Zobrazeno 1 - 10
of 507
pro vyhledávání: '"FM-index"'
Autor:
Li Song, Ben Langmead
Publikováno v:
Genome Biology, Vol 25, Iss 1, Pp 1-21 (2024)
Abstract Centrifuger is an efficient taxonomic classification method that compares sequencing reads against a microbial genome database. In Centrifuger, the Burrows-Wheeler transformed genome sequences are losslessly compressed using a novel scheme c
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/5be3381339a04fabb1c14e1cb01f84ee
Publikováno v:
Algorithms for Molecular Biology, Vol 19, Iss 1, Pp 1-14 (2024)
Abstract FM-indexes are crucial data structures in DNA alignment, but searching with them usually takes at least one random access per character in the query pattern. Ferragina and Fischer [1] observed in 2007 that word-based indexes often use fewer
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/5d545f4b58b649eaad33789914714512
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Publikováno v:
Algorithms for Molecular Biology, Vol 17, Iss 1, Pp 1-22 (2022)
Abstract The development of a privacy-preserving technology is important for accelerating genome data sharing. This study proposes an algorithm that securely searches a variable-length substring match between a query and a database sequence. Our conc
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/108657317ce04001baf4c1816de84486
Autor:
Tim Anderson, Travis J. Wheeler
Publikováno v:
Algorithms for Molecular Biology, Vol 16, Iss 1, Pp 1-13 (2021)
Abstract Background Pattern matching is a key step in a variety of biological sequence analysis pipelines. The FM-index is a compressed data structure for pattern matching, with search run time that is independent of the length of the database text.
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/cce5c4452d344971908b8d72a19c95e1
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Publikováno v:
BMC Genomics, Vol 21, Iss S1, Pp 1-6 (2020)
Abstract Background The Type II clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated proteins (Cas) is a powerful genome editing technology, which is more and more popular in gene function analysis. In CRISPR/Cas,
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/72c058a938204ff895b09e8619ce4791
Publikováno v:
IEEE Access, Vol 8, Pp 189811-189822 (2020)
With recent advances in next-generation sequencing (NGS) technology, large volumes of data have been produced in the form of short reads. Sequence assembly involves using initial short reads to produce progressively longer contigs, and then using sca
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/f2f4d0573e164b0a809fea528fb2e23b
Publikováno v:
Algorithms for Molecular Biology, Vol 14, Iss 1, Pp 1-13 (2019)
Abstract Background Genome-wide optical maps are ordered high-resolution restriction maps that give the position of occurrence of restriction cut sites corresponding to one or more restriction enzymes. These genome-wide optical maps are assembled usi
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/e34ef2e43be64e0eafad343b4b37282c