Zobrazeno 1 - 10
of 130
pro vyhledávání: '"Adaptive Biasing Force"'
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Lagardère, Louis, Maurin, Lise, Adjoua, Olivier, Hage, Krystel El, Monmarché, Pierre, Piquemal, Jean-Philip, Hénin, Jérôme
We introduce an efficient and robust method to compute alchemical free energy differences, resulting from the application of multiple walker Adaptive Biasing Force (ABF) in conjunction with strongly damped Langevin $\lambda$-dynamics. Unbiased alchem
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::62feb03ec0e2b72081cba62284a93db1
https://hal.science/hal-04162777
https://hal.science/hal-04162777
Autor:
Cameron Abrams, Giovanni Bussi
Publikováno v:
Entropy, Vol 16, Iss 1, Pp 163-199 (2013)
We review a selection of methods for performing enhanced sampling in molecular dynamics simulations. We consider methods based on collective variable biasing and on tempering, and offer both historical and contemporary perspectives. In collective-var
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/83722de07d664b34873aab014ab845b8
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Maryam Rouhani, Hamid Hadi-Alijanvand
Publikováno v:
Journal of Proteome Research
A highly infectious coronavirus, SARS-CoV-2, has spread in many countries. This virus recognizes its receptor, angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), using the receptor binding domain of its spike protein subunit S1. Many missense mutations are repo
Externí odkaz:
https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::da49298c4b58f209f7438d831f83a61e
https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.0c00348
https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.0c00348
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Autor:
Lina María Preciado, Jaime Andrés Pereañez, Ettayapuram Ramaprasad Azhagiya Singam, Jeffrey Comer
Publikováno v:
Toxins, Vol 10, Iss 10, p 397 (2018)
Small molecule inhibitors of snake venom metalloproteinases (SVMPs) could provide a means to rapidly halt the progression of local tissue damage following viperid snake envenomations. In this study, we examine the ability of candidate compounds based
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/8e4b1a4429474b31a7e396b127e9448a
Autor:
S. Alexis Paz, Cameron F. Abrams
Publikováno v:
Computation, Vol 6, Iss 2, p 27 (2018)
In this work, we study the influence of hidden barriers on the convergence behavior of three free-energy calculation methods: well-tempered metadynamics (WTMD), adaptive-biasing forces (ABF), and on-the-fly parameterization (OTFP). We construct a sim
Externí odkaz:
https://doaj.org/article/ffb09c17d7dd461f81ab7ad71c9d8d74
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
Akademický článek
Tento výsledek nelze pro nepřihlášené uživatele zobrazit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.
K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.