Zobrazeno 1 - 10
of 22
pro vyhledávání: '"Baláž Andrej"'
Autor:
Baláz, Andrej, Gagie, Travis, Goga, Adrián, Heumos, Simon, Navarro, Gonzalo, Petescia, Alessia, Sirén, Jouni
Motivated by challenges in pangenomic read alignment, we propose a generalization of Wheeler graphs that we call Wheeler maps. A Wheeler map stores a text $T[1..n]$ and an assignment of tags to the characters of $T$ such that we can preprocess a patt
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2308.09836
Autor:
Baláž, Andrej, Petescia, Alessia
A recent paradigm shift in bioinformatics from a single reference genome to a pangenome brought with it several graph structures. These graph structures must implement operations, such as efficient construction from multiple genomes and read mapping.
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2306.14689
There now exist compact indexes that can efficiently list all the occurrences of a pattern in a dataset consisting of thousands of genomes, or even all the occurrences of all the pattern's maximal exact matches (MEMs) with respect to the dataset. Unl
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2209.09218
Autor:
Goga, Adrián, Baláž, Andrej
We propose a new technique for creating a space-efficient index for large repetitive text collections, such as pangenomic databases containing sequences of many individuals from the same species. We combine two recent techniques from this area: Wheel
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2206.15097
Autor:
Budis, Jaroslav, Krampl, Werner, Kucharik, Marcel, Hekel, Rastislav, Goga, Adrian, Lichvar, Michal, Smolak, David, Bohmer, Miroslav, Balaz, Andrej, Duris, Frantisek, Gazdarica, Juraj, Soltys, Katarina, Turna, Jan, Radvanszky, Jan, Szemes, Tomas
Background: With the rapid growth of massively parallel sequencing technologies, still more laboratories are utilizing sequenced DNA fragments for genomic analyses. Interpretation of sequencing data is, however, strongly dependent on bioinformatics p
Externí odkaz:
http://arxiv.org/abs/2106.13649
Autor:
Budiš Jaroslav, Krampl Werner, Kucharík Marcel, Hekel Rastislav, Goga Adrián, Sitarčík Jozef, Lichvár Michal, Smol’ak Dávid, Böhmer Miroslav, Baláž Andrej, Ďuriš František, Gazdarica Juraj, Šoltys Katarína, Turňa Ján, Radvánszky Ján, Szemes Tomáš
Publikováno v:
Journal of Integrative Bioinformatics, Vol 20, Iss 3, Pp 0021-6 (2023)
With the rapid growth of massively parallel sequencing technologies, still more laboratories are utilising sequenced DNA fragments for genomic analyses. Interpretation of sequencing data is, however, strongly dependent on bioinformatics processing, w
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/cdd1341e2cfa41c09c30b7750a7d7fcc
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Gafurov, Askar1 (AUTHOR), Baláž, Andrej1 (AUTHOR), Amman, Fabian2,3 (AUTHOR), Boršová, Kristína4 (AUTHOR), Čabanová, Viktória4 (AUTHOR), Klempa, Boris4 (AUTHOR), Bergthaler, Andreas2,3 (AUTHOR), Vinař, Tomáš1 (AUTHOR), Brejová, Broňa1 (AUTHOR) brejova@dcs.fmph.uniba.sk
Publikováno v:
BMC Bioinformatics. 12/19/2022, Vol. 23 Issue 1, p1-18. 18p.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.