Mutational biases favor complexity increases in protein interaction networks after gene duplication.

Autor: Cisneros AF; Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique, Faculté des sciences et de génie, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; Institut de biologie intégrative et des systèmes, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; Centre de recherche sur les données massives, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; Department of Chemical and Structural Biology, Weizmann Institute of Science, 7610001, Rehovot, Israel., Nielly-Thibault L; Institut de biologie intégrative et des systèmes, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; Centre de recherche sur les données massives, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada.; Département de biologie, Faculté des sciences et de génie, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada., Mallik S; Department of Chemical and Structural Biology, Weizmann Institute of Science, 7610001, Rehovot, Israel., Levy ED; Department of Chemical and Structural Biology, Weizmann Institute of Science, 7610001, Rehovot, Israel., Landry CR; Département de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique, Faculté des sciences et de génie, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada. christian.landry@bio.ulaval.ca.; Institut de biologie intégrative et des systèmes, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada. christian.landry@bio.ulaval.ca.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada. christian.landry@bio.ulaval.ca.; Centre de recherche sur les données massives, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada. christian.landry@bio.ulaval.ca.; Département de biologie, Faculté des sciences et de génie, Université Laval, G1V 0A6, Québec, Canada. christian.landry@bio.ulaval.ca.

Publikováno v: Molecular systems biology [Mol Syst Biol] 2024 May; Vol. 20 (5), pp. 549-572. Date of Electronic Publication: 2024 Mar 18.

Hybrid adaptation is hampered by Haldane's sieve.

Autor: Bautista C; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Canada. c.bautistarourjc@gmail.com.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada. c.bautistarourjc@gmail.com.; Regroupement québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université Laval, Québec, Canada. c.bautistarourjc@gmail.com.; Centre de Recherche en Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Canada. c.bautistarourjc@gmail.com., Gagnon-Arsenault I; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada.; Regroupement québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université Laval, Québec, Canada.; Centre de Recherche en Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada., Utrobina M; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada.; National University of Kyiv-Mohyla Academy, Kyiv, Ukraine., Fijarczyk A; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada.; Regroupement québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université Laval, Québec, Canada.; Centre de Recherche en Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Canada., Bendixsen DP; Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden., Stelkens R; Department of Zoology, Stockholm University, Stockholm, Sweden., Landry CR; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Canada. Christian.landry@bio.ulaval.ca.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada. Christian.landry@bio.ulaval.ca.; Regroupement québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université Laval, Québec, Canada. Christian.landry@bio.ulaval.ca.; Centre de Recherche en Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Canada. Christian.landry@bio.ulaval.ca.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Canada. Christian.landry@bio.ulaval.ca.

Publikováno v: Nature communications [Nat Commun] 2024 Nov 28; Vol. 15 (1), pp. 10319. Date of Electronic Publication: 2024 Nov 28.

Most azole resistance mutations in the Candida albicans drug target confer cross-resistance without intrinsic fitness cost.

Autor: Bédard C; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Gagnon-Arsenault I; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Boisvert J; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Plante S; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Dubé AK; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Pageau A; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Fijarczyk A; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada., Sharma J; Department of Molecular and Cellular Biology, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada., Maroc L; Department of Molecular and Cellular Biology, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada., Shapiro RS; Department of Molecular and Cellular Biology, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada., Landry CR; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada. christian.landry@bcm.ulaval.ca.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada. christian.landry@bcm.ulaval.ca.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada. christian.landry@bcm.ulaval.ca.; PROTEO, Le regroupement québécois de recherche sur la fonction, l'ingénierie et les applications des protéines, Université Laval, Québec, Québec, Canada. christian.landry@bcm.ulaval.ca.; Centre de Recherche sur les Données Massives (CRDM), Université Laval, Québec, Québec, Canada. christian.landry@bcm.ulaval.ca.

Publikováno v: Nature microbiology [Nat Microbiol] 2024 Nov; Vol. 9 (11), pp. 3025-3040. Date of Electronic Publication: 2024 Oct 08.

Patch-walking: Coordinated multi-pipette patch clamp for efficiently finding synaptic connections.

Autor: Yip MC; George W Woodruff School of Mechanical Engineering, Georgia Institute of Technology, 315 Ferst Dr, Atlanta, GA, 30363, USA., Gonzalez MM; George W Woodruff School of Mechanical Engineering, Georgia Institute of Technology, 315 Ferst Dr, Atlanta, GA, 30363, USA., Lewallen CF; Ocular and Stem Cell Translational Research Section, Ophthalmic Genetics and Visual Function Branch, National Eye Institute, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 20892, USA., Landry CR; Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering, Georgia Institute of Technology, 315 Ferst Dr, Atlanta, GA, 30363, USA., Kolb I; GENIE Project Team, Janelia Research Campus Howard Hughes Medical Institute, Ashburn, VA, 20147, USA., Yang B; George W Woodruff School of Mechanical Engineering, Georgia Institute of Technology, 315 Ferst Dr, Atlanta, GA, 30363, USA., Stoy WM; Department of Electrical Engineering, Columbia University, New York, NY, 10027, USA., Fong MF; Wallace H. Coulter Department of Biomedical Engineering, Georgia Institute of Technology, 315 Ferst Dr, Atlanta, GA, 30363, USA., Rowan MJM; Department of Cell Biology, Emory University, 615 Michael St, Atlanta, GA, 30322, USA., Boyden ES; Department of Brain and Cognitive Science, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA.; McGovern Institute for Brain Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA.; Howard Hughes Medical Institute, Cambridge, MA, USA., Forest CR; George W Woodruff School of Mechanical Engineering, Georgia Institute of Technology, 315 Ferst Dr, Atlanta, GA, 30363, USA.

Publikováno v: BioRxiv : the preprint server for biology [bioRxiv] 2024 Aug 15. Date of Electronic Publication: 2024 Aug 15.

Deep mutational scanning of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase reveals allosteric mechanism of resistance to an antifolate.

Autor: Rouleau FD; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL), Québec, Québec, Canada., Dubé AK; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada., Gagnon-Arsenault I; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada., Dibyachintan S; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL), Québec, Québec, Canada., Pageau A; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL), Québec, Québec, Canada., Després PC; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL), Québec, Québec, Canada., Lagüe P; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL), Québec, Québec, Canada., Landry CR; Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS), Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Département de Biochimie, de Microbiologie et de Bio-Informatique, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.; Regroupement Québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines (PROTEO), Université du Québec à Montréal, Montréal, Québec, Canada.; Centre de recherche en données massives de l'Université Laval (CRDM_UL), Québec, Québec, Canada.; Département de Biologie, Faculté des Sciences et de Génie, Université Laval, Québec, Québec, Canada.

Publikováno v: PLoS genetics [PLoS Genet] 2024 Apr 29; Vol. 20 (4), pp. e1011252. Date of Electronic Publication: 2024 Apr 29 (Print Publication: 2024).