The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update

Autor: Abueg, L.A.L., Afgan, E., Allart, O., Awan, A.H., Bacon, W.A., Baker, D., Bassetti, M., Batut, B., Bernt, M., Blankenberg, D., Bombarely, A., Bretaudeau, A., Bromhead, C.J., Burke, M.L., Capon, P.K., Čech, M., Chavero-Díez, M., Chilton, J.M., Collins, T.J., Coppens, F., Coraor, N., Cuccuru, G., Cumbo, F., Davis, J., De Geest, P.F., de Koning, W., Demko, M., DeSanto, A., Domínguez Begines, J.M., Doyle, M.A., Droesbeke, B., Erxleben-Eggenhofer, A., Föll, M.C., Formenti, G., Fouilloux, A., Gangazhe, R., Genthon, T., Goecks, J., Gonzalez Beltran, A.N., Goonasekera, N.A., Goué, N., Griffin, T.J., Grüning, B.A., Guerler, A., Gundersen, S., Gustafsson, O.J.R., Hall, C., Harrop, T.W., Hecht, H., Heidari, A., Heisner, T., Heyl, F., Hiltemann, S., Hotz, H.-R., Hyde, C.J., Jagtap, P.D., Jakiela, J., Johnson, J.E., Joshi, J., Jossé, M., Jum'ah, Khaled, Kalaš, M., Kamieniecka, Katarzyna, Kayikcioglu, T., Konkol, M., Kostrykin, L., Kucher, N., Kumar, A., Kuntz, M., Lariviere, D., Lazarus, R., Le Bras, Y., Le Corguillé, G., Lee, J., Leo, S., Liborio, L., Libouban, R., López Tabernero, D., Lopez-Delisle, L., Los, L.S., Mahmoud, A., Makunin, I., Marin, P., Mehta, S., Mok, W., Moreno, P.A., Morier-Genoud, F., Mosher, S., Müller, T., Nasr, E., Nekrutenko, A., Nelson, T.M., Oba, A.J., Ostrovsky, A., Polunina, P.V., Poterlowicz, Krzysztof, Price, E.J., Price, G.R., Rasche, H., Raubenolt, B., Royaux, C., Sargent, L., Savage, M.T., Savchenko, V., Savchenko, D., Schatz, M.C., Seguineau, P., Serrano-Solano, B., Soranzo, N., Srikakulam, S.K., Suderman, K., Syme, A.E., Tangaro, M.A., Tedds, J.A., Tekman, M., Thang, W.C.M., Thanki, A.S., Uhl, M., van den Beek, M., Varshney, D., Vessio, J., Videm, P., Von Kuster, G., Watson, G.R., Whitaker-Allen, N., Winter, U., Wolstencroft, M., Zambelli, F., Zierep, P., Zoabi, R.

Yes
Galaxy (https://galaxyproject.org) is deployed globally, predominantly through free-to-use services, supporting user-driven research that broadens in scope each year. Users are attracted to public Galaxy services by platform stability, tool

Externí odkaz: http://hdl.handle.net/10454/19930

Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.

Bioconda: sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences

Autor: Dale R., Gruning B., Sjodin A., Rowe J., Chapman B. A., Tomkins-Tinch C. H., Valieris R., Batut B., Caprez A., Cokelaer T., Yusuf D., Beauchamp K. A., Brinda K., Wollmann T., Corguille G. L., Ryan D., Bretaudeau A., Hoogstrate Y., Pedersen B. S., Heeringen S., Raden M., Luna-Valero S., Soranzo N., Smet M. D., Kuster G. V., Kirchner R., Pantano L., Charlop-Powers Z., Thornton K., Martin M., Beek M. D., Maticzka D., Miladi M., Will S., Gravouil K., Unneberg P., Brueffer C., Blank C., Piro V. C., Wolff J., Antao T., Gladman S., Shlyakhter I., Hollander M., Mabon P., Shen W., Boekel J., Holtgrewe M., Bouvier D., de Ruiter J. R., Cabral J., Choudhary S., Harding N., Kleinkauf R., Enns E., Eggenhofer F., Brown J., Cock P. J. A., Timm H., Thomas C., Zhang X. -O., Chambers M., Turaga N., Seiler E., Brislawn C., Pruesse E., Fallmann J., Kelleher J., Nguyen H., Parsons L., Fang Z., Stovner E. B., Stoler N., Ye S., Wohlers I., Farouni R., Freeberg M., Johnson J. E., Bargull M., Kensche P. R., Webster T. H., Eppley J. M., Stahl C., Rose A. S., Reynolds A., Wang L. -B., Garnier X., Dirmeier S., Knudsen M., Taylor J., Srivastava A., Rai V., Agren R., Junge A., Guimera R. V., Khan A., Schmeier S., He G., Pinello L., Hagglund E., Mikheyev A. S., Preussner J., Waters N. R., Li W., Capellades J., Chande A. T., Pirola Y., Hiltemann S., Bendall M. L., Singh S., Dunn W. A., Drouin A., Domenico T. D., Bruijn I., Larson D. E., Chicco D., Grassi E., Gonnella G., B J., Wang L., Giacomoni F., Clarke E., Blankenberg D., Tran C., Patro R., Laurent S., Gopez M., Sennblad B., Baaijens J. A., Ewels P., Wright P. R., Enache O. M., Roger P., Dampier W., Koppstein D., Devisetty U. K., Rausch T., Cornwell M., Salatino A. E., Seiler J., Jung M., Kornobis E., Cumbo F., Stocker B. K., Moskalenko O., Bogema D. R., Workentine M. L., Newhouse S. J., Leprevost F. D. V., Arvai K., Koster J.

Publikováno v: Nature Methods
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2018, 15 (7), pp.475-476. ⟨10.1038/s41592-018-0046-7⟩
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2018, 15 (7), pp.475-476
Nature Methods, 2018, 15 (7), pp.475-476. ⟨10.1038/s41592-018-0046-7⟩
Nature Methods, 15(7), 475-476. Nature Publishing Group

International audience; We present Bioconda (https://bioconda.github.io), a distribution of bioinformatics software for the lightweight, multi- platform and language-agnostic package manager Conda. Currently, Bioconda o ers a collection of over 3000

Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::183f2a9d867a8a3bf8cb7ac58bc6740e
https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-02926292

Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.

Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.