Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil

Autor: Marta Giovanetti, Svetoslav Nanev Slavov, Vagner Fonseca, Eduan Wilkinson, Houriiyah Tegally, José Salvatore Leister Patané, Vincent Louis Viala, Emmanuel James San, Evandra Strazza Rodrigues, Elaine Vieira Santos, Flavia Aburjaile, Joilson Xavier, Hegger Fritsch, Talita Emile Ribeiro Adelino, Felicidade Pereira, Arabela Leal, Felipe Campos de Melo Iani, Glauco de Carvalho Pereira, Cynthia Vazquez, Gladys Mercedes Estigarribia Sanabria, Elaine Cristina de Oliveira, Luiz Demarchi, Julio Croda, Rafael dos Santos Bezerra, Loyze Paola Oliveira de Lima, Antonio Jorge Martins, Claudia Renata dos Santos Barros, Elaine Cristina Marqueze, Jardelina de Souza Todao Bernardino, Debora Botequio Moretti, Ricardo Augusto Brassaloti, Raquel de Lello Rocha Campos Cassano, Pilar Drummond Sampaio Corrêa Mariani, João Paulo Kitajima, Bibiana Santos, Rodrigo Proto-Siqueira, Vlademir Vicente Cantarelli, Stephane Tosta, Vanessa Brandão Nardy, Luciana Reboredo de Oliveira da Silva, Marcela Kelly Astete Gómez, Jaqueline Gomes Lima, Adriana Aparecida Ribeiro, Natália Rocha Guimarães, Luiz Takao Watanabe, Luana Barbosa Da Silva, Raquel da Silva Ferreira, Mara Patricia F. da Penha, María José Ortega, Andrea Gómez de la Fuente, Shirley Villalba, Juan Torales, María Liz Gamarra, Carolina Aquino, Gloria Patricia Martínez Figueredo, Wellington Santos Fava, Ana Rita C. Motta-Castro, James Venturini, Sandra Maria do Vale Leone de Oliveira, Crhistinne Cavalheiro Maymone Gonçalves, Maria do Carmo Debur Rossa, Guilherme Nardi Becker, Mayra Presibella Giacomini, Nelson Quallio Marques, Irina Nastassja Riediger, Sonia Raboni, Gabriela Mattoso, Allan D. Cataneo, Camila Zanluca, Claudia N. Duarte dos Santos, Patricia Akemi Assato, Felipe Allan da Silva da Costa, Mirele Daiana Poleti, Jessika Cristina Chagas Lesbon, Elisangela Chicaroni Mattos, Cecilia Artico Banho, Lívia Sacchetto, Marília Mazzi Moraes, Rejane Maria Tommasini Grotto, Jayme A. Souza-Neto, Maurício Lacerda Nogueira, Heidge Fukumasu, Luiz Lehmann Coutinho, Rodrigo Tocantins Calado, Raul Machado Neto, Ana Maria Bispo de Filippis, Rivaldo Venancio da Cunha, Carla Freitas, Cassio Roberto Leonel Peterka, Cássia de Fátima Rangel Fernandes, Wildo Navegantes, Rodrigo Fabiano do Carmo Said, Carlos F. Campelo de A e Melo, Maria Almiron, José Lourenço, Tulio de Oliveira, Edward C. Holmes, Ricardo Haddad, Sandra Coccuzzo Sampaio, Maria Carolina Elias, Simone Kashima, Luiz Carlos Junior de Alcantara, Dimas Tadeu Covas

Publikováno v: Repositório Institucional da USP (Biblioteca Digital da Produção Intelectual)
Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP

The high numbers of COVID-19 cases and deaths in Brazil have made Latin America an epicentre of the pandemic. SARS-CoV-2 established sustained transmission in Brazil early in the pandemic, but important gaps remain in our understanding of virus trans

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Genomic epidemiology of the SARS-CoV-2 epidemic in Brazil.

Autor: Giovanetti M; Laboratório de Flavivirus, Fundacao Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Department of Science and Technology for Humans and the Environment, University of Campus Bio-Medico di Roma, Rome, Italy., Slavov SN; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Fonseca V; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil.; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Wilkinson E; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Tegally H; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Patané JSL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Viala VL; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., San EJ; Centre for Epidemic Response and Innovation (CERI), School of Data Science and Computational Thinking, Stellenbosch University, Stellenbosch, South Africa.; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa., Rodrigues ES; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Santos EV; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Aburjaile F; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Xavier J; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Fritsch H; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Adelino TER; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Pereira F; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Leal A; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Iani FCM; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., de Carvalho Pereira G; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Vazquez C; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Sanabria GME; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Instituto Regional de Investigación em Salud, Universidad Nacional del Caaguazú, Caaguazú, Paraguay.; Laboratório de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo, Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, Asunción, Paraguay., Oliveira EC; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Demarchi L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul (LACEN-MS), Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Croda J; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Dos Santos Bezerra R; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Paola Oliveira de Lima L; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Martins AJ; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Renata Dos Santos Barros C; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Marqueze EC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., de Souza Todao Bernardino J; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Moretti DB; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Brassaloti RA; Centro de Genômica Funcional da ESALQ, University of São Paulo, Piracicaba, São Paulo, Brazil., de Lello Rocha Campos Cassano R; Centro de Genômica Funcional da ESALQ, University of São Paulo, Piracicaba, São Paulo, Brazil., Mariani PDSC; NGS Soluções Genômicas, Piracicaba, São Paulo, Brazil., Kitajima JP; Mendelics Análise Genômica, São Paulo, Brazil., Santos B; Mendelics Análise Genômica, São Paulo, Brazil., Proto-Siqueira R; Instituto de Biologia Molecular, Laboratório Antonello, Rio Grande do Sul, Brazil., Cantarelli VV; Universidade Federal de Ciencias da Saúde de Porto Alegre (UFCSPA), Universidade Feevale, Grupo Exame Laboratórios, Rio Grande do Sul, Brazil., Tosta S; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Nardy VB; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Reboredo de Oliveira da Silva L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Gómez MKA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Lima JG; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA), Salvador, Bahia, Brazil., Ribeiro AA; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Guimarães NR; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil., Watanabe LT; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Barbosa Da Silva L; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., da Silva Ferreira R; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso (LACEN-MT), Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., da Penha MPF; Vigilancia em Saúde do Estado de Mato Grosso, Cuiabá, Mato Grosso, Brazil., Ortega MJ; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., de la Fuente AG; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Villalba S; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Torales J; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Gamarra ML; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Aquino C; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay., Figueredo GPM; Laboratório Central de Salud Pública, Asunción, Paraguay.; Instituto Regional de Investigación em Salud, Universidad Nacional del Caaguazú, Caaguazú, Paraguay.; Laboratório de Biología Molecular, Hospital Regional de Coronel Oviedo, Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, Asunción, Paraguay., Fava WS; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Motta-Castro ARC; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Venturini J; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., do Vale Leone de Oliveira SM; Universidade Federal do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., Gonçalves CCM; Secretaria de Saude do Estado do Mato Grosso do Sul, Campo Grande, Mato Grosso do Sul, Brazil., do Carmo Debur Rossa M; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Becker GN; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Giacomini MP; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Marques NQ; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Riediger IN; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil., Raboni S; Hospital de Clínicas da Universidade Federal do Paraná, Curitiba, Paraná, Brazil., Mattoso G; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Cataneo AD; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Zanluca C; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Duarte Dos Santos CN; Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil., Assato PA; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil., Allan da Silva da Costa F; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil., Poleti MD; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Lesbon JCC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Mattos EC; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Banho CA; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Sacchetto L; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Moraes MM; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Grotto RMT; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil.; Molecular Biology Laboratory, Applied Biotechnology Laboratory, Clinical Hospital of the Botucatu Medical School, São Paulo, Brazil., Souza-Neto JA; Department of Bioprocesses and Biotechnology, School of Agricultural Sciences, São Paulo State University (UNESP), Botucatu, São Paulo, Brazil., Nogueira ML; Medicine School of São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil., Fukumasu H; Department of Veterinary Medicine, School of Animal Science and Food Engineering, University of São Paulo, Pirassununga, São Paulo, Brazil., Coutinho LL; Centro de Genômica Funcional da ESALQ, University of São Paulo, Piracicaba, São Paulo, Brazil., Calado RT; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil., Neto RM; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Bispo de Filippis AM; Laboratório de Flavivirus, Fundacao Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil., Venancio da Cunha R; Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil., Freitas C; Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, (CGLAB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., Peterka CRL; Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil., de Fátima Rangel Fernandes C; Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveisa/Secretaria de Vigilancia em Saude, Ministerio da Saude, Brasılia, Distrito Federal, Brazil., Navegantes W; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., do Carmo Said RF; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., Campelo de A E Melo CF; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., Almiron M; Pan American Health Organization (PAHO)/World Health Organization (WHO), Brasilia, Distrito Federal, Brazil., Lourenço J; Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, UK.; Biosystems and Integrative Sciences Institute, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal., de Oliveira T; KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), School of Laboratory Medicine and Medical Sciences, University of KwaZulu-Natal, Durban, South Africa.; Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG), Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.; Centre for the AIDS Programme of Research in South Africa (CAPRISA), Durban, South Africa.; Department of Global Health, University of Washington, Seattle, WA, USA., Holmes EC; Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, New South Wales, Australia., Haddad R; Butantan Institute, São Paulo, Brazil., Sampaio SC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil. aroli.coccuzzo@butantan.gov.br., Elias MC; Butantan Institute, São Paulo, Brazil. arolina.eliassabbaga@butantan.gov.br., Kashima S; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil. skashima@hemocentro.fmrp.usp.br., Junior de Alcantara LC; Laboratório de Flavivirus, Fundacao Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br.; Laboratório de Genética Celular e Molecular, Instituto de Ciências Biologicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil. luiz.alcantara@ioc.fiocruz.br., Covas DT; Blood Center of Ribeirão Preto, Ribeirão Preto Medical School, University of São Paulo, Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil. dimas.covas@butantan.gov.br.; Butantan Institute, São Paulo, Brazil. dimas.covas@butantan.gov.br.

Publikováno v: Nature microbiology [Nat Microbiol] 2022 Sep; Vol. 7 (9), pp. 1490-1500. Date of Electronic Publication: 2022 Aug 18.