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Analysis of pedigree data and whole-genome sequences in 12 cattle breeds reveals extremely low within-breed Y-chromosome diversity
Autor: C Escouflaire, Aurélien Capitan
Publikováno v: Animal Genetics
Summary In this article, we analyzed pedigree information on males from 12 bovine breeds born in France between 2015 and 2019. We report an overall small number of paternal lineages with, for example, a minimal number of ancestors accounting for 95%
Externí odkaz: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::88dcad9a55bec2ef91aa4b2acfef7ebb
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34157133
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Akademický článek
Massive detection of cryptic recessive genetic defects in dairy cattle mining millions of life histories.
Autor: Besnard F; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France. florian.besnard@inrae.fr.; IDELE, 149 Rue de Bercy, 75012, Paris, France. florian.besnard@inrae.fr., Guintard A; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Grohs C; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Guzylack-Piriou L; IHAP, Université de Toulouse, INRAE, ENVT, 31076, Toulouse, France., Cano M; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Escouflaire C; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Hozé C; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Leclerc H; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Buronfosse T; VetAgro Sup, Université Lyon1, 69280, Marcy-L'Etoile, France., Dutheil L; IHAP, Université de Toulouse, INRAE, ENVT, 31076, Toulouse, France., Jourdain J; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Barbat A; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Fritz S; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Deloche MC; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; ELIANCE, 75012, Paris, France., Remot A; INRAE, Université de Tours, ISP, 37380, Nouzilly, France., Gaussères B; IHAP, Université de Toulouse, INRAE, ENVT, 31076, Toulouse, France., Clément A; IHAP, Université de Toulouse, INRAE, ENVT, 31076, Toulouse, France., Bouchier M; VetAgro Sup, Université Lyon1, 69280, Marcy-L'Etoile, France., Contat E; VetAgro Sup, Université Lyon1, 69280, Marcy-L'Etoile, France., Relun A; Oniris, INRAE, BIOEPAR, 44300, Nantes, France., Plassard V; ENVA, 94700, Maisons-Alfort, France., Rivière J; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France.; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, MICALIS, 78350, Jouy-en-Josas, France., Péchoux C; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Vilotte M; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Eche C; INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul, France Génomique, Université Fédérale de Toulouse, 31320, Castanet-Tolosan, France., Kuchly C; INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul, France Génomique, Université Fédérale de Toulouse, 31320, Castanet-Tolosan, France., Charles M; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Boulling A; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Viard G; ELIANCE, 75012, Paris, France.; Université Paris-Saclay, INRAE, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, BREED, 78350, Jouy-en-Josas, France., Minéry S; IDELE, 149 Rue de Bercy, 75012, Paris, France., Barbey S; UE326, Unité Expérimentale du Pin, INRAE, 61310, Le Pin Au Haras, France., Birbes C; Université Fédérale de Toulouse, INRAE, BioinfOmics, GenoToul Bioinformatics Facility, 31320, Castanet-Tolosan, France., Danchin-Burge C; IDELE, 149 Rue de Bercy, 75012, Paris, France., Launay F; UE326, Unité Expérimentale du Pin, INRAE, 61310, Le Pin Au Haras, France., Mattalia S; IDELE, 149 Rue de Bercy, 75012, Paris, France., Allais-Bonnet A; ELIANCE, 75012, Paris, France.; Université Paris-Saclay, INRAE, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, BREED, 78350, Jouy-en-Josas, France., Ravary B; ENVA, 94700, Maisons-Alfort, France., Millemann Y; ENVA, 94700, Maisons-Alfort, France., Guatteo R; Oniris, INRAE, BIOEPAR, 44300, Nantes, France., Klopp C; Université Fédérale de Toulouse, INRAE, BioinfOmics, GenoToul Bioinformatics Facility, 31320, Castanet-Tolosan, France., Gaspin C; Université Fédérale de Toulouse, INRAE, BioinfOmics, GenoToul Bioinformatics Facility, 31320, Castanet-Tolosan, France., Iampietro C; INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul, France Génomique, Université Fédérale de Toulouse, 31320, Castanet-Tolosan, France., Donnadieu C; INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul, France Génomique, Université Fédérale de Toulouse, 31320, Castanet-Tolosan, France., Milan D; GenPhySE, Université Fédérale de Toulouse, INRAE, INPT, ENVT, 31320, Castanet-Tolosan, France., Arcangioli MA; VetAgro Sup, Université Lyon1, 69280, Marcy-L'Etoile, France., Boussaha M; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Foucras G; IHAP, Université de Toulouse, INRAE, ENVT, 31076, Toulouse, France., Boichard D; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Capitan A; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France. aurelien.capitan@inrae.fr.; ELIANCE, 75012, Paris, France. aurelien.capitan@inrae.fr.
Publikováno v: Genome biology [Genome Biol] 2024 Sep 30; Vol. 25 (1), pp. 248. Date of Electronic Publication: 2024 Sep 30.
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Akademický článek
X-linked genes influence various complex traits in dairy cattle.
Autor: Sanchez MP; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France. marie-pierre.sanchez@inrae.fr., Escouflaire C; Eliance, Paris, 75012, France., Baur A; Eliance, Paris, 75012, France., Bottin F; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France., Hozé C; Eliance, Paris, 75012, France., Boussaha M; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France., Fritz S; Eliance, Paris, 75012, France., Capitan A; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France., Boichard D; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France.
Publikováno v: BMC genomics [BMC Genomics] 2023 Jun 19; Vol. 24 (1), pp. 338. Date of Electronic Publication: 2023 Jun 19.
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Akademický článek
Analysis of pedigree data and whole-genome sequences in 12 cattle breeds reveals extremely low within-breed Y-chromosome diversity.
Autor: Escouflaire C; ALLICE, Paris, 75012, France.; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France., Capitan A; ALLICE, Paris, 75012, France.; Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, 78350, France.
Publikováno v: Animal genetics [Anim Genet] 2021 Oct; Vol. 52 (5), pp. 725-729. Date of Electronic Publication: 2021 Jun 22.
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Akademický článek
Short communication: A splice site mutation in CENPU is associated with recessive embryonic lethality in Holstein cattle.
Autor: Hozé C; Allice, 75595 Paris, France; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Escouflaire C; Allice, 75595 Paris, France; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Mesbah-Uddin M; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France; Department of Molecular Biology and Genetics, Center for Quantitative Genetics and Genomics, Aarhus University, 8830 Tjele, Denmark., Barbat A; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Boussaha M; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Deloche MC; Allice, 75595 Paris, France; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Boichard D; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Fritz S; Allice, 75595 Paris, France; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Capitan A; Allice, 75595 Paris, France; GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France. Electronic address: aurelien.capitan@inra.fr.
Publikováno v: Journal of dairy science [J Dairy Sci] 2020 Jan; Vol. 103 (1), pp. 607-612. Date of Electronic Publication: 2019 Nov 14.
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Akademický článek
Α de novo 3.8-Mb inversion affecting the EDA and XIST genes in a heterozygous female calf with generalized hypohidrotic ectodermal dysplasia.
Autor: Escouflaire C; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France. clementine.escouflaire@inra.fr.; Allice, 75595, Paris, France. clementine.escouflaire@inra.fr., Rebours E; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France., Charles M; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France.; INRA, SIGENAE, GABI, 78350, Jouy-en-Josas, France., Orellana S; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France., Cano M; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France., Rivière J; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France.; INRA, Micalis Institute, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France., Grohs C; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France., Hayes H; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France., Capitan A; INRA, GABI, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France. aurelien.capitan@inra.fr.; Allice, 75595, Paris, France. aurelien.capitan@inra.fr.
Publikováno v: BMC genomics [BMC Genomics] 2019 Sep 18; Vol. 20 (1), pp. 715. Date of Electronic Publication: 2019 Sep 18.
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Akademický článek
An initiator codon mutation in SDE2 causes recessive embryonic lethality in Holstein cattle.
Autor: Fritz S; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France; Allice, 75595 Paris, France., Hoze C; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France; Allice, 75595 Paris, France., Rebours E; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Barbat A; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Bizard M; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Chamberlain A; Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBiosciences, Bundoora 3083, Australia., Escouflaire C; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France; Allice, 75595 Paris, France., Vander Jagt C; Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBiosciences, Bundoora 3083, Australia., Boussaha M; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Grohs C; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Allais-Bonnet A; Allice, 75595 Paris, France; UMR BDR, INRA, ENVA, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Philippe M; Evolution, 35700 Rennes, France., Vallée A; Gènes Diffusion, 59500 Douai, France., Amigues Y; LABOGENA DNA, 78350 Jouy-en-Josas, France., Hayes BJ; Agriculture Victoria, AgriBio, Centre for AgriBiosciences, Bundoora 3083, Australia; Queensland Alliance for Agriculture and Food Innovation, Centre for Animal Science, The University of Queensland, Brisbane 4067, Australia., Boichard D; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France., Capitan A; UMR GABI, INRA, AgroParisTech, Université Paris Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France; Allice, 75595 Paris, France. Electronic address: aurelien.capitan@inra.fr.
Publikováno v: Journal of dairy science [J Dairy Sci] 2018 Jul; Vol. 101 (7), pp. 6220-6231. Date of Electronic Publication: 2018 Apr 19.
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