Development, validation and analysis of a human profurin 3D model using comparative modeling and molecular dynamics simulations.

Autor: Ferrari BS; Programa de Pós-Graduação em Química (PGQu), Instituto de Química (IQ), Laboratório de Modelagem Molecular (LabMMol), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil., Lima CHDS; Programa de Pós-Graduação em Química (PGQu), Instituto de Química (IQ), Laboratório de Modelagem Molecular (LabMMol), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil., Albuquerque MG; Programa de Pós-Graduação em Química (PGQu), Instituto de Química (IQ), Laboratório de Modelagem Molecular (LabMMol), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro, Brazil.

Publikováno v: Journal of biomolecular structure & dynamics [J Biomol Struct Dyn] 2024 Jul; Vol. 42 (10), pp. 5428-5446. Date of Electronic Publication: 2023 Jul 14.

Statine-based peptidomimetic compounds as inhibitors for SARS-CoV-2 main protease (SARS-CoV‑2 Mpro).

Autor: Azevedo PHRA; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, 24241-000, Brazil., Camargo PG; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Constant LEC; Laboratório de Biotecnologia e Bioengenharia Tecidual, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Costa SDS; Laboratório de Biotecnologia e Bioengenharia Tecidual, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Silva CS; Laboratório de Biotecnologia e Bioengenharia Tecidual, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Rosa AS; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Souza DDC; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Tucci AR; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Ferreira VNS; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Oliveira TKF; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Borba NRR; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Rodrigues CR; Faculdade de Farmácia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Albuquerque MG; Programa de Pós-Graduação em Química, Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Dias LRS; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, 24241-000, Brazil., Garrett R; Programa de Pós-Graduação em Química, Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Miranda MD; Laboratório de Morfologia e Morfogênese Viral, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 21040-900, Brazil., Allonso D; Laboratório de Biotecnologia e Bioengenharia Tecidual, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil.; Departamento de Biotecnologia Farmacêutica, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil., Lima CHDS; Programa de Pós-Graduação em Química, Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ, 21941-853, Brazil. camilolima@iq.ufrj.br., Muri EMF; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, 24241-000, Brazil. estelamuri@id.uff.br.

Publikováno v: Scientific reports [Sci Rep] 2024 Apr 18; Vol. 14 (1), pp. 8991. Date of Electronic Publication: 2024 Apr 18.

In silico drug repurposing by combining machine learning classification model and molecular dynamics to identify a potential OGT inhibitor.

Autor: Azevedo PHRA; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, Brazil., Peçanha BRB; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, Brazil., Flores-Junior LAP; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, Brazil., Alves TF; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, Brazil., Dias LRS; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, Brazil., Muri EMF; Laboratório de Química Medicinal, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal Fluminense, Niterói, RJ, Brazil., Lima CHDS; Universidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Química, Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Publikováno v: Journal of biomolecular structure & dynamics [J Biomol Struct Dyn] 2024 Feb-Mar; Vol. 42 (3), pp. 1417-1428. Date of Electronic Publication: 2023 Apr 13.

Molecular modeling of [VO(L ^1-4 )(R)] complexes (R = bipyridine, phenanthroline): DFT study of antioxidant activity, DNA binding and evaluation of electron-donating and -withdrawing substituent groups.

Autor: Silva TUD; Instituto de Química, Universidade Federal Rural Do Rio de Janeiro, 23890-000, Seropédica, RJ, Brazil; Instituto de Química, Universidade Federal Do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 21945-970, Brazil. Electronic address: talisus@ufrrj.br., Silva ETD; Instituto Federal Do Rio de Janeiro, 25050-100, Caxias, RJ, Brazil., Lima CHDS; Instituto de Química, Universidade Federal Do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 21945-970, Brazil., Machado SP; Instituto de Química, Universidade Federal Do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 21945-970, Brazil.

Publikováno v: Journal of molecular graphics & modelling [J Mol Graph Model] 2023 Nov; Vol. 124, pp. 108577. Date of Electronic Publication: 2023 Jul 29.

Antileishmanial Activity of 4,8-Dimethoxynaphthalenyl Chalcones on Leishmania amazonensis .

Autor: de Santiago-Silva KM; Laboratório de Síntese de Moléculas Medicinais (LaSMMed), Departamento de Química, Centro de Ciências Exatas, Universidade Estadual de Londrina, Londrina 86057-970, PR, Brazil., Bortoleti BTDS; Laboratório de Imunoparasitologia das Doenças Negligenciadas e Câncer (LIDNC), Departamento de Ciências Patológicas, Centro de Ciências Biológicas, Universidade Estadual de Londrina, Londrina 86057-970, PR, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia, Instituto Carlos Chagas (ICC), Fiocruz, Curitiba 81350-010, PR, Brazil., Oliveira LDN; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-909, RJ, Brazil., Maia FLA; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-909, RJ, Brazil., Castro JC; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-909, RJ, Brazil., Costa IC; Laboratório de Imunoparasitologia das Doenças Negligenciadas e Câncer (LIDNC), Departamento de Ciências Patológicas, Centro de Ciências Biológicas, Universidade Estadual de Londrina, Londrina 86057-970, PR, Brazil., Lazarin DB; Laboratório de Imunoparasitologia das Doenças Negligenciadas e Câncer (LIDNC), Departamento de Ciências Patológicas, Centro de Ciências Biológicas, Universidade Estadual de Londrina, Londrina 86057-970, PR, Brazil., Wardell JL; Department of Chemistry, University of Aberdeen, Meston Walk, Old Aberdeen, Aberdeen AB24 3UE, Scotland, UK., Wardell SMSV; CHEMSOL, 1 Harcourt Road, Aberdeen AB15 5NY, Scotland, UK., Albuquerque MG; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-909, RJ, Brazil., Lima CHDS; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-909, RJ, Brazil., Pavanelli WR; Laboratório de Imunoparasitologia das Doenças Negligenciadas e Câncer (LIDNC), Departamento de Ciências Patológicas, Centro de Ciências Biológicas, Universidade Estadual de Londrina, Londrina 86057-970, PR, Brazil., Bispo MLF; Laboratório de Síntese de Moléculas Medicinais (LaSMMed), Departamento de Química, Centro de Ciências Exatas, Universidade Estadual de Londrina, Londrina 86057-970, PR, Brazil., Gonçalves RSB; Instituto de Química, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-909, RJ, Brazil.

Publikováno v: Antibiotics (Basel, Switzerland) [Antibiotics (Basel)] 2022 Oct 13; Vol. 11 (10). Date of Electronic Publication: 2022 Oct 13.