar, R., Viswanath, Y.K.S., Turner, P., Dexter, S., Boddy, A., Allum, W.H., Oglesby, S., Cheong, E., Beardsmore, D., Maynard, N., Berrisford, R., Mercer, S., Puig, S., Melhado, R., Kelty, C., Underwood, T., Dawas, K., Lewis, W., Al-Bahrani, A., Bryce, G., Thomas, M., Arndt, A.T., Palazzo, F., Meguid, R.A., Fergusson, J., Beenen, E., Mosse, C., Salim, J., Cheah, S., Wright, T., Cerdeira, M.P., McQuillan, P., Richardson, M., Liem, H., Spillane, J., Yacob, M., Albadawi, F., Thorpe, T., Dingle, A., Cabalag, C., Loi, K., Fisher, O.M., Ward, S., Read, M., Johnson, M., Bassari, R., Bui, H., Cecconello, I., Sallum, R.A.A., da Rocha, J.R.M., Lopes, L.R., Tercioti, V., Coelho, J.D.S., Ferrer, J.A.P., Buduhan, G., Tan, L., Srinathan, S., Shea, P., Yeung, J., Allison, F., Carroll, P., Vargas-Barato, F., Gonzalez, F., Ortega, J., Nino-Torres, L., Beltrán-García, T.C., Castilla, L., Pineda, M., Bastidas, A., Gómez-Mayorga, J., Cortés, N., Cetares, C., Caceres, S., Duarte, S., Pazdro, A., Snajdauf, M., Faltova, H., Sevcikova, M., Mortensen, P.B., Katballe, N., Ingemann, T., Morten, B., Kruhlikava, I., Ainswort, A.P., Stilling, N.M., Eckardt, J., Holm, J., Thorsteinsson, M., Siemsen, M., Brandt, B., Nega, B., Teferra, E., Tizazu, A., Koivukangas, V., Meriläinen, S., Gruetzmann, R., Krautz, C., Weber, G., Golcher, H., Emons, G., Azizian, A., Ebeling, M., Niebisch, S., Kreuser, N., Albanese, G., Hesse, J., Volovnik, L., Boecher, U., Reeh, M., Triantafyllou, S., Schizas, D., Michalinos, A., Balli, E., Mpoura, M., Charalabopoulos, A., Manatakis, D.K., Balalis, D., Bolger, J., Baban, C., Mastrosimone, A., McAnena, O., Quinn, A., Ó Súilleabháin, C.B., Hennessy, M.M., Ivanovski, I., Khizer, H., Ravi, N., Donlon, N., Cervellera, M., Vaccari, S., Bianchini, S., Sartarelli, l, Asti, E., Bernardi, D., Merigliano, S., Provenzano, L., Scarpa, M., Saadeh, L., Salmaso, B., De Manzoni, G., Giacopuzzi, S., La Mendola, R., De Pasqual, C.A., Tsubosa, Y., Niihara, M., Irino, T., Makuuchi, R., Ishii, K., Mwachiro, M., Fekadu, A., Odera, A., Mwachiro, E., AlShehab, D., Ahmed, H.A., Shebani, A.O., Elhadi, A., Elnagar, F.A., Elnagar, H.F., Makkai-Popa, S.T., Wong, L.F., Yr, Tan, S, Thannimalai, Ca, Ho, Ws, Pang, Jh, Tan, Hnl, Basave, Cortés-González, R., Lagarde, S.M., van Lanschot, J.J.B., Cords, C., Jansen, W.A., Martijnse, I., Matthijsen, R., Bouwense, S., Klarenbeek, B., Verstegen, M., van Workum, F., Ruurda, J.P., van der Sluis, P.C., de Maat, M., Evenett, N., Johnston, P., Patel, R., MacCormick, A., Young, M., Smith, B., Ekwunife, C., Memon, A.H., Shaikh, K., Wajid, A., Khalil, N., Haris, M., Mirza, Z.U., Qudus, S.B.A., Sarwar, M.Z., Shehzadi, A., Raza, A., Jhanzaib, M.H., Farmanali, J., Zakir, Z., Shakeel, O., Nasir, I., Khattak, S., Baig, M., Noor, M.A., Ahmed, H.H., Naeem, A., Pinho, A.C., da Silva, R., Bernardes, A., Campos, J.C., Matos, H., Braga, T., Monteiro, C., Ramos, P., Cabral, F., Gomes, M.P., Martins, P.C., Correia, A.M., Videira, J.F., Ciuce, C., Drasovean, R., Apostu, R., Paitici, S., Racu, A.E., Obleaga, C.V., Beuran, M., Stoica, B., Ciubotaru, C., Negoita, V., Cordos, I., Birla, R.D., Predescu, D., Hoara, P.A., Tomsa, R., Shneider, V., Agasiev, M., Ganjara, I., Gunjić, D., Veselinović, M., Babič, T., Chin, T.S., Shabbir, A., Kim, G., Crnjac, A., Samo, H., Díez del Val, I., Leturio, S., Ramón, J.M., Dal Cero, M., Rifá, S., Rico, M., Pagan Pomar, A., Martinez Corcoles, J.A., Rodicio Miravalles, J.L., Pais, S.A., Turienzo, S.A., Alvarez, L.S., Campos, P.V., Rendo, A.G., García, S.S., Santos, E.P.G., Martínez, E.T., Fernández Díaz, M.J., Magadán Álvarez, C., Concepción Martín, V., Díaz López, C., Rosat Rodrigo, A., Pérez Sánchez, L.E., Bailón Cuadrado, M., Tinoco Carrasco, C., Choolani Bhojwani, E., Sánchez, D.P., Ahmed, M.E., Dzhendov, T., Lindberg, F., Rutegård, M., Sundbom, M., Mickael, C., Colucci, N., Schnider, A., Er, S., Kurnaz, E., Turkyilmaz, S., Turkyilmaz, A., Yildirim, R., Baki, B.E., Akkapulu, N., Karahan, O., Damburaci, N., Hardwick, R., Safranek, P., Sujendran, V., Bennett, J., Afzal, Z., Shrotri, M., Chan, B., Exarchou, K., Gilbert, T., Amalesh, T., Mukherjee, D., Mukherjee, S., Wiggins, T.H., Kennedy, R., McCain, S., Harris, A., Dobson, G., Davies, N., Wilson, I., Mayo, D., Bennett, D., Young, R., Manby, P., Blencowe, N., Schiller, M., Byrne, B., Mitton, D., Wong, V., Elshaer, A., Cowen, M., Menon, V., Tan, L.C., McLaughlin, E., Koshy, R., Sharp, C., Brewer, H., Das, N., Cox, M., Al Khyatt, W., Worku, D., Iqbal, R., Walls, L., McGregor, R., Fullarton, G., Macdonald, A., MacKay, C., Craig, C., Dwerryhouse, S., Hornby, S., Jaunoo, S., Wadley, M., Baker, C., Saad, M., Kelly, M., Davies, A., Di Maggio, F., Mistry, P., Singhal, R., Tucker, O., Kapoulas, S., Powell-Brett, S., Davis, P., Bromley, G., Watson, L., Verma, R., Ward, J., Shetty, V., Ball, C., Pursnani, K., Sarela, A., Sue Ling, H., Mehta, S., Hayden, J., To, N., Palser, T., Hunter, D., Supramaniam, K., Butt, Z., Ahmed, A., Kumar, S., Chaudry, A., Moussa, O., Kordzadeh, A., Lorenzi, B., Wilson, M., Patil, P., Noaman, I., Willem, J., Bouras, G., Evans, R., Singh, M., Warrilow, H., Ahmad, A., Tewari, N., Yanni, F., Couch, J., Theophilidou, E., Reilly, J.J., van Boxel, Gijs, Akbari, K., Zanotti, D., Sgromo, B., Sanders, G., Wheatley, T., Ariyarathenam, A., Reece-Smith, A., Humphreys, L., Choh, C., Carter, N., Knight, B., Pucher, P., Athanasiou, A., Tan, B., Abdulrahman, M., Vickers, J., Akhtar, K., Chaparala, R., Brown, R., Alasmar, M.M.A., Ackroyd, R., Patel, K., Tamhankar, A., Wyman, A., Walker, R., Grace, B., Abbassi, N., Slim, N., Ioannidi, L., Blackshaw, G., Havard, T., Escofet, X., Powell, A., Owera, A., Rashid, F., Jambulingam, P., Padickakudi, J., Ben-Younes, H., Mccormack, K., Makey, I.A., Karush, M.K., Seder, C.W., Liptay, M.J., Chmielewski, G., Rosato, E.L., Berger, A.C., Zheng, R., Okolo, E., Singh, A., Scott, C.D., Weyant, M.J., Mitchell, J.D., Griffiths, Ewen A.

Publikováno v: In European Journal of Surgical Oncology June 2024 50(6)

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