Výsledky vyhledávání - "Joaquín Tárraga"

Akademický článek

VISMapper: ultra-fast exhaustive cartography of viral insertion sites for gene therapy

Autor: José M. Juanes, Asunción Gallego, Joaquín Tárraga, Felipe J. Chaves, Pablo Marín-Garcia, Ignacio Medina, Vicente Arnau, Joaquín Dopazo

Publikováno v: BMC Bioinformatics, Vol 18, Iss 1, Pp 1-5 (2017)

Abstract Background The possibility of integrating viral vectors to become a persistent part of the host genome makes them a crucial element of clinical gene therapy. However, viral integration has associated risks, such as the unintentional activati

Externí odkaz: https://doaj.org/article/657e533142b04fec94d76a62bf742616

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A framework for genomic sequencing on clusters of multicore and manycore processors

Autor: Maribel Castillo, Joaquín Dopazo, Ignacio Medina, Sergio Barrachina, Enrique S. Quintana-Ortí, Joaquín Tárraga, Héctor Martínez

Publikováno v: INTERNATIONAL JOURNAL OF HIGH PERFORMANCE COMPUTING APPLICATIONS
r-CIPF: Repositorio Institucional Producción Científica del Centro de Investigación Principe Felipe (CIPF)
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Repositori Universitat Jaume I
Universitat Jaume I
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RiuNet. Repositorio Institucional de la Universitat Politécnica de Valéncia

[EN] The advances in genomic sequencing during the past few years have motivated the development of fast and reliable software for DNA/RNA sequencing on current high performance architectures. Most of these efforts target multicore processors, only a

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::854d9f116293ec7b3673318200f1bf80
https://fundanet.cipf.es/Publicaciones/ProdCientif/PublicacionFrw.aspx?id=2243

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Babelomics 5.0: functional interpretation for new generations of genomic data

Autor: Luz Garcia-Alonso, Joaquín Dopazo, Francisco García-García, Ignacio Medina, Rubén Sánchez, Roberto Alonso, Alejandro Alemán, Joaquín Tárraga, Marta Bleda, Pablo Marin-Garcia, David Montaner, Marta R. Hidalgo, Daniel Perez-Gil, José Carbonell-Caballero, Alba Sanchis-Juan, Rosa D. Hernansaiz-Ballesteros, Alicia Amadoz, Francisco Salavert, Cankut Çubuk

Publikováno v: Nucleic Acids Research
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
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Europe PubMed Central

Babelomics has been running for more than one decade offering a user-friendly interface for the functional analysis of gene expression and genomic data. Here we present its fifth release, which includes support for Next Generation Sequencing data inc

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::dd63ea9488e35c53a598e73daa7eca59
https://doi.org/10.1093/nar/gkv384

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HGVA: the Human Genome Variation Archive

Autor: Swaathi Kandasamy, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Wasim Bari, Jacobo Coll, Joaquín Dopazo, Pedro Furió-Tarí, Matthias Haimel, Stefan Gräf, Antonio Rueda, Marta Bleda, Augusto Rendon, Javier Santoyo López

Publikováno v: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
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Nucleic Acids Research

High-profile genomic variation projects like the 1000 Genomes project or the Exome Aggregation Consortium, are generating a wealth of human genomic variation knowledge which can be used as an essential reference for identifying disease-causing genoty

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::a0fa9fcadb898154999bac29f880f120
https://fundanet.cipf.es/Publicaciones/ProdCientif/PublicacionFrw.aspx?id=1319

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A new parallel pipeline for DNA methylation analysis of long reads datasets

Autor: Ricardo Olanda, Joaquín Dopazo, Joaquín Tárraga, Mariano Pérez, Juan M. Orduña

Publikováno v: BMC BIOINFORMATICS
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BMC Bioinformatics
Olanda Rodríguez, Ricardo Pérez Martínez, Mariano Orduña Huertas, Juan Manuel Tárraga, Joaquín Dopazo Blázquez, Joaquín 2017 A new parallel pipeline for DNA methylation analysis of long reads datasets Bmc Bioinformatics 18 161
RODERIC. Repositorio Institucional de la Universitat de Valéncia
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Background DNA methylation is an important mechanism of epigenetic regulation in development and disease. New generation sequencers allow genome-wide measurements of the methylation status by reading short stretches of the DNA sequence (Methyl-seq).

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::dc5f0576af07d3f47b973a748c10d9d7
https://fundanet.cipf.es/Publicaciones/ProdCientif/PublicacionFrw.aspx?id=1351

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Highly sensitive and ultrafast read mapping for RNA-seq analysis

Autor: Joaquín Dopazo, Ignacio Medina, J. Paschall, I. Blanquer-Espert, Héctor Martínez, J. Salavert-Torres, V. Hernández-García, Maribel Castillo, Joaquín Tárraga, Enrique S. Quintana-Ortí, Sergio Barrachina

Publikováno v: DNA RESEARCH
r-IIS La Fe. Repositorio Institucional de Producción Científica del Instituto de Investigación Sanitaria La Fe
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Repositori Universitat Jaume I
Universitat Jaume I
DNA Research: An International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes
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As sequencing technologies progress, the amount of data produced grows exponentially, shifting the bottleneck of discovery towards the data analysis phase. In particular, currently available mapping solutions for RNA-seq leave room for improvement in

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::42a48d85298806e3894913163206cea3
https://fundanet.iislafe.san.gva.es/publicaciones/ProdCientif/PublicacionFrw.aspx?id=9924

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Babelomics: advanced functional profiling of transcriptomics, proteomics and genomics experiments

Autor: Pablo Minguez, Eva Alloza, Ana Conesa, Joaquín Dopazo, Fatima Al-Shahrour, Joaquín Tárraga, Ignacio Medina, Stefan Goetz, José Carbonell, David Montaner

Publikováno v: Nucleic Acids Research
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
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Centro de Investigación Principe Felipe (CIPF)
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We present a new version of Babelomics, a complete suite of web tools for the functional profiling of genome scale experiments, with new and improved methods as well as more types of functional definitions. Babelomics includes different flavours of c

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::793fdd08a408185bbfe9084b60728928
https://doi.org/10.1093/nar/gkn318

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HPG pore: an efficient and scalable framework for nanopore sequencing data

Autor: Joaquín Tárraga, Joaquín Dopazo, Ignacio Medina, Asunción Gallego, Vicente Arnau

Publikováno v: BMC Bioinformatics
r-FISABIO. Repositorio Institucional de Producción Científica
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BMC BIOINFORMATICS
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The use of nanopore technologies is expected to spread in the future because they are portable and can sequence long fragments of DNA molecules without prior amplification. The first nanopore sequencer available, the MinION™ from Oxford Nanopore Te

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::32e2e4aadc4104f63417a416fd3188d4
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26921234

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Fast inexact mapping using advanced tree exploration on backward search methods

Autor: Andrés Tomás, J M Salavert, Joaquín Dopazo, Ignacio Blanquer, Ignacio Medina, Joaquín Tárraga

Publikováno v: BMC BIOINFORMATICS
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BMC Bioinformatics

Background: Short sequence mapping methods for Next Generation Sequencing consist on a combination of seeding techniques followed by local alignment based on dynamic programming approaches. Most seeding algorithms are based on backward search alignme

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::a5aae7c92b422a46e3eec702bd8b3cca
https://hdl.handle.net/10251/52360

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Concurrent and Accurate Short Read Mapping on Multicore Processors

Autor: Héctor Martínez, Enrique S. Quintana-Ortí, Sergio Barrachina, Ignacio Medina, Joaquín Tárraga, Maribel Castillo, Joaquín Dopazo

Publikováno v: IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
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Repositori Universitat Jaume I
Universitat Jaume I

We introduce a parallel aligner with a work-flow organization for fast and accurate mapping of RNA sequences on servers equipped with multicore processors. Our software, HPG Aligner SA1, exploits a suffix array to rapidly map a large fraction of the

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::97bd15f6ca942a780bfbf03650cdaec7
https://fundanet.cipf.es/Publicaciones/ProdCientif/PublicacionFrw.aspx?id=1587

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