Pan-cancer analysis of whole genomes

Autor: Campbell, P. J. a., Abpemail, Author, Getz, G. b., C, D, Eemail, Author, Korbel, J. O. f., Gemail, Author, Stuart, hEmail Author, J. M., Jennings, J. L. i., Stein, J, L. D. k., Lemail, Author, Perry, M. D. m., Nahal-Bose, N, Ouellette, H. K. n., B. F. F. o., P, C. H. k., Li, Rheinbay, Q, E. b., E, Nielsen, R, Sgroi, G. P. r., D. C. r., Wu, C. -L. r., Faquin, W. C. r., Deshpande, V. r., Boutros, P. C. k., Q, S, Lazar, T, Hoadley, A. J. u., K. A. v., W, Louis, D. N. r., Dursi, L. J. k., Yung, X, Bailey, C. K. n., M. H. y., Z, Saksena, G. b., Raine, Abp, K. M., Buchhalter, Aa, I., Ab, Ac, Kleinheinz, Aa, K., Schlesner, Ac, Aa, M., Zhang, Ad, Wang, J. n., Ae, W., Wheeler, D. A., Af, Ding, Ag, L. y., Z, Simpson, Ah, J. T. k., Ai, O’Connor, B. D. n., Yakneen, Aj, Ellrott, S. g., Ak, K., Miyoshi, Al, N., Butler, Abp, A. P., Royo, Am, R., Shorser, S. I. k., Vazquez, Am, M., Rausch, An, Tiao, T. g., Waszak, G. b., Rodriguez-Martin, S. M. g., Ao, B., Ap, Aq, Shringarpure, Ar, S., D. -Y., As, Demidov, G. M., At, Au, Av, Delaneau, Aw, O., Ax, Ay, Hayashi, Al, S., Imoto, Habermann, N. g., Segre, A. V. b., Garrison, Az, Abp, E., Cafferkey, A. f., Alvarez, E. G., Ao, Heredia-Genestar, J. M., Ba, Muyas, At, F., Drechsel, At, O., Bruzos, Av, A. L., Ao, Temes, Ao, J., Zamora, Ap, Abp, Baez-Ortega, Bb, A., Kim, H. -L., Bc, Mashl, R. J. z., Bd, Ye, Be, K., Dibiase, Bf, Bg, A., Huang, K. -L. z., Letunic, Bh, Bi, I., Mclellan, M. D. y., Z, Ah, Newhouse, S. J. f., Shmaya, As, T., Kumar, Bj, S., Wedge, Bk, D. C., Bl, Abp, Bm, Wright, M. H., Ar, Yellapantula, V. D., Bn, Gerstein, Bo, Bj, M., Bk, Bp, Khurana, Bq, E., Br, Bs, Marques-Bonet, Bt, Bu, T., Bv, Bw, Navarro, Bx, Bu, A., Bustamante, C. D., Ar, Siebert, By, Bz, R., Nakagawa, Ca, Cb, H., Easton, D. F., Cc, Ossowski, Cd, At, S., Tubio, J. M. C., Ao, De La Vega, F. M., Ar, As, By, Estivill, At, X., Yuen, Ce, Mihaiescu, D. k., Omberg, G. L. n., Cf, L., Ferretti, V. n., Sabarinathan, Cg, Ch, R., Ci, Cj, Pich, Ch, O., Gonzalez-Perez, Cj, Ch, A., Taylor-Weiner, Cj, Ck, A., Fittall, M. W., Cl, Demeulemeester, Cl, J., Tarabichi, Cm, Cl, M., Abp, Roberts, Abp, N. D., Van, Loo, Cl, P., Cortés-Ciriano, Cm, Cn, I., Co, Cp, Urban, L. f., Park, G, Co, P., Zhu, Cp, Cq, B., Pitkänen, E. g., Abp, Y., Saini, Cr, N., Klimczak, L. J., Cs, Weischenfeldt, J. g., Ct, Cu, Sidiropoulos, Cu, N., Alexandrov, L. B., Cv, Abp, Rabionet, At, R., Av, Cw, Escaramis, At, G., Cx, Cy, Bosio, At, Av, Holik, A. Z., At, Susak, At, H., Prasad, Av, Av, A., Erkek, S. g., Calabrese, C. f., Raeder, G, Harrington, B. g., Cz, E., Mayes, Da, S., Turner, Da, D., Juul, Cz, S., Roberts, S. A., Db, Song, Cq, L., Koster, Dc, R., Mirabello, Hua, Cq, X., Tanskanen, T. J., Dd, Tojo, Aq, M., Chen, Bk, J., Aaltonen, De, L. A., Df, Rätsch, Dg, G., Dh, Di, Dj, Dk, Schwarz, Dl, R. F. f., Dm, Dn, Do, Butte, A. J., Dp, Brazma, A. f., Chanock, S. J., Cq, Chatterjee, Dq, N., Stegle, Dr, O. f., G, Harismendy, Ds, Dt, O., Bova, G. S., Du, Gordenin, D. A., Cr, Haan, D. h., Sieverling, Dv, L., Feuerbach, Dw, Chalmers, Dx, D., Joly, Dy, Y., Knoppers, Dy, B., Molnár-Gábor, Dz, F., Phillips, Dy, M., Thorogood, Dy, A., Townend, Dy, D., Goldman, Ea, M., Fonseca, N. A. f., Xiang, Eb, Craft, Q. n., Ea, B., Piñeiro-Yáñez, Ec, E., Muñoz, A. f., Petryszak, R. f., Füllgrabe, A. f., Al-Shahrour, Ec, F., Keays, M. f., Haussler, Ea, D., Weinstein, Ed, Ee, J., Huber, Ef, Valencia, W. g., Am, A., Papatheodorou, Bw, Zhu, I. f., Ea, J., Fan, Ae, Y., Torrents, Am, D., Bieg, Bw, Eg, M., Chen, Eh, Ei, K., Chong, Ej, Z., Cibulskis, K. b., Eils, Aa, R., Ac, Ek, Fulton, El, R. S. y., Z, Gelpi, Ah, J. L., Am, Gonzalez, Em, S. f., G, Gut, I. G., Av, Hach, Bu, En, F., Heinold, Eo, Ac, Hu, Ep, T., Huang, V. k., Hutter, Eh, B., Eq, Er, Jäger, Aa, N., Jung, Es, J., Ep, Y., Lalansingh, C. k., Leshchiner, I. b., Livitz, D. b., E. Z., Ep, Maruvka, Y. E. b., R, Et, Milovanovic, Nielsen, M. M., Eu, Paramasivam, Pedersen, Eh, J. S., Eu, Puiggròs, Ev, Sahinalp, S. C., Eo, Ew, Ex, Sarrafi, Eo, I., Stewart, Ex, Stobbe, C. b., M. D., Av, Wala, Bu, J. A. b., E, Wang, Ey, J. z., Be, Wendl, Ez, M. z., Fa, Werner, Fb, Aa, J., Fc, Wu, Ep, Z., Xue, Ep, H., Yamaguchi, T. N. k., Bn, V., Davis-Dusenbery, Bo, B. N., Fd, Grossman, R. L., Fe, Ff, Y., Heinold, Fg, M. C., Aa, Hinton, Ac, Abp, J., Jones, Abp, D. R., Menzies, Abp, A., Stebbings, Abp, L., Hess, J. M. b., Rosenberg, Et, M. b., R, Dunford, A. J. b., Gupta, M. b., Imielinski, Fh, M., Meyerson, Fi, M. b., E, Beroukhim, Ey, R. b., E, Reimand, Fj, J. k., Q, Dhingra, Br, P., Favero, Bt, Fk, F., Dentro, Bl, S., Abp, Cl, Wintersinger, Fl, J., Fm, Fn, Rudneva, V. g., Park, J. W., Fo, Hong, E. P., Fo, Heo, S. G., Fo, Kahles, Dg, A., Lehmann, K. -V., Dg, Di, Dj, Fp, Fq, Soulette, C. M., Aj, Shiraishi, Al, Y., Liu, Fr, F., Fs, He, Fr, Y., Demircioğlu, Ft, D., Davidson, Fu, N. R., Dg, Dl, Fp, Greger, L. f., Fv, S., Liu, Fw, Fv, D., Stark, Fw, S. G., Dj, Fp, Fx, Zhang, Fy, Amin, S. B., Fz, Ga, Gb, Bailey, Gc, P., Chateigner, A. n., Frenkel-Morgenstern, Gd, M., Hou, Fv, Y., Huska, Fw, M. R., Dm, Kilpinen, Ge, H., Lamaze, F. C. k., Fv, C., Fw, Li, Fv, X., Marin, Fw, M. G., Aj, Markowski, Dm, J., Nandi, Gf, T., Ojesina, A. I., Gg, Gh, Gi, Pan-Hammarström, Fv, Q., Park, Gj, P. J., Co, Pedamallu, Cp, C. S. b., E, Fj, Su, Fv, H., Tan, Fw, Gf, P., Gk, Gl, Teh, Gm, B. T., Gk, Gl, Gm, Gn, Go, Wang, Fv, J., Xiong, Fw, Ye, Yung, Fw, Zhang, C. n., Zheng, Fr, L., Zhu, Awadalla, Fw, P. k., L, Creighton, C. J., Gp, Fv, K., Yang, Fw, Göke, Ft, J., Zhang, Gq, Fr, Z., Brooks, Gr, A. N. b., Aj, Fittall, Ey, Martincorena, Abp, I., Rubio-Perez, Ch, C., Cj, Gs, Eu, M., Schumacher, S. b., Shapira, Gt, O. b., Ey, Tamborero, Ch, D., Mularoni, Cj, Ch, L., Hornshøj, Cj, Eu, H., Deu-Pons, Cj, J., Muiños, Gu, Ch, F., Bertl, Cj, Eu, J., Guo, Gv, Ev, Q., Gonzalez-Perez, Cj, Gw, Xiang, Gx, Q., Bazant, W. f., Barrera, E. f., Al-Sedairy, S. T., Gy, Aretz, Gz, A., Bell, Ha, C., Betancourt, Hb, M., Buchholz, Hc, C., Calvo, Hd, F., Chomienne, He, C., Dunn, Hf, M., Edmonds, Hg, S., Green, Hh, E., Gupta, Hi, S., C. M., Hh, Jegalian, Hj, K., Hk, N., Hl, Y., Hm, Hn, Nakagama, Ho, H., Nettekoven, Hp, G., Planko, Hp, L., Scott, Hk, D., Shibata, Hq, T., Shimizu, Hr, Hs, K., Stratton, Abp, M. R., Yugawa, Hs, T., Tortora, Ht, G., Vijayraghavan, Hu, Hi, K., Zenklusen, J. C., Hv, Hw, D., B. M., Dy, Aminou, B. n., Bartolome, Am, J., Boroevich, K. A., Cb, Boyce, Hx, Buchanan, R. f., Ak, A., Byrne, N. J. n., Hy, Z., Cho, Hz, S., Choi, Ia, W., Clapham, Abp, P., Dow, M. T., Hy, Eils, X, Ek, J., Farcas, El, Hy, C., Fayzullaev, N. n., Flicek, P. f., Heath, A. P., Ib, Hofmann, Ic, O., J. H., Id, Hudson, T. J., Ie, Hübschmann, If, Ac, D., Do, Ek, Ig, Ih, Ivkovic, Ii, S., Jeon, S. -H., Ia, Jiao, W. k., Kabbe, Dj, Fq, Kerssemakers, J. N. A., Aa, Ia, H., Ij, J., Koscher, Ik, M., Koures, Hy, A., Kovacevic, Ii, M., Lawerenz, El, C., Il, J., Mijalkovic, Mijalkovic-Lazic, A. M., Ii, Miyano, Nastic, Nicholson, Ocana, D. f., Ohi, Al, K., Ohno-Machado, Hy, L., Pihl, T. D., Im, Prinz, Radovic, Ii, P., Short, C. f., Sofia, H. J., Hh, Spring, Fe, J., Struck, A. J., Ak, Tijanic, Ii, N., Vicente, Hv, Z., Williams, Woo, Ia, Y., Wright, A. J. k., Yang, Hv, L., Hamilton, M. P., In, Johnson, T. A., Hx, Kahraman, Io, A., Ip, Iq, Kellis, M. b., Polak, Ir, P. b., C, Sallari, E, Sinnott-Armstrong, R. b., N. b., Ar, Von, Mering, Iq, C., Beltran, Is, Av, S., Gerhard, Bu, D. S., It, Av, M., Trotta, Bu, J. -R., Bu, Whalley, J. P., Bu, Niu, Iu, B., Espiritu, S. M. G. k., Gao, Ez, Y., Lalansingh, Iv, Teague, C. M. k., Abp, J. W., Wendl, M. C. z., Fa, Fb, Abascal, Abp, F., Bader, G. D. l., Bandopadhayay, P. b., Iw, Ix, Barenboim, J. k., Brunak, Iy, S., Carlevaro-Fita, Iz, Ja, J., Jb, Jc, Chakravarty, Jd, D., Chan, Je, C. W. Y., Aa, Choi, Dw, J. K., Jf, Diamanti, Jg, K., Fink, Frigola, Jh, Gu, J., Gambacorti-Passerini, Ji, C., Garsed, D. W., Jj, Haradhvala, N. J. b., Harmanci, R, A. O., Bk, Helmy, Jk, Fm, M., Herrmann, Aa, C., Ac, Jl, Hobolth, Ev, A., Hodzic, Gv, Ex, E., Dv, C., Isaev, Dw, K. k., Q, Izarzugaza, J. M. G., Iy, Jb, R., Juul, Jm, R. I., Eu, Kim, J. b., J. K., Jn, Jan, Komorowskijg, Lanzós, Jo, Jb, A., Jc, Jm, Larsson, Dg, E., Lee, Bk, D., Bk, S., Bk, X., Lin, Z. b., Liu, Jp, E. M., Br, Bt, Jq, Lochovsky, Bj, L., Bk, Gb, Lou, Madsen, Bk, Eu, T., Marchal, Jr, K., Martinez-Fundichely, Js, Br, A., Bs, Bt, Mcgillivray, P. D., Bj, Meyerson, Bk, W., Paczkowska, Jt, Park, M. k., Ju, K., Park, Jv, Jw, K., Pons, Jx, T., Pulido-Tamayo, Jr, S., Reyes-Salazar, Js, Ch, I., Reyna, M. A., Jy, Rubin, M. A., Jm, Jz, Ka, Kb, Kc, Salichos, Sander, Bk, Dg, C., Ey, Kd, Schumacher, Ke, S. E. b., Gt, Shackleton, Jj, M., Shen, Ke, C., Shrestha, Kf, Eo, R., Shuai, S. k., Tsunoda, L, Hx, T., Kg, Kh, Umer, Ki, H. M., Jg, Uusküla-Reimand, Kj, Kk, L., Verbeke, Kl, L. P. C., Js, Wadelius, Km, Kn, C., Wadi, L. k., Warrell, Bj, J., Bk, Wu, Ko, G., Kp, J., Zhang, Ez, X., Zhang, Kq, Bk, Y., Kr, Ks, Zhao, Kt, Z., Zou, Ku, L., Lawrence, M. S. b., R, Hx, Raphael, B. J., Jy, P. J., Gc, Craft, D. b., Goldman, Kv, M. J., Ea, Aburatani, Kw, H., Binder, Kx, H., Dinh, Ky, H. Q., Kz, S. C., Av, Hoffmann, Bu, Kx, S., Ky, La, Imbusch, Lb, C. D., Dv, Kretzmer, Ky, H., Laird, Lb, P. W., Lc, Martin-Subero, J. I., Bw, Nagae, Ld, Kw, G., Shen, Le, Lf, H., Ik, Q., Weichenhan, Lg, D., Zhou, Lf, W., Berman, B. P., Kz, Lh, Li, Brors, Dv, B., Er, Lj, Plass, Lg, C., Akdemir, K. C., Ei, Bowtell, D. D. L., Jj, Burns, K. H., Lk, Busanovich, Ll, J. b., Lm, Chan, Ln, K., Dueso-Barroso, Edwards, P. A., Lo, Etemadmoghadam, Lp, Jj, D., Haber, J. E., Lq, D. T. W., Lr, Ls, Ju, Y. S., Jf, Abp, Kazanov, M. D., Lt, Lu, Lv, Koh, Lw, Y., Kumar, Lx, Lee, K. b., E. A., Ly, J. J. -K., Co, Lynch, Cp, A. G., Lo, Lp, Lz, Macintyre, Lo, G., Markowetz, Lo, F., Navarro, Lp, F. C. P., Bj, Pearson, J. V., Ma, Rippe, Mb, Do, K., Scully, Mc, R., Villasante, Am, I., Waddell, Ma, N., Yang, Mb, Md, L., Yao, Fh, X., Yoon, Me, S. -S., Lx, C. -Z. b., E, Ey, Bergstrom, E. N., Mf, Boot, Gl, A., Covington, Mg, Ag, K., Fujimoto, Cb, A., M. N., Gl, Islam, Mg, S. M. A., Cv, Mcpherson, J. R., Gl, Morganella, Mg, Abp, S., Mustonen, Mh, V., Mi, Mj, A. W. T., Mk, Prokopec, S. D. k., Vázquez-García, Bn, I., Ml, Mm, Abp, Wu, Gl, Y., Yousif, Mg, F. k., Yu, Mn, W., Rozen, S. G., Gl, Gm, Mg, Rudneva, V. A. g., S. S., Ar, D. J., Da, Xia, Mo, T., Atwal, G. k., L, Fn, Chang, D. K., Gc, Cooke, Mp, S. L., Gc, Faltas, B. M., Dl, Haider, S. k., Kaiser, V. B., Mq, Karlić, Mr, R., Kato, Ms, M., Kübler, K. b., E, R, Margolin, Martin, Mt, S., Abp, Nik-Zainal, Mu, S., Mv, Mw, Abp, P’Ng, Semple, C. k., C. A., Mq, Smith, Ak, J., Sun, R. X. k., Thai, K. n., D. W., Mx, Yuan, My, Lo, K., Mt, Mz, Biankin, A. V., Gc, Mp, Na, Garraway, Nb, Ey, L., Grimmond, S. M., Nc, Adams, Abp, D. J., Anur, Nd, P., Cao, Ae, S., Christie, E. L., Jj, Cmero, Ne, M., Nf, Ng, Cun, Nh, Y., Dawson, Abp, K. J., S. C., Bl, Deshwar, A. G., Ni, Donmez, Eo, N., Drews, Ex, R. M., Lo, Gerstung, M. f., G, Ha, Haase, G. b., Cl, K., Jerman, L. g., Nj, Ji, Nk, Y., Jolly, Nl, Cl, C., Nm, J., Lee-Six, Abp, H., Malikic, Eo, S., Mitchell, Ex, T. J., Lp, Abp, Nn, Morris, Q. D., Fn, Oesper, No, Np, L., Peifer, Nh, M., Peto, Nq, M., Rosebrock, D. b., Rubanova, Ai, Y., Salcedo, Fn, Sengupta, A. k., Nr, S., Shi, No, R., Shin, S. J., Fy, Spiro, O. b., Vembu, No, S., Wintersinger, Ns, J. A., Fl, T. -P., Nh, Nt, K., Nu, H., Spellman, Nv, P. T., Nw, Weinstein, J. N., Ee, Chen, Ef, Fujita, Cb, M., Han, Kq, L., Hasegawa, Al, T., Komura, Al, M., Ae, J., Mizuno, Nx, S., Shimizu, Al, E., Ny, Xu, Nz, Y., Yamaguchi, Al, R., No, F., Kq, Y., Yoon, C. J., Jf, Yuan, Liang, Ae, H., Alawi, Oa, M., Borozan, Ob, Brewer, I. k., D. S., Oc, Cooper, Od, C. S., Od, Oe, Of, Desai, N. n., Grundhoff, Oa, A., Iskar, Og, Oh, M., Oi, X., Zapatka, Lichter, Eq, P., Alsop, Oh, Jj, K., Bruxner, T. J. C., Jh, Christ, A. N., Jh, Cordner, S. M., Oj, Cowin, P. A., Ok, Drapkin, Ol, R., Fereday, Ok, S., George, Gb, J., Ok, A., Holmes, Ma, O., Hung, Mb, J. A., Om, Kassahn, On, K. S., Jh, Kazakoff, Oo, S. H., Ma, Kennedy, Mb, C. J., Op, Leonard, Oq, C. R., Ma, Mileshkin, Mb, Jj, L., Miller, D. K., Jh, Mp, Or, Arnau, G. M., Ok, Mitchell, Ok, C., Newell, Ma, F., Nones, Mb, Ma, K., Patch, Mb, A. -M., Ma, Quinn, Mb, M. C., Ma, Taylor, Mb, D. F., Jh, Thorne, Ok, H., Traficante, Ok, N., Vedururu, Ok, R., N. M., Mb, Waring, P. M., Os, Wood, Ma, S., Mb, Xu, Ma, Q., Defazio, Mb, Ot, A., Ou, Ov, Anderson, M. J., Jh, Antonello, Ow, D., Barbour, A. P., Ox, Bassi, Oy, Ow, C., Bersani, Oz, S., Cataldo, Oz, I., Chantrill, Pa, L. A., Mp, Chiew, Pb, Y. -E., Ot, Chou, Mp, A., Cingarlini, Pc, Ht, S., Cloonan, Pd, N., Corbo, Pa, V., Davi, Pe, M. V., Pf, Duthie, F. R., Gc, Gill, Pg, A. J., Mp, Graham, Pc, J. S., Gc, Harliwong, Ph, Jh, I., Jamieson, N. B., Gc, Nb, Pi, Johns, A. L., Mp, Kench, Or, J. G., Mp, Pc, Pj, Landoni, Ow, L., Lawlor, R. T., Pa, Mafficini, Pa, A., Merrett, N. D., Ow, Miotto, Pk, Ow, M., Musgrove, E. A., Gc, Nagrial, A. M., Mp, Oien, K. A., Os, Pajic, Pl, Mp, M., Pinese, Pm, M., Robertson, A. J., Jh, Rooman, Mp, I., Rusev, B. C., Pa, Samra, J. S., Ow, Scardoni, Pc, Oz, M., Scarlett, C. J., Mp, Scarpa, Pn, Sereni, Ow, E., Sikora, K. O., Pa, Simbolo, Pe, M., Taschuk, M. L. n., Toon, C. W., Mp, Vicentini, Pa, C., Mp, J., Zeps, Po, N., Behren, Pp, Pq, A., Burke, Pr, H., Cebon, Pq, J., Dagg, R. A., Ps, Paoli-Iseppi, De, Pt, R., Dutton-Regester, Field, M. A., Pu, Fitzgerald, Pv, A., Hersey, Pr, P., Jakrot, Pr, V., Johansson, P. A., Ma, Kakavand, Pt, H., Kefford, R. F., Pw, Lau, L. M. S., Px, Long, G. V., Py, Pickett, H. A., Px, Pritchard, A. L., Ma, Pupo, G. M., Pz, Saw, R. P. M., Py, Schramm, S. -J., Qa, Shang, C. A., Pv, Py, P., Spillane, A. J., Py, Stretch, J. R., Py, Tembe, Ot, V., Thompson, Qa, J. F., Py, Vilain, R. E., Qb, Wilmott, J. S., Py, J. Y., Qc, Hayward, N. K., Ma, Mann, Pr, G. J., Ot, Scolyer, Qd, R. A., Ou, Py, Qb, Bartlett, Qe, Qf, J., Bavi, Qg, Qh, P., Chadwick, D. E., Qi, Chan-Seng-Yue, Qh, M., Cleary, Qh, S., Connor, Qj, A. A., Qj, Czajka, Qk, If, K., Denroche, R. E., Qh, Dhani, N. C., Ql, Eagles, If, J., Gallinger, Qj, Qk, Grant, R. C., Qh, Hedley, Qk, Ql, D., Hollingsworth, M. A., Qm, Jang, G. H., Qh, Kalimuthu, S. -B., Qn, Lungu, Qh, I., Luo, Qo, Mbabaali, X. k., If, F., T. A., Qk, J. K., If, Moore, M. J., Ql, Notta, Qh, F., Pasternack, Qp, If, D., Petersen, G. M., Qq, Roehrl, M. H. A. q., Qh, Qr, Qs, Qt, Sam, If, M., Selander, Qk, I., Serra, Os, S., Shahabi, Qn, S., Thayer, S. P., Qm, Timms, L. E., If, Wilson, G. W. k., Wilson, Qh, J. M., Qh, Wouters, B. G., Qu, J. D., If, Qh, Qv, Beck, T. A. n., Bhandari, Qw, Collins, V. k., C. C., Eo, Fleshner, N. E., Qx, Fox, N. S. k., Fraser, M. k., Heisler, L. E., Qy, Lalonde, E. k., Livingstone, J. k., Meng, Qz, A., Sabelnykova, V. Y. k., Shiah, Y. -J. k., Van der Kwast, Ra, T., Bristow, R. G. q., Rb, Rc, Rd, Re, Ding, Rf, S., Rg, D., Fv, L., Nie, Rg, Y., Xiao, Rh, Xing, Hm, R., Yang, Ri, Rj, Y., Banks, R. E., Rk, Bourque, Rl, G., Brennan, Rm, Rn, P., Letourneau, Ro, L., Riazalhosseini, Rm, Y., Scelo, Rn, G., Vasudev, Rk, N., Viksna, Rp, Rq, J., Lathrop, Rm, M., Tost, Rr, J., Ahn, S. -M., Rs, Aparicio, Rt, S., Arnould, Ru, L., Aure, M. R., Rv, Bhosle, Abp, S. G., Birney, E. f., Borg, Rw, A., Boyault, Rx, S., Brinkman, A. B., Ry, Brock, J. E., Rz, Broeks, Sa, A., Børresen-Dale, A. -L., Rv, Caldas, Sb, C., Chin, Sc, S. -F., Sb, Davies, Sc, Mu, H., Abp, Mv, Desmedt, Sd, C., Dirix, Se, Sf, L., Dronov, Ehinger, Sg, A., Eyfjord, J. E., Sh, Fatima, Gt, A., Foekens, J. A., Si, Futreal, P. A., Sj, Garred, Sk, Ø., Giri, Sl, D. D., Sm, Glodzik, Abp, D., Grabau, Sn, D., Hilmarsdottir, Sh, H., Hooijer, G. K., So, Jacquemier, Sp, J., S. J., Sq, Jonasson, J. G., Sh, Jonkers, Sr, J., H. -Y., Sp, King, T. A., Ss, Knappskog, St, Su, S., Abp, Kong, Sp, G., Krishnamurthy, Sv, S., Lakhani, S. R., Sw, Langerød, Rv, A., Larsimont, Sx, D., H. J., Sq, J. -Y., Sy, M. T. M., Sj, Lingjærde, O. C., Sz, Macgrogan, Ta, G., Martens, J. W. M., Si, O’Meara, Pauporté, He, I., Pinder, Tb, S., Pivot, Tc, X., Provenzano, Td, E., Purdie, C. A., Te, Ramakrishna, Abp, M., Ramakrishnan, Abp, K., Reis-Filho, Sm, J., Richardson, A. L., Gt, Ringnér, Rw, M., Rodriguez, J. B., Am, Rodríguez-González, F. G., Iz, Romieu, Tf, G., Salgado, Os, R., Sauer, Sz, T., Shepherd, Abp, R., Sieuwerts, A. M., Si, Simpson, P. T., Sw, Smid, Si, M., Sotiriou, Span, P. N., Tg, Stefánsson, Ó. A., Th, Stenhouse, Ti, A., Stunnenberg, H. G., Fw, Sweep, Tj, Tk, F., Tan, B. K. T., Tl, Thomas, Tm, G., Thompson, A. M., Ti, Tommasi, Tn, S., Treilleux, To, I., Tutt, Tp, Ueno, N. T., Nv, Van, Laere, Sf, S., Van den Eynden, G. G., Sf, Vermeulen, Sf, P., Viari, Vincent-Salomon, Tj, A., Wong, B. H., Tq, Yates, Abp, X., Van, Deurzen, C. H. M., Tr, van de Vijver, M. J., Os, Van’T, Veer, Ts, L., Ammerpohl, Tt, O., Tu, Tv, Aukema, Tu, S., Tv, Tw, Bergmann, A. K., Tx, Bernhart, S. H., Kx, Ky, Lb, Borkhardt, Ty, A., Borst, Tz, C., Burkhardt, Ua, B., Claviez, Ub, A., Goebler, M. E., Uc, Haake, Tt, A., Haas, Tz, S., Hansmann, Ud, M., Hoell, J. I., Ty, Hummel, Ue, M., Karsch, Uf, D., Klapper, Tw, W., Kneba, Uf, M., Kreuz, Ug, M., Kube, Uh, D., Küppers, Ui, R., Lenze, Ue, D., Loeffler, López, Ca, C., Mantovani-Löffler, Tt, Uj, L., Möller, Uk, P., Ott, Ul, G., Radlwimmer, Oh, B., Richter, Tt, J., Rohde, Tw, Um, M., Rosenstiel, P. C., Un, Rosenwald, Uo, A., Schilhabel, M. B., Un, Schreiber, Up, S., Stadler, P. F., Kx, Staib, Uq, P., Stilgenbauer, Ur, S., Sungalee, S. g., Szczepanowski, Tw, M., Toprak, U. H., Ac, Trümper, Us, L. H. P., Uh, Wagener, Ca, R., Zenz, Tt, Er, T., Hovestadt, Oh, V., Von, Kalle, Do, C., Kool, Korshunov, Lr, Ik, A., Landgraf, Ut, P., Lehrach, Uu, Uv, H., Northcott, P. A., Uw, Pfister, S. M., Ik, Lr, Ux, Reifenberger, Uu, G., Warnatz, H. -J., Uv, Wolf, Uy, S., Yaspo, M. -L., Uv, Assenov, Uz, Y., Gerhauser, Minner, Va, S., Schlomm, Ct, T., Simon, Vb, Vc, R., Sauter, Vc, G., Sültmann, Er, H., Biswas, Vd, N. K., Ve, Maitra, Ve, A., Majumder, P. P., Ve, Sarin, Vf, R., Barbi, Pe, S., Bonizzato, Pa, G., Cantù, Dei, Tos, A. P., Vg, Fassan, Vh, M., Grimaldi, Pa, S., Luchini, Oz, C., Malleo, Ow, G., Marchegiani, Milella, Michele, Ht, M., Paiella, Ow, S., Pea, Ow, A., Pederzoli, Ow, P., Ruzzenente, Salvia, Ow, R., Sperandio, Pa, N., Arai, Hq, Y., Hama, Hq, N., Hiraoka, Vi, N., Hosoda, Hq, F., Nakamura, Hq, H., Ojima, Vj, H., Okusaka, Vk, T., Totoki, Urushidate, Hr, T., Fukayama, Vl, M., Ishikawa, Vm, S., Katai, Vn, H., Katoh, Vm, H., Vm, D., Rokutan, Ms, H., Saito-Adachi, Suzuki, Kw, A., Taniguchi, Vo, Vp, H., Tatsuno, Kw, K., Ushiku, Vl, T., Yachida, Hq, S., Yamamoto, Vq, Kw, S., Aikata, Vr, H., Arihiro, Vr, K., Ariizumi, S. -I., Vs, Chayama, Furuta, Gotoh, Vt, K., Hayami, Vu, S., Hirano, Vv, S., Kawakami, Vr, Y., Maejima, Cb, K., Vv, T., Nakano, Ohdan, Sasaki-Oku, Tanaka, Al, H., Vu, M., Yamamoto, Vs, M., Yamaue, Vu, H., Choo, S. P., Vw, Cutcutache, Gl, I., Khuntikeo, Mg, Ow, N., Ong, Vx, C. K., Vy, Pairojkul, Os, C., Popescu, Vz, I., K. S., Wa, Aymerich, Wb, M., Lopez-Guillermo, Wc, A., López-Otín, Wd, C., Puente, X. S., Wd, Campo, We, E., Amary, Wf, Wg, F., Baumhoer, Wh, D., Behjati, Bjerkehagen, Wh, B., Futreal, Wi, Myklebost, Su, O., Pillay, Wj, N., Tarpey, Wk, P., Tirabosco, Wl, R., Zaikova, Wm, O., Flanagan, A. M., Wn, Boultwood, Wo, J., Bowen, Abp, D. T., Cazzola, Wp, M., A. R., Lp, Hellstrom-Lindberg, Wq, E., Malcovati, Wp, L., Nangalia, Wr, J., Papaemmanuil, Vyas, Ma, P., Ang, Ws, Wt, Y., Barr, Wu, H., Beardsmore, Wv, D., Eldridge, Lo, M., Gossage, Ww, J., Grehan, Mv, N., Hanna, G. B., Wx, Hayes, S. J., Wy, Hupp, Wz, T. R., Xa, Khoo, Xb, D., Lagergren, Wq, J., Lovat, Xc, L. B., Ge, Macrae, Ee, S., O’Donovan, Mv, M., O’Neill, J. R., Xd, Parsons, S. L., Xe, Preston, S. R., Xf, Puig, Xg, S., Roques, Xh, T., Sanders, G. w., Sothi, Xi, S., Tavaré, Lo, S., Tucker, Xj, O., Turkington, Xk, R., Underwood, T. J., Xl, Welch, Xm, I., R. C., Mv, Berney, D. M., Xn, Bono, De, J. S., Oe, Cahill, Xo, D., Camacho, Oe, N., Dennis, N. M., Xo, Dudderidge, Xo, T., Edwards, Xp, S. E., Oe, Fisher, Xo, C., Foster, C. S., Xq, Ghori, Xr, Gill, Ws, P., Gnanapragasam, V. J., Nn, Gundem, Xs, Jq, G., Hamdy, F. C., Xt, Hawkins, Hazell, Xo, S., Howat, Nn, W., Isaacs, W. B., Xu, Karaszi, Ws, K., Kay, J. D., Ge, Xo, V., Kote-Jarai, Oe, Z., Kremeyer, Abp, B., Xo, P., Lambert, Ws, A., Leongamornlert, D. A., Oe, Abp, Livni, Xo, N., Y. -J., Xn, Luxton, Xv, H. J., Ge, Marsden, Ws, L., Massie, C. E., Lo, Matthews, Oe, L., Mayer, Xo, E., Mcdermott, Xw, Abp, U., Merson, Oe, S., Neal, D. E., Lo, Nn, Ng, Xx, A., Nicol, Ogden, Rowe, E. W., Xo, Shah, N. C., Nn, Xo, A., Verrill, Ws, C., Visakorpi, Xy, Du, T., Warren, A. Y., Nn, Whitaker, Xz, H. C., Ge, Xv, H., Van, As, Eeles, R. A., Oe, Abeshouse, Xo, Jq, A., Agrawal, Fe, N., Akbani, Mv, R., Al-Ahmadie, Ya, Jq, H., Albert, Qg, M., Aldape, Oi, K., Ally, Yb, Yc, A., Appelbaum, E. L. z., Armenia, Ge, Yd, J., Asa, Xe, S., Auman, Ye, J. T., Yf, Balasundaram, Yc, M., Balu, S. w., Barnholtz-Sloan, Yg, J., Bathe, Yh, O. F., Yi, Baylin, Yj, S. B., Dr, Benz, Xp, Yk, C., Berchuck, Yl, A., Berrios, Ym, M., Bigner, Yn, D., Birrer, M. r., Bodenheimer, T. w., Boice, Xg, L., Bootwalla, M. S., Ym, Bosenberg, Yo, M., Bowlby, Yc, R., Boyd, Yp, J., Broaddus, R. R., Oi, Yq, M., Brooks, Yc, D., Bullman, S. b., Caesar-Johnson, Fj, S. J., Hv, Carey, T. E., Yr, Carlsen, Cerfolio, Ys, R., Chandan, V. S., Yt, H. -W., Wt, Cherniack, Yd, A. D. b., Ey, Chien, Fj, Yu, J., Cho, J. b., Chuah, Yc, E., Cibulskis, C. b., Cope, Yv, L., Cordes, M. G. z., Curley, Xh, Yw, E., Czerniak, Oi, B., Danilova, Xb, Davis, I. J., Yx, Defreitas, T. b., Demchok, J. A., Hv, Dhalla, Yc, N., Dhir, Yy, R., Doddapaneni, H. V., Ag, El-Naggar, Oi, A., Felau, Xb, Hv, I., Ferguson, M. L., Yz, Finocchiaro, Za, G., Fong, K. M., Zb, Frazer, S. b., Friedman, Zc, W., Fronick, C. C. z., Fulton, Xh, Gabriel, L. A. z., Gao, S. B. b., Gehlenborg, N. b., Gershenwald, Zd, J. E., Ze, Ghossein, Zf, Sm, R., Giama, N. H., Zg, Gibbs, R. A., Ag, Gomez, Zh, C., Govindan, R. y., Hayes, D. N. w., Zi, Zj, Hegde, A. M., Ee, Heiman, Ef, Heins, D. I. b., Jq, Z., Hepperla, A. J. w., Holbrook, Ym, A., Holt, R. A., Yc, Hoyle, A. P. w., Hruban, R. H., Yv, Ag, J., Xg, M., Huntsman, Zk, D., Huse, Jq, J., Iacobuzio-Donahue, C. A., Sm, Ittmann, Zl, M., Jayaseelan, Zm, J. C., Ag, Jefferys, S. R. w., C. D., Zn, S. J. M., Zo, Juhl, Zp, H., Kang, K. J., Zq, Karlan, Zr, B., Kasaian, Zo, K., Kebebew, Zs, E., Kim, Zt, H. K., Zu, Korchina, Ag, V., Kundra, Wt, R., Lai, Yd, P. H., Ym, Lander, E. b., Zv, X., Levine, D. A., Jq, Lewis, Zw, Ag, L., Ley, Zx, T., H. I., Yc, Lin, P. b., Linehan, W. M., Zy, F. F., No, Ef, Y., Lype, Zz, L., Yc, Y., Maglinte, D. T., Ym, Aaa, Mardis, E. R. z., Yp, Aab, Marks, Ow, J., Aac, Marra, M. A., Yc, Matthew, T. J., Aj, Mayo, Mccune, Aad, K., Meier, S. R. b., Meng, S. w., Mieczkowski, P. A. v., Mikkelsen, Aae, T., Miller, C. A. z., Mills, Aaf, G. B., Morrison, Aag, Mose, Moser, L. E. w., C. D., Zg, Mungall, A. J., Yc, Yc, K., Mutch, Aah, D., Muzny, Aai, D. M., Myers, Aaj, J., Newton, Aj, Y., Noble, M. S. b., O’Donnell, Aak, P., Aal, B. P., Ochoa, Aam, J. -W., Parker, Aan, J. S., Pass, Aao, H., Pastore, Pennell, Aap, N. A., Perou, Aaq, C. M., Petrelli, Aar, N., Potapova, Aas, O., Rader, Aat, J. S., Ramalingam, Aau, S., Rathmell, Aav, W. K., Reuter, Sm, V., Reynolds, S. M., Zz, Ringel, Aaw, M., Roach, Aax, J., L. R., Zg, A. G., Yc, Sadeghi, Yc, S., Saller, Aay, C., Sanchez-Vega, Wt, F., Schadendorf, Yd, Eq, D., Aaz, Schein, J. E., Yc, Schmidt, H. K. z., Schultz, Yd, N., Seethala, Aba, R., Senbabaoglu, Dg, Y., Shelton, Yw, T., Shi, Y. w., Shih, J. b., Shmulevich, Fj, Zz, I., Shriver, Abb, C., Signoretti, Fj, S., Abc, Jb, Simons, J. V. w., Singer, Abd, Sipahimalani, Yc, P., Skelly, T. J. v., Smith-McCune, Socci, N. D., Dg, Soloway, Aan, M. G., Sood, Abe, A. K., Tam, Tan, D. v., Tarnuzzer, Hv, R., Thiessen, Abf, R. H., L. B., Xg, Tsao, Xe, M., Umbricht, Ye, Lk, C., Abg, Wv, Van Den Berg, D. J., Ym, Van, Meir, Abh, E. G., Veluvolu, U. v., Voet, D. b., Weinberger, Abi, P., Weisenberger, Wigle, Abj, D., Wilkerson, M. D. v., Wilson, R. K. z., Abk, Winterhoff, Abl, B., Wiznerowicz, Abm, M., Abn, Wong, T. z., Yc, Abo, W., Yau, Zhang, H. b., Yd, H., Hv, J., The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium View Correspondence (jump link)

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Semple, C 2020, ' Pan-cancer analysis of whole genomes ', Nature, vol. 578, no. 7793, pp. 82-93 . https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6
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The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, Bristow, R, Hayes, S, Wedge, D & et al. 2020, ' Pan-cancer analysis of whole genomes ', Nature. https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6
ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium, Weischenfeldt, J L, Sidiropoulos, N, Brunak, S & Rodriguez Gonzalez, F G 2020, ' Pan-cancer analysis of whole genomes ', Nature, vol. 578, no. 7793, pp. 82-93 . https://doi.org/10.1038/s41586-020-1969-6
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Cancer is driven by genetic change, and the advent of massively parallel sequencing has enabled systematic documentation of this variation at the whole-genome scale1,2,3. Here we report the integrative analys

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Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis

Autor: Carlevaro-Fita J., Lanzos A., Feuerbach L., Hong C., Mas-Ponte D., Pedersen J. S., Abascal F., Amin S. B., Bader G. D., Barenboim J., Beroukhim R., Bertl J., Boroevich K. A., Brunak S., Campbell P. J., Chakravarty D., Chan C. W. Y., Chen K., Choi J. K., Deu-Pons J., Dhingra P., Diamanti K., Fink J. L., Fonseca N. A., Frigola J., Gambacorti Passerini C., Garsed D. W., Gerstein M., Getz G., Gonzalez-Perez A., Guo Q., Gut I. G., Haan D., Hamilton M. P., Haradhvala N. J., Harmanci A. O., Helmy M., Herrmann C., Hess J. M., Hobolth A., Hodzic E., Hornshoj H., Isaev K., Izarzugaza J. M. G., Johnson R., Johnson T. A., Juul M., Juul R. I., Kahles A., Kahraman A., Kellis M., Khurana E., Kim J., Kim J. K., Kim Y., Komorowski J., Korbel J. O., Kumar S., Larsson E., Lawrence M. S., Lee D., Lehmann K. -V., Li S., Li X., Lin Z., Liu E. M., Lochovsky L., Lou S., Madsen T., Marchal K., Martincorena I., Martinez-Fundichely A., Maruvka Y. E., McGillivray P. D., Meyerson W., Muinos F., Mularoni L., Nakagawa H., Nielsen M. M., Paczkowska M., Park K., Pich O., Pons T., Pulido-Tamayo S., Raphael B. J., Reimand J., Reyes-Salazar I., Reyna M. A., Rheinbay E., Rubin M. A., Rubio-Perez C., Sabarinathan R., Sahinalp S. C., Saksena G., Salichos L., Sander C., Schumacher S. E., Shackleton M., Shapira O., Shen C., Shrestha R., Shuai S., Sidiropoulos N., Sieverling L., Sinnott-Armstrong N., Stein L. D., Stuart J. M., Tamborero D., Tiao G., Tsunoda T., Umer H. M., Uuskula-Reimand L., Valencia A., Vazquez M., Verbeke L. P. C., Wadelius C., Wadi L., Wang J., Warrell J., Waszak S. M., Weischenfeldt J., Wheeler D. A., Wu G., Yu J., Zhang J., Zhang X., Zhang Y., Zhao Z., Zou L., von Mering C.

Publikováno v: Carlevaro-Fita, J, Lanzós, A, Feuerbach, L, Hong, C, Mas-Ponte, D, Pedersen, J S, Johnson, R, Sidiropoulos, N, Weischenfeldt, J L & Brunak, S 2020, ' Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis ', Communications Biology, vol. 3, no. 1, 56, pp. 1-16 . https://doi.org/10.1038/s42003-019-0741-7
COMMUNICATIONS BIOLOGY
Communications Biology, 3
Communications Biology, 3 (1)
Communications Biology, Vol 3, Iss 1, Pp 1-16 (2020)
Communications Biology, 3, 1
Communications Biology
Carlevaro-Fita, J, Lanzós, A, Feuerbach, L, Hong, C, Mas-Ponte, D, Pedersen, J S, PCAWG Drivers and Functional Interpretation Group, Johnson, R & PCAWG Consortium 2020, ' Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis ', Communications Biology, vol. 3, no. 1, 56 . https://doi.org/10.1038/s42003-019-0741-7
Carlevaro Fita, Joana; Lanzós, Andrés; Feuerbach, Lars; Hong, Chen; Mas-Ponte, David; Pedersen, Jakob Skou; Johnson, Rory (2020). Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis. Communications biology, 3(1), p. 56. Springer Nature 10.1038/s42003-019-0741-7

Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a growing focus of cancer genomics studies, creating the need for a resource of lncRNAs with validated cancer roles. Furthermore, it remains debated whether mutated lncRNAs can drive tumorigenesis, and whether such

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https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/317802

Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data

Autor: Paczkowska M., Barenboim J., Sintupisut N., Fox N. S., Zhu H., Abd-Rabbo D., Mee M. W., Boutros P. C., Abascal F., Amin S. B., Bader G. D., Beroukhim R., Bertl J., Boroevich K. A., Brunak S., Campbell P. J., Carlevaro-Fita J., Chakravarty D., Chan C. W. Y., Chen K., Choi J. K., Deu-Pons J., Dhingra P., Diamanti K., Feuerbach L., Fink J. L., Fonseca N. A., Frigola J., Gambacorti Passerini C., Garsed D. W., Gerstein M., Getz G., Gonzalez-Perez A., Guo Q., Gut I. G., Haan D., Hamilton M. P., Haradhvala N. J., Harmanci A. O., Helmy M., Herrmann C., Hess J. M., Hobolth A., Hodzic E., Hong C., Hornshoj H., Isaev K., Izarzugaza J. M. G., Johnson R., Johnson T. A., Juul M., Juul R. I., Kahles A., Kahraman A., Kellis M., Khurana E., Kim J., Kim J. K., Kim Y., Komorowski J., Korbel J. O., Kumar S., Lanzos A., Lawrence M. S., Lee D., Lehmann K. -V., Li S., Li X., Lin Z., Liu E. M., Lochovsky L., Lou S., Madsen T., Marchal K., Martincorena I., Martinez-Fundichely A., Maruvka Y. E., McGillivray P. D., Meyerson W., Muinos F., Mularoni L., Nakagawa H., Nielsen M. M., Park K., Pedersen J. S., Pich O., Pons T., Pulido-Tamayo S., Raphael B. J., Reyes-Salazar I., Reyna M. A., Rheinbay E., Rubin M. A., Rubio-Perez C., Sabarinathan R., Sahinalp S. C., Saksena G., Salichos L., Sander C., Schumacher S. E., Shackleton M., Shapira O., Shen C., Shrestha R., Shuai S., Sidiropoulos N., Sieverling L., Sinnott-Armstrong N., Stein L. D., Stuart J. M., Tamborero D., Tiao G., Tsunoda T., Umer H. M., Uuskula-Reimand L., Valencia A., Vazquez M., Verbeke L. P. C., Wadelius C., Wadi L., Wang J., Warrell J., Waszak S. M., Weischenfeldt J., Wheeler D. A., Wu G., Yu J., Zhang J., Zhang X., Zhang Y., Zhao Z., Zou L., von Mering C., Reimand J.

Publikováno v: Nature Communications, 11, 1
Paczkowska, M, Barenboim, J, Sintupisut, N, Fox, N S, Zhu, H, Abd-Rabbo, D, Mee, M W, Boutros, P C, Abascal, F, Amin, S B, Bader, G D, Beroukhim, R, Bertl, J, Boroevich, K A, Brunak, S, Campbell, P J, Carlevaro-Fita, J, Chakravarty, D, Chan, C W Y, Chen, K, Choi, J K, Deu-Pons, J, Dhingra, P, Diamanti, K, Feuerbach, L, Fink, J L, Fonseca, N A, Frigola, J, Gambacorti-Passerini, C, Garsed, D W, Gerstein, M, Getz, G, Gonzalez-Perez, A, Guo, Q, Gut, I G, Haan, D, Hamilton, M P, Haradhvala, N J, Harmanci, A O, Helmy, M, Herrmann, C, Hess, J M, Hobolth, A, Hodzic, E, Hong, C, Hornshøj, H, Nielsen, M M, Pedersen, J S, Sidiropoulos, N & Weischenfeldt, J 2020, ' Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data ', Nature Communications, vol. 11, no. 1, 735 . https://doi.org/10.1038/s41467-019-13983-9
Nature Communications, 11
Paczkowska, M, Barenboim, J, Sintupisut, N, Fox, N S, Zhu, H, Abd-Rabbo, D, Mee, M W, Boutros, P C, PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group, Reimand, J & PCAWG Consortium 2020, ' Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data ', Nature Communications, vol. 11, no. 1, 735 . https://doi.org/10.1038/s41467-019-13983-9
Nature communications, vol 11, iss 1
Nature Communications, Vol 11, Iss 1, Pp 1-16 (2020)
NATURE COMMUNICATIONS
Nature Communications, 11 (1)
Nature Communications
Paczkowska, Marta; Barenboim, Jonathan; Sintupisut, Nardnisa; Fox, Natalie S; Zhu, Helen; Abd-Rabbo, Diala; Mee, Miles W; Boutros, Paul C; Reimand, Jüri (2020). Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data. Nature communications, 11(1), p. 735. 10.1038/s41467-019-13983-9

Multi-omics datasets represent distinct aspects of the central dogma of molecular biology. Such high-dimensional molecular profiles pose challenges to data interpretation and hypothesis generation. ActivePathways is an integrative method that discove

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Sex differences in oncogenic mutational processes

Autor: Li C. H., Prokopec S. D., Sun R. X., Yousif F., Schmitz N., Al-Shahrour F., Atwal G., Bailey P. J., Biankin A. V., Boutros P. C., Campbell P. J., Chang D. K., Cooke S. L., Deshpande V., Faltas B. M., Faquin W. C., Garraway L., Getz G., Grimmond S. M., Haider S., Hoadley K. A., Jiao W., Kaiser V. B., Karlic R., Kato M., Kubler K., Lazar A. J., Louis D. N., Margolin A., Martin S., Nahal-Bose H. K., Nielsen G. P., Nik-Zainal S., Omberg L., P'ng C., Perry M. D., Polak P., Rheinbay E., Rubin M. A., Semple C. A., Sgroi D. C., Shibata T., Siebert R., Smith J., Stein L. D., Stobbe M. D., Thai K., Wright D. W., Wu C. -L., Yuan K., Zhang J., Aaltonen L. A., Abascal F., Abeshouse A., Aburatani H., Adams D. J., Agrawal N., Ahn K. S., Ahn S. -M., Aikata H., Akbani R., Akdemir K. C., Al-Ahmadie H., Al-Sedairy S. T., Alawi M., Albert M., Aldape K., Alexandrov L. B., Ally A., Alsop K., Alvarez E. G., Amary F., Amin S. B., Aminou B., Ammerpohl O., Anderson M. 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Publikováno v: Nature Communications, 11 (1)
Nature communications, vol 11, iss 1
11:4330
Nature Communications
Li, C H, Prokopec, S D, Sun, R X, Yousif, F, Schmitz, N, PCAWG Tumour Subtypes and Clinical Translation, Boutros, P C & PCAWG Consortium 2020, ' Sex differences in oncogenic mutational processes ', Nature Communications, vol. 11, 4330 . https://doi.org/10.1038/s41467-020-17359-2
Nature Communications, 11
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Li, Constance H; Prokopec, Stephenie D; Sun, Ren X; Yousif, Fouad; Schmitz, Nathaniel; Boutros, Paul C (2020). Sex differences in oncogenic mutational processes. Nature communications, 11(1), p. 4330. 10.1038/s41467-020-17359-2
RUO. Repositorio Institucional de la Universidad de Oviedo
Nature communications, 11 (1
Nature communications, 11(1):4330. Nature Publishing Group
NATURE COMMUNICATIONS
Nature Communications, 11, 1
Li, C H, Prokopec, S D, Sun, R X, Yousif, F, Schmitz, N, Boutros, P C, PCAWG Tumour Subtypes and Clinical Translation & Brunak, S 2020, ' Sex differences in oncogenic mutational processes ', Nature Communications, vol. 11, no. 1, 4330 . https://doi.org/10.1038/s41467-020-17359-2
Nature Communications, Vol 11, Iss 1, Pp 1-24 (2020)
Dipòsit Digital de la UB
Universidad de Barcelona
Li, C H, Prokopec, S D, Sun, R X, Yousif, F, Schmitz, N & Boutros, P C 2020, ' Sex differences in oncogenic mutational processes ', Nat Commun, vol. 11, no. 1, pp. 4330 . https://doi.org/10.1038/s41467-020-17359-2
Nature Communications, 11(1):4330. Nature Publishing Group

Publisher's version (útgefin grein)
Sex differences have been observed in multiple facets of cancer epidemiology, treatment and biology, and in most cancers outside the sex organs. Efforts to link these clinical differences to specific molecula

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::a728e03fc4c3f01c49f94ad9a871270c
http://hdl.handle.net/11577/3348317

Erratum: The Immune Landscape of Cancer (Immunity (2018) 48(4) (812–830.e14), (S1074761318301213), (10.1016/j.immuni.2018.03.023))

Autor: Thorsson, V., Gibbs, D. L., Brown, S. D., Wolf, D., Bortone, D. S., Ou Yang, T. -H., Porta-Pardo, E., Gao, G. F., Plaisier, C. L., Eddy, J. A., Ziv, E., Culhane, A. C., Paull, E. O., Sivakumar, I. K. A., Gentles, A. J., Malhotra, R., Farshidfar, F., Colaprico, A., Parker, J. S., Mose, L. E., N. S., Vo, Liu, J., Liu, Y., Rader, J., Dhankani, V., Reynolds, S. M., Bowlby, R., Califano, A., Cherniack, A. D., Anastassiou, D., Bedognetti, D., Mokrab, Y., Newman, A. M., Rao, A., Chen, K., Krasnitz, A., Hu, H., Malta, T. M., Noushmehr, H., Pedamallu, C. S., Bullman, S., Ojesina, A. I., Lamb, A., Zhou, W., Shen, H., Choueiri, T. K., Weinstein, J. N., Guinney, J., Saltz, J., Holt, R. A., Rabkin, C. S., Caesar-Johnson, S. J., Demchok, J. A., Felau, I., Kasapi, M., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Zhang, J. 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D., Ally, A., Balasundaram, M., Brooks, D., Carlsen, R., Chuah, E., Dhalla, N., Holt, R., Jones, S. J. M., Kasaian, K., Lee, D., Ma, Y., Marra, M. A., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Mungall, K., Robertson, A. G., Sadeghi, S., Schein, J. E., Sipahimalani, P., Tam, A., Thiessen, N., Tse, K., Wong, T., Berger, A. C., Beroukhim, R., Cibulskis, C., Gabriel, S. B., Ha, G., Meyerson, M., Schumacher, S. E., Shih, J., Kucherlapati, M. H., Kucherlapati, R. S., Baylin, S., Cope, L., Danilova, L., Bootwalla, M. S., Lai, P. H., Maglinte, D. T., Van Den Berg, D. J., Weisenberger, D. J., Auman, J. T., Balu, S., Bodenheimer, T., Fan, C., Hoadley, K. A., Hoyle, A. P., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Perou, A. H., Perou, C. M., Roach, J., Shi, Y., Simons, J. V., Skelly, T., Soloway, M. G., Tan, D., Veluvolu, U., Fan, H., Hinoue, T., Laird, P. W., Bellair, M., Chang, K., Covington, K., Creighton, C. J., Dinh, H., Doddapaneni, H., Donehower, L. A., Drummond, J., Gibbs, R. A., Glenn, R., Hale, W., Han, Y., Hu, J., Korchina, V., Lee, S., Lewis, L., Li, W., Liu, X., Morgan, M., Morton, D., Muzny, D., Santibanez, J., Sheth, M., Shinbrot, E., Wang, L., Wang, M., Wheeler, D. A., Xi, L., Zhao, F., Hess, J., Appelbaum, E. L., Bailey, M., Cordes, M. G., Ding, L., Fronick, C. C., Fulton, L. A., Fulton, R. S., Kandoth, C., Mardis, E. R., Mclellan, M. D., Miller, C. A., Schmidt, H. K., Wilson, R. K., Crain, D., Curley, E., Gardner, J., Lau, K., Mallery, D., Morris, S., Paulauskis, J., Penny, R., Shelton, C., Shelton, T., Sherman, M., Thompson, E., Yena, P., Bowen, J., Gastier-Foster, J. M., Gerken, M., Leraas, K. M., Lichtenberg, T. M., Ramirez, N. C., Wise, L., Zmuda, E., Corcoran, N., Costello, T., Hovens, C., Carvalho, A. L., de Carvalho, A. C., Fregnani, J. H., Longatto-Filho, A., Reis, R. M., Scapulatempo-Neto, C., Silveira, H. C. S., Vidal, D. O., Burnette, A., Eschbacher, J., Hermes, B., Noss, A., Singh, R., Anderson, M. L., Castro, P. D., Ittmann, M., Huntsman, D., Kohl, B., Le, X., Thorp, R., Andry, C., Duffy, E. R., Lyadov, V., Paklina, O., Setdikova, G., Shabunin, A., Tavobilov, M., Mcpherson, C., Warnick, R., Berkowitz, R., Cramer, D., Feltmate, C., Horowitz, N., Kibel, A., Muto, M., Raut, C. P., Malykh, A., Barnholtz-Sloan, J. S., Barrett, W., Devine, K., Fulop, J., Ostrom, Q. T., Shimmel, K., Wolinsky, Y., Sloan, A. E., De Rose, A., Giuliante, F., Goodman, M., Karlan, B. Y., Hagedorn, C. H., Eckman, J., Harr, J., Myers, J., Tucker, K., Zach, L. A., Deyarmin, B., Kvecher, L., Larson, C., Mural, R. J., Somiari, S., Vicha, A., Zelinka, T., Bennett, J., Iacocca, M., Rabeno, B., Swanson, P., Latour, M., Lacombe, L., Tetu, B., Bergeron, A., Mcgraw, M., Staugaitis, S. M., Chabot, J., Hibshoosh, H., Sepulveda, A., Su, T., Wang, T., Potapova, O., Voronina, O., Desjardins, L., Mariani, O., Roman-Roman, S., Sastre, X., Stern, M. -H., Cheng, F., Signoretti, S., Berchuck, A., Bigner, D., Lipp, E., Marks, J., Mccall, S., Mclendon, R., Secord, A., Sharp, A., Behera, M., Brat, D. J., Chen, A., Delman, K., Force, S., Khuri, F., Magliocca, K., Maithel, S., Olson, J. J., Owonikoko, T., Pickens, A., Ramalingam, S., Shin, D. M., Sica, G., Van Meir, E. G., Eijckenboom, W., Gillis, A., Korpershoek, E., Looijenga, L., Oosterhuis, W., Stoop, H., van Kessel, K. E., Zwarthoff, E. C., Calatozzolo, C., Cuppini, L., Cuzzubbo, S., Dimeco, F., Finocchiaro, G., Mattei, L., Perin, A., Pollo, B., Chen, C., Houck, J., Lohavanichbutr, P., Hartmann, A., Stoehr, C., Stoehr, R., Taubert, H., Wach, S., Wullich, B., Kycler, W., Murawa, D., Wiznerowicz, M., Chung, K., Edenfield, W. J., Martin, J., Baudin, E., Bubley, G., Bueno, R., De Rienzo, A., Richards, W. G., Kalkanis, S., Mikkelsen, T., Scarpace, L., Girard, N., Aymerich, M., Campo, E., Gine, E., Guillermo, A. L., Van Bang, N., Hanh, P. T., Phu, B. D., Tang, Y., Colman, H., Evason, K., Dottino, P. R., Martignetti, J. A., Gabra, H., Juhl, H., Akeredolu, T., Stepa, S., Hoon, D., Ahn, K., Kang, K. J., Beuschlein, F., Breggia, A., Birrer, M., Bell, D., Borad, M., Bryce, A. H., Castle, E., Chandan, V., Cheville, J., Copland, J. A., Farnell, M., Flotte, T., Giama, N., Ho, T., Kendrick, M., Kocher, J. -P., Kopp, K., Moser, C., Nagorney, D., O'Brien, D., O'Neill, B. P., Patel, T., Petersen, G., Que, F., Rivera, M., Roberts, L., Smallridge, R., Smyrk, T., Stanton, M., Thompson, R. H., Torbenson, M., Yang, J. D., Zhang, L., Brimo, F., Ajani, J. A., Gonzalez, A. M. A., Behrens, C., Bondaruk, J., Broaddus, R., Czerniak, B., Esmaeli, B., Fujimoto, J., Gershenwald, J., Guo, C., Lazar, A. J., Logothetis, C., Meric-Bernstam, F., Moran, C., Ramondetta, L., Rice, D., Sood, A., Tamboli, P., Thompson, T., Troncoso, P., Tsao, A., Wistuba, I., Carter, C., Haydu, L., Hersey, P., Jakrot, V., Kakavand, H., Kefford, R., Lee, K., Long, G., Mann, G., Quinn, M., Saw, R., Scolyer, R., Shannon, K., Spillane, A., Stretch, O., Synott, M., Thompson, J., Wilmott, J., Al-Ahmadie, H., Chan, T. A., Ghossein, R., Gopalan, A., Levine, D. A., Reuter, V., Singer, S., Singh, B., Tien, N. V., Broudy, T., Mirsaidi, C., Nair, P., Drwiega, P., Miller, J., Smith, J., Zaren, H., Park, J. -W., Hung, N. P., Kebebew, E., Linehan, W. M., Metwalli, A. R., Pacak, K., Pinto, P. A., Schiffman, M., Schmidt, L. S., Vocke, C. D., Wentzensen, N., Worrell, R., Yang, H., Moncrieff, M., Goparaju, C., Melamed, J., Pass, H., Botnariuc, N., Caraman, I., Cernat, M., Chemencedji, I., Clipca, A., Doruc, S., Gorincioi, G., Mura, S., Pirtac, M., Stancul, I., Tcaciuc, D., Albert, M., Alexopoulou, I., Arnaout, A., Bartlett, J., Engel, J., Gilbert, S., Parfitt, J., Sekhon, H., Thomas, G., Rassl, D. M., Rintoul, R. C., Bifulco, C., Tamakawa, R., Urba, W., Hayward, N., Timmers, H., Antenucci, A., Facciolo, F., Grazi, G., Marino, M., Merola, R., de Krijger, R., Gimenez-Roqueplo, A. -P., Piche, A., Chevalier, S., Mckercher, G., Birsoy, K., Barnett, G., Brewer, C., Farver, C., Naska, T., Pennell, N. A., Raymond, D., Schilero, C., Smolenski, K., Williams, F., Morrison, C., Borgia, J. A., Liptay, M. J., Pool, M., Seder, C. W., Junker, K., Omberg, L., Dinkin, M., Manikhas, G., Alvaro, D., Bragazzi, M. C., Cardinale, V., Carpino, G., Gaudio, E., Chesla, D., Cottingham, S., Dubina, M., Moiseenko, F., Dhanasekaran, R., Becker, K. -F., Janssen, K. -P., Slotta-Huspenina, J., Abdel-Rahman, M. H., Aziz, D., Bell, S., Cebulla, C. M., Davis, A., Duell, R., Elder, J. B., Hilty, J., Kumar, B., Lang, J., Lehman, N. L., Mandt, R., Nguyen, P., Pilarski, R., Rai, K., Schoenfield, L., Senecal, K., Wakely, P., Hansen, P., Lechan, R., Powers, J., Tischler, A., Grizzle, W. E., Sexton, K. C., Kastl, A., Henderson, J., Porten, S., Waldmann, J., Fassnacht, M., Asa, S. L., Schadendorf, D., Couce, M., Graefen, M., Huland, H., Sauter, G., Schlomm, T., Simon, R., Tennstedt, P., Olabode, O., Nelson, M., Bathe, O., Carroll, P. R., Chan, J. M., Disaia, P., Glenn, P., Kelley, R. K., Landen, C. N., Phillips, J., Prados, M., Simko, J., Smith-McCune, K., Vandenberg, S., Roggin, K., Fehrenbach, A., Kendler, A., Sifri, S., Steele, R., Jimeno, A., Carey, F., Forgie, I., Mannelli, M., Carney, M., Hernandez, B., Campos, B., Herold-Mende, C., Jungk, C., Unterberg, A., von Deimling, A., Bossler, A., Galbraith, J., Jacobus, L., Knudson, M., Knutson, T., Ma, D., Milhem, M., Sigmund, R., Godwin, A. K., Madan, R., Rosenthal, H. G., Adebamowo, C., Adebamowo, S. N., Boussioutas, A., Beer, D., Giordano, T., Mes-Masson, A. -M., Saad, F., Bocklage, T., Landrum, L., Mannel, R., Moore, K., Moxley, K., Postier, R., Walker, J., Zuna, R., Feldman, M., Valdivieso, F., Dhir, R., Luketich, J., Pinero, E. M. M., Quintero-Aguilo, M., Carlotti, C. G., Dos Santos, J. S., Kemp, R., Sankarankuty, A., Tirapelli, D., Catto, J., Agnew, K., Swisher, E., Creaney, J., Robinson, B., Shelley, C. S., Godwin, E. M., Kendall, S., Shipman, C., Bradford, C., Carey, T., Haddad, A., Moyer, J., Peterson, L., Prince, M., Rozek, L., Wolf, G., Bowman, R., Fong, K. M., Yang, I., Korst, R., Rathmell, W. K., Fantacone-Campbell, J. L., Hooke, J. A., Kovatich, A. J., Shriver, C. D., Dipersio, J., Drake, B., Govindan, R., Heath, S., Ley, T., Van Tine, B., Westervelt, P., Rubin, M. A., Lee, J. I., Aredes, N. D., Mariamidze, A., Serody, J. S., Demicco, E. G., Disis, M. L., Vincent, B. G.

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=od______3686::9341ca1ed6a43cda47029ad75915a1cc
http://hdl.handle.net/11573/1347368