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A new lineage nomenclature to aid genomic surveillance of dengue virus.

Autor: Hill V; Department of Epidemiology of Microbial Diseases, Yale School of Public Health, New Haven, Connecticut, United States of America., Cleemput S; Emweb bv, Herent, Belgium., Pereira JS; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Gifford RJ; MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, Bearsden, Glasgow, United Kingdom.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa., Fonseca V; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; Department of Exact and Earth Sciences, University of the State of Bahia, Salvador, Brazil., Tegally H; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), Nelson R. Mandela School of Medicine, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Brito AF; Instituto Todos pela Saúde, São Paulo, Brazil., Ribeiro G; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., de Souza VC; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Brcko IC; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Ribeiro IS; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., De Lima ITT; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Slavov SN; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Sampaio SC; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Elias MC; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Tran VT; Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh City, Vietnam., Kien DTH; Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh City, Vietnam., Huynh T; Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh City, Vietnam., Yacoub S; Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh City, Vietnam., Dieng I; Arboviruses and Haemorrhagic Fever Viruses Unit, Virology Department, Institut Pasteur de Dakar, Dakar, Senegal., Salvato R; Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul (CDCT/CEVS/SES-RS), Rio Grande do Sul, Brazil., Wallau GL; Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)-Fundação Oswaldo Cruz-FIOCRUZ, Recife, Brazil.; Department of Arbovirology, Bernhard Nocht Institute for Tropical Medicine, WHO Collaborating Center for Arbovirus and Hemorrhagic Fever Reference, Hamburg, Germany.; National Reference Center for Tropical Infectious Diseases. Bernhard, Hamburg, Germany., Gregianini TS; Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul (CDCT/CEVS/SES-RS), Rio Grande do Sul, Brazil., Godinho FMS; Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul (CDCT/CEVS/SES-RS), Rio Grande do Sul, Brazil., Vogels CBF; Department of Epidemiology of Microbial Diseases, Yale School of Public Health, New Haven, Connecticut, United States of America., Breban MI; Department of Epidemiology of Microbial Diseases, Yale School of Public Health, New Haven, Connecticut, United States of America., Leguia M; Genomics Laboratory, Pontificia Universidad Católica del Peru, Lima, Peru., Jagtap S; Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Science, Bengaluru, Karnataka, India., Roy R; Department of Chemical Engineering, Indian Institute of Science, Bengaluru, Karnataka, India.; Center for BioSystems Science and Engineering, Indian Institute of Science, Bengaluru, Karnataka, India., Hapuarachchi C; Environmental Health Institute, National Environment Agency, Singapore., Mwanyika G; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; Department of Applied Sciences, Mbeya University of Science and Technology (MUST), Mbeya, Tanzania., Giovanetti M; Department of Sciences and Technologies for Sustainable Development and One Health, Universita Campus Bio-Medico di Roma, Roma, Italy.; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.; Climate Amplified Diseases and Epidemics (CLIMADE), Minas Gerais, Brazil., Alcantara LCJ; Instituto René Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Minas Gerais, Brazil.; Climate Amplified Diseases and Epidemics (CLIMADE), Minas Gerais, Brazil., Faria NR; MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Jameel Institute, Imperial College London, London, United Kingdom.; Instituto de Medicina Tropical, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil., Carrington CVF; Department of Preclinical Sciences, The University of the West Indies, St. Augustine Campus, St. Augustine, Trinidad and Tobago., Hanley KA; Department of Biology, New Mexico State University, Las Cruces, New Mexico, United States of America., Holmes EC; Sydney Institute for Infectious Diseases, School of Medical Sciences, The University of Sydney, Sydney, Australia., Dumon W; Emweb bv, Herent, Belgium., Lima ARJ; Centro para Vigilância Viral e Avaliação Sorológica (CeVIVAS), Instituto Butantan, São Paulo, Brazil., Oliveira T; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), Nelson R. Mandela School of Medicine, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Department of Global Health, University of Washington, Seattle, Washington, United States of America., Grubaugh ND; Department of Epidemiology of Microbial Diseases, Yale School of Public Health, New Haven, Connecticut, United States of America.; Yale Institute for Global Health, Yale University, New Haven, Connecticut, United States of America.; Department of Ecology and Evolutionary Biology, Yale University, New Haven, Connecticut, United States of America.

Publikováno v: PLoS biology [PLoS Biol] 2024 Sep 16; Vol. 22 (9), pp. e3002834. Date of Electronic Publication: 2024 Sep 16 (Print Publication: 2024).

An Efficient Extraction Method Allowing the Genetic Evaluation of Host DNA from Samples Collected for Virus Infection Diagnosis in Viral Transport Medium.

Autor: Sbruzzi RC; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Brazil., Feira MF; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Brazil., Cadore NA; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Brazil., Giudicelli GC; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Brazil.; Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Genética Médica Populacional, Porto Alegre, Brazil., Kowalski TW; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Brazil.; Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Genética Médica Populacional, Porto Alegre, Brazil.; Centro Universitário CESUCA, Cachoeirinha, Brazil.; Núcleo de Bioinformática, Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA), Porto Alegre, Brazil., Gregianini TS; Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria Estadual de Saúde do estado do Rio Grande do Sul (LACEN/CEVS/SES-RS), Porto Alegre, Brazil., Chies JAB; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil., Vianna FSL; Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, Departamento de Genética, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brazil.; Laboratório de Medicina Genômica, Centro de Pesquisa Experimental, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Brazil.; Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Genética Médica Populacional, Porto Alegre, Brazil.; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS), Porto Alegre, Brazil.

Publikováno v: Biopreservation and biobanking [Biopreserv Biobank] 2024 Apr; Vol. 22 (2), pp. 166-173. Date of Electronic Publication: 2023 Aug 09.

Machine learning in predicting severe acute respiratory infection outbreaks.

Autor: Silva ADD; Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre, Porto Alegre, Brasil., Gomes MFDC; Programa de Computação Científica, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brasil., Gregianini TS; Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brasil., Martins LG; Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Brasil., Veiga ABGD; Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre, Porto Alegre, Brasil.

Publikováno v: Cadernos de saude publica [Cad Saude Publica] 2024 Jan 08; Vol. 40 (1), pp. e00122823. Date of Electronic Publication: 2024 Jan 08 (Print Publication: 2024).