Zobrazeno 1 - 10
of 92
pro vyhledávání: '"Garrison, Erik P"'
Summary: With the rapid development of long-read sequencing technologies, the era of individual complete genomes is approaching. We have developed wgatools, a cross-platform, ultrafast toolkit that supports a range of whole genome alignment (WGA) for
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2409.08569
Autor:
Li, Jiajie, Schmelzle, Jan-Niklas, Du, Yixiao, Heumos, Simon, Guarracino, Andrea, Guidi, Giulia, Prins, Pjotr, Garrison, Erik, Zhang, Zhiru
Computational Pangenomics is an emerging field that studies genetic variation using a graph structure encompassing multiple genomes. Visualizing pangenome graphs is vital for understanding genome diversity. Yet, handling large graphs can be challengi
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2409.00876
In recent years, aligning a sequence to a pangenome has become a central problem in genomics and pangenomics. A fast and accurate solution to this problem can serve as a toolkit to many crucial tasks such as read-correction, Multiple Sequences Alignm
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2206.03242
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
The variation graph toolkit (VG) represents genetic variation as a graph. Each path in the graph is a potential haplotype, though most paths are unlikely recombinations of true haplotypes. We augment the VG model with haplotype information to identif
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1805.03834
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Lee, Wan-Ping, Stromberg, Michael, Ward, Alistair, Stewart, Chip, Garrison, Erik, Marth, Gabor T.
This paper presents an accurate short-read mapper for next-generation sequencing data which is widely used in the 1000 Genomes Project, and human clinical and other species genome studies.
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1309.1149
Summary: The Smith Waterman (SW) algorithm, which produces the optimal pairwise alignment between two sequences, is frequently used as a key component of fast heuristic read mapping and variation detection tools, but current implementations are eithe
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1208.6350
Autor:
Garrison, Erik, Marth, Gabor
The direct detection of haplotypes from short-read DNA sequencing data requires changes to existing small-variant detection methods. Here, we develop a Bayesian statistical framework which is capable of modeling multiallelic loci in sets of individua
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/1207.3907