Zobrazeno 1 - 10
of 20
pro vyhledávání: '"Lakrisenko P"'
Estimating parameters of dynamic models from experimental data is a challenging, and often computationally-demanding task. It requires a large number of model simulations and objective function gradient computations, if gradient-based optimization is
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2405.16524
Autor:
Schälte, Yannik, Fröhlich, Fabian, Jost, Paul J., Vanhoefer, Jakob, Pathirana, Dilan, Stapor, Paul, Lakrisenko, Polina, Wang, Dantong, Raimúndez, Elba, Merkt, Simon, Schmiester, Leonard, Städter, Philipp, Grein, Stephan, Dudkin, Erika, Doresic, Domagoj, Weindl, Daniel, Hasenauer, Jan
Mechanistic models are important tools to describe and understand biological processes. However, they typically rely on unknown parameters, the estimation of which can be challenging for large and complex systems. We present pyPESTO, a modular framew
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2305.01821
Autor:
Lakrisenko, Polina, Weindl, Daniel
As metabolomics datasets are becoming larger and more complex, there is an increasing need for model-based data integration and analysis to optimally leverage these data. Dynamical models of metabolism allow for the integration of heterogeneous data
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2105.10365
Autor:
Schmiester, Leonard, Schälte, Yannik, Bergmann, Frank T., Camba, Tacio, Dudkin, Erika, Egert, Janine, Fröhlich, Fabian, Fuhrmann, Lara, Hauber, Adrian L., Kemmer, Svenja, Lakrisenko, Polina, Loos, Carolin, Merkt, Simon, Müller, Wolfgang, Pathirana, Dilan, Raimúndez, Elba, Refisch, Lukas, Rosenblatt, Marcus, Stapor, Paul L., Städter, Philipp, Wang, Dantong, Wieland, Franz-Georg, Banga, Julio R., Timmer, Jens, Villaverde, Alejandro F., Sahle, Sven, Kreutz, Clemens, Hasenauer, Jan, Weindl, Daniel
Reproducibility and reusability of the results of data-based modeling studies are essential. Yet, there has been -- so far -- no broadly supported format for the specification of parameter estimation problems in systems biology. Here, we introduce PE
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2004.01154
Autor:
Polina Lakrisenko, Paul Stapor, Stephan Grein, Łukasz Paszkowski, Dilan Pathirana, Fabian Fröhlich, Glenn Terje Lines, Daniel Weindl, Jan Hasenauer
Publikováno v:
PLoS Computational Biology, Vol 19, Iss 1, p e1010783 (2023)
Dynamical models in the form of systems of ordinary differential equations have become a standard tool in systems biology. Many parameters of such models are usually unknown and have to be inferred from experimental data. Gradient-based optimization
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/154d58c3a25b4b748e7ec79817755d57
Autor:
Leonard Schmiester, Yannik Schälte, Frank T Bergmann, Tacio Camba, Erika Dudkin, Janine Egert, Fabian Fröhlich, Lara Fuhrmann, Adrian L Hauber, Svenja Kemmer, Polina Lakrisenko, Carolin Loos, Simon Merkt, Wolfgang Müller, Dilan Pathirana, Elba Raimúndez, Lukas Refisch, Marcus Rosenblatt, Paul L Stapor, Philipp Städter, Dantong Wang, Franz-Georg Wieland, Julio R Banga, Jens Timmer, Alejandro F Villaverde, Sven Sahle, Clemens Kreutz, Jan Hasenauer, Daniel Weindl
Publikováno v:
PLoS Computational Biology, Vol 17, Iss 1, p e1008646 (2021)
Reproducibility and reusability of the results of data-based modeling studies are essential. Yet, there has been-so far-no broadly supported format for the specification of parameter estimation problems in systems biology. Here, we introduce PEtab, a
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/c3dd6d0bbd004deaba2fc5b1d5df8992
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.