The DEAD-box RNA helicase RhlB is required for efficient RNA processing at low temperature in Caulobacter .

Autor: de Araújo HL; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo , São Paulo, Brazil., Picinato BA; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo , Ribeirão Preto, Brazil., Lorenzetti APR; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo , Ribeirão Preto, Brazil., Muthunayake NS; Department of Biological Sciences, Wayne State University , Detroit, Michigan, USA., Rathnayaka-Mudiyanselage IW; Department of Biological Sciences, Wayne State University , Detroit, Michigan, USA., Dos Santos NM; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo , São Paulo, Brazil., Schrader J; Department of Biological Sciences, Wayne State University , Detroit, Michigan, USA., Koide T; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo , Ribeirão Preto, Brazil., Marques MV; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo , São Paulo, Brazil.

Publikováno v: Microbiology spectrum [Microbiol Spectr] 2023 Dec 12; Vol. 11 (6), pp. e0193423. Date of Electronic Publication: 2023 Oct 18.

A Genome-Scale Atlas Reveals Complex Interplay of Transcription and Translation in an Archaeon.

Autor: Lorenzetti APR; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil.; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA., Kusebauch U; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA., Zaramela LS; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil., Wu WJ; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA., de Almeida JPP; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil., Turkarslan S; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA., L G de Lomana A; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA., Gomes-Filho JV; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil., Vêncio RZN; Department of Computation and Mathematics, Faculty of Philosophy, Sciences and Letters at Ribeirão Preto, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil., Moritz RL; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA., Koide T; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil., Baliga NS; Institute for Systems Biology, Seattle, Washington, USA.; Department of Biology, University of Washington, Seattle, Washington, USA.; Department of Microbiology, University of Washington, Seattle, Washington, USA.; Molecular and Cellular Biology Program, University of Washington, Seattle, Washington, USA.; Lawrence Berkeley National Lab, Berkeley, California, USA.

Publikováno v: MSystems [mSystems] 2023 Apr 27; Vol. 8 (2), pp. e0081622. Date of Electronic Publication: 2023 Mar 13.

An Extracytoplasmic Function Sigma Factor Required for Full Virulence in Xanthomonas citri pv. citri.

Autor: Lima LDP; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., Pereira JB; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., Flores AJF; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., Lorenzetti APR; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Boechat AL; Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil., Pereda MC; Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil., Gualtieri S; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., do Prado DF; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., Rocha D; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., Ceseti LM; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil., Baldini RL; Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil., Farah CS; Departamento de Bioquímica, Instituto de Química, Universidade de São Paulo, São Paulo, São Paulo, Brazil., Koide T; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Benedetti CE; Brazilian Biosciences National Laboratory (LNBio), Brazilian Center for Research in Energy and Materials (CNPEM), Campinas, São Paulo, Brazil., Alvarez-Martinez CE; Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, São Paulo, Brazil.

Publikováno v: Journal of bacteriology [J Bacteriol] 2022 May 17; Vol. 204 (5), pp. e0062421. Date of Electronic Publication: 2022 Apr 21.

Halobacterium salinarum and Haloferax volcanii Comparative Transcriptomics Reveals Conserved Transcriptional Processing Sites.

Autor: Ibrahim AGAE; Department of Computation and Mathematics, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto 14040-900, Brazil., Vêncio RZN; Department of Computation and Mathematics, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto 14040-900, Brazil., Lorenzetti APR; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto 14040-900, Brazil., Koide T; Department of Biochemistry and Immunology, Ribeirão Preto Medical School, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto 14040-900, Brazil.

Publikováno v: Genes [Genes (Basel)] 2021 Jun 30; Vol. 12 (7). Date of Electronic Publication: 2021 Jun 30.

OxyR and the hydrogen peroxide stress response in Caulobacter crescentus.

Autor: Silva LG; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Electronic address: gomess.lari@gmail.com., Lorenzetti APR; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil. Electronic address: alan.lorenzetti@gmail.com., Ribeiro RA; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Electronic address: rodolfo.alvarenga.ribeiro@usp.br., Alves IR; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Electronic address: ingridreale10@gmail.com., Leaden L; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Electronic address: leaden@usp.br., Galhardo RS; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Electronic address: rgalhard@usp.br., Koide T; Departamento de Bioquímica e Imunologia, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, Brazil. Electronic address: tkoide@fmrp.usp.br., Marques MV; Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Electronic address: mvmarque@usp.br.

Publikováno v: Gene [Gene] 2019 Jun 05; Vol. 700, pp. 70-84. Date of Electronic Publication: 2019 Mar 14.